Thứ nhất, về mặt pháp luật, mặc dù Luật Tổ chức Chính phủ năm 2001
quy định Chính phủ là cơ quan hành chính Nhà nước cao nhất của nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam nhưng các quy định về nhiệm vụ, quyền hạn của Chính phủ trên thực tế chưa thực sự đảm bảo để Chính phủ thực hiện được vai trò này. Vấn đề cơ bản nhất ở đây là những quy định của Luật chưa thể hiện được thực tế sự phân công và cơ chế vận hành của hệ thống chính trị nước ta trong tổ chức thực hiện quyền lực chính trị, quyền lực nhà nước. Cho nên, trên thực tế việc thực hiện một số thẩm quyền về công tác tổ chức, bộ máy, nhân sự, thanh tra, kiểm tra của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ, các Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ còn chưa rõ địa chỉ, chưa rõ trách nhiệm và có những việc khi thực hiện còn mang ý nghĩa thủ tục hành chính nhà nước. Hơn nữa, chưa đảm bảo và chưa gắn chặt được sự tương xứng ngang bằng giữa quyền hạn và trách nhiệm của người đứng đầu cơ quan trong hệ thống hành chính Nhà nước, trong mối quan hệ với cơ chế vận hành của hệ thống chính trị, chưa đảm bảo cơ sở, điều kiện cần thiết và chưa đáp ứng được tình hình thực tế để Chính phủ thực hiện vai trò là cơ quan hành chính nhà nước cao nhất.
Thứ hai, cơ cấu tổ chức của Chính phủ được xác định trong Luật Tổ chức
Chính phủ năm 2001 bao gồm Bộ, cơ quan ngang bộ do Quốc hội quyết định thành lập hoặc bãi bỏ nhưng Luật hiện hành chưa quy định nguyên tắc xác định cơ cấu tổ chức hoặc danh sách các Bộ, cơ quan ngang bộ và phạm vi chức năng chủ yếu của Bộ, cơ quan ngang bộ để Quốc hội có cơ sở xem xét quyết định.
Tuy Bộ và cơ quan ngang bộ có cùng địa vị pháp lý trong cơ cấu tổ chức Chính phủ nhưng Luật cũng chưa có tiêu chí phân định giữa Bộ với cơ quan ngang bộ hay cơ sở nào thì thành lập Bộ hoặc cơ quan ngang bộ.
Thứ ba, về cơ chế phối hợp trong việc thực hiện chức năng, nhiệm vụ,
quyền hạn của Chính phủ, Luật Tổ chức Chính đã có một chương riêng về nhiệm vụ, quyền hạn của Chính phủ và một chương riêng về nhiệm vụ, quyền