Về vấn đề quy định cách xác định bồi thường thiệt hại do vi phạm hợp đồng kinh doanh, thương mại cũng cần phải được xem xét bởi trên thực tế, việc đòi bồi thường các chi phí cơ hội (do mất đi thị trường, khách hàng…) rất khó được chấp nhận ở Việt Nam bởi chưa có các quy phạm điều chỉnh cụ thể41.
Sự khác biệt trong việc quy định mối quan hệ giữa phạt vi phạm và bồi thường thiệt hại trong Bộ Luật Dân sự 2005 và Luật Thương mại 2005 cũng là điều đáng bàn. Cụ thể, điểm 2 khoản 3 Điều 422 Bộ luật Dân sự 2005 quy định: “Trong trường hợp các bên thoả thuận phạt vi phạm mà không thoả thuận về bồi thường thiệt hại thì bên vi phạm nghĩa vụ chỉ phải nộp tiền phạt vi phạm” trong khi đó cũng về vấn đề này khoản 2 Điều 307 Luật Thương
mại 2005 lại quy định: “Trong trường hợp các bên có thoả thuận phạt vi phạm mà không thoả thuận bồi thường thiệt hại thì bên bị vi phạm có quyền áp dụng các chế tài phạt vi phạm và bồi thường thiệt hại”.
Như vậy, sự không thống nhất giữa các quy định về phạt vi phạm trong Bộ Luật Dân sự 2005 và Luật Thương mại 2005 trong tương lai gần chắc chắn sẽ gây ra cuộc tranh luận liên quan đến việc xác định văn bản nào sẽ được áp dụng để giải quyết tranh chấp phát sinh từ hợp đồng cụ thể nào đó42.
Vấn đề nghĩa vụ chứng minh của bên bị vi phạm và thẩm quyền của tòa án khi đánh giá chứng cứ mà bên yêu cầu bồi thường thiệt hại xuất trình cũng nảy sinh nhiều bất cập, phản ánh qua vụ tranh chấp về hợp đồng kinh tế giữa