Theo quy định của Luật Khiếu nại thì Thanh tra là cơ quan được giao nhiệm vụ tham mưu giải quyết khiếu nại hành chính thuộc thẩm quyền của Chủ tịch Ủy ban nhân dân cùng cấp (nghiên cứu hồ sơ, thẩm tra, xác minh, đối chiếu áp dụng pháp luật, báo cáo kết luận, dự thảo quyết định giải quyết khiếu nại theo Điều 27). Tuy nhiên, Nghị định 136/2006/NĐ-CP hướng dẫn thi hành Luật này lại hướng dẫn giao cả cho cơ quan chuyên môn. Theo khảo sát thực tế cho thấy, do quy định "mở" của Nghị định 136/2006/NĐ-CP mà mỗi địa phương, tùy theo điều kiện và độ tin tưởng của Chủ tịch đối với cơ quan Thanh tra cùng cấp hoặc cơ quan chuyên môn mà quyết định giao việc tham mưu giải quyết khiếu nại hành chính về bồi thường, hỗ trợ và tái định cư, dễ dẫn đến tình trạng giao việc theo cảm tính. Ở cấp tỉnh, nếu Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh giao cho sở, ngành chuyên mơn giúp mình xác minh vụ việc thì trong trường hợp này trách nhiệm thực chất thuộc về thanh tra sở, ngành. Trong khi đó pháp luật chưa quy định việc phối hợp giữa cơ quan Thanh tra hành chính và Thanh tra chuyên ngành ở cấp tỉnh như thế nào trong quá trình tham mưu giải quyết vụ việc. Đặc biệt, đối với cấp huyện, sự quy định không rõ trách nhiệm tham mưu là một vấn đề làm cho việc giải quyết khiếu nại bị né tránh, đùn đẩy và giải quyết kém chất lượng. Trên thực tế, tùy theo điều kiện mỗi địa phương mà Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp huyện giao cho cơ quan Thanh tra cùng cấp, Phòng Tài nguyên và Môi trường hoặc Ban Bồi thường, giải phóng mặt bằng tham mưu. Trong khi đó, chỉ có cơ quan Thanh tra mới được trang bị đầy đủ kỹ năng, kiến thức giải quyết khiếu nại; cán bộ Phòng Tài nguyên và Mơi trường hoặc Ban bồi thường giải phóng mặt