- Chất lượng quy hoạch, kế hoạch quản lý và sử dụng đất đai chưa hiệu quả: công tác quản lý nhà nước trên lĩnh vực đất đai của một số xã, phường bị buông lỏng trong thời gian dài. Công tác chỉ đạo, điều hành và quản lý Nhà nước trên một số lĩnh vực ở một số địa phương còn yếu kém, nhất là công tác quản lý và sử dụng đất đai. Công tác bồi thường, GPMB, hỗ trợ tái định cư khi Nhà nước thu hồi đất được thực hiện kém hiệu quả: áp dụng chưa đúng chính sách, xác định nguồn gốc đất không chính xác, thu hồi đất không đúng trình tự, thủ tục… Hồ sơ, thủ tục của các cơ quan chức năng lưu trữ không đầy đủ, chưa khoa học. Đối với các dự án đã triển khai, có nhiều dự án thu hồi đất của dân nhưng nhiều năm không sử dụng, để hoang hóa hoặc chuyển nhượng dự án thu lợi nên công dân bức xúc, khiếu nại tố cáo gay gắt.
- Việc xử lý đơn tố cáo nặc danh, mạo danh ở các địa phương còn khác nhau, còn nhầm lẫn giữa đơn tố cáo và đơn khiếu nại. Việc tiếp nhận, giải quyết đơn tố cáo chưa phản ánh đúng tình hình vi phạm pháp luật của cán bộ, công chức. Khi xử lý còn nể nang, thiếu kiên quyết, nặng về xử lý nội bộ, xử lý không nghiêm, không công bằng, làm giảm lòng tin của vào cơ quan nhà nước và tính nghiêm minh của pháp luật.
- Đội ngũ cán bộ tham mưu, giúp việc cho thủ trưởng cơ quan quản lý hành chính Nhà nước trong việc tiếp công dân, xử lý đơn thư, giải quyết khiếu nại, tố cáo ở địa phương có dấu hiệu “quá tải” nên có những việc để chậm trễ hoặc làm chưa đến nơi đến chốn, dẫn đến người khiếu nại thêm bức xúc. Hơn nữa, trình độ chuyên môn của cán bộ tham gia tiếp nhận, phân loại, xử lý và giải quyết đơn khiếu nại, tố cáo chưa đảm bảo: chưa phân biệt rõ đơn khiếu nại và đơn kiến nghị, đề nghị. Trước khi đến giai đoạn giải quyết khiếu nại, thông thường các phòng, ban chuyên môn đã được giao nhiệm vụ trả lời đơn đề nghị, kiến nghị của công dân nhưng trả lời chưa đúng trọng tâm, qua loa khiến nhân dân bức xúc, không phục nên tiếp tục khiếu nại kéo dài. Nhiều cán bộ, công chức quan niệm cơ quan thanh tra là cơ quan chuyên giải quyết khiếu nại, tố cáo hành chính nên có những vụ việc Chủ tịch UBND các cấp đáng nhẽ nên giao cho các cơ quan chuyên trách giải quyết thì lại giao thanh tra xác minh, kết luận
dẫn đến cơ quan thanh tra quá tải và gặp nhiều khó khăn trong quá trình xác minh (nhất là những vụ việc thuần túy chuyên môn mà cơ quan thanh tra không giải quyết triệt để như những cơ quan chuyên môn) [37, tr.86].
- Nhiều vụ việc khiếu nại có tính chất phức tạp, mất rất nhiều thời gian để thẩm tra, xác minh, khó thống nhất giữa các cấp, ngành do có nhiều cách hiểu và quan điểm nhìn nhận khác nhau. Bên cạnh đó, công tác rà soát, kiểm tra, thanh tra việc thực hiện các quyết định giải quyết khiếu nại, tố cáo đã có hiệu lực chưa được tiến hành thường xuyên, nhất là các vụ việc tồn đọng, kéo dài, gây bức xúc trong nhân dân.