Bộ máy hành chính nhà nước vẫn chưa thốt khỏi một cách hồn tồn các quy định cũng như các cách thức điều hành theo cơ chế tập trung quan liêu bao cấp, vẫn nặng nề việc điều hành trực tiếp nền kinh tế mà chưa thấy tầm quan trọng trong việc đề ra các đường lối chủ trương, nhất là trách nhiệm phải trình dự án luật trước Quốc hội – lập pháp; cịn ít cơ chế tự kiểm tra nhằm phịng ngừa trước những tệ nạn quan liêu, tham nhũng của bộ máy nhà nước.
Phương thức hoạt động, lề lối làm việc của Chính phủ chưa được đổi mới cơ bản, chậm có sự chuyển biến, phương thức hoạt động của các cơ quan hành chính hiện nay vẫn chưa theo kịp yêu cầu của sự nghiệp cơng nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước.
Hoạt động chỉ đạo, lãnh đạo, điều hành của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ chưa được sự thống nhất, thơng suốt từ trung ương đến địa phương, cơ sở. Mệnh lệnh hành chính chưa được chấp hành nghiêm túc; vẫn phổ biến tình trạng kỷ luật, kỷ cương hành chính lỏng lẻo, sa sút.
Việc quy định và thực hiện trách nhiệm, quyền hạn của Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ chưa được thể hiện rõ và đầy đủ vai trò của một thành viên Chính phủ, thực hiện những nhiệm vụ trên cương vị là đại diện cho Chính phủ, thay mặt Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ đi làm việc với địa phương. Việc phối hợp công tác giữa các Bộ, cơ quan của Chính phủ cịn kém hiệu quả, chưa làm rõ trách nhiệm, quyền hạn giữa các cơ quan trong quan hệ phối hợp, thẩm tra, thẩm định. Công tác theo dõi, đôn đốc, kiểm tra việc thực hiện các văn bản và các nhiệm vụ được giao chưa thực sự có hiệu quả, chưa được đặt đúng vào vị trí quan trọng trong hoạt động của Chính phủ.
Một biểu hiện đáng lo ngại khác trong phương thức hoạt động của Chính phủ là tình trạng giải quyết cơng việc khơng đúng thẩm quyền: Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ thay vì giải quyết cơng việc thuộc trách nhiệm của mình lại chuyển lên để Thủ tướng, Phó Thủ tướng giải quyết. Có những việc có lẽ cần được quy trách nhiệm cho một chủ thể thì lại được đề nghị để thành lập Ủy ban liên ngành gây ra tính hình thức và sự cồng kềnh bộ máy, khó quy kết trách nhiệm cho một người cụ thể.
Đề cập tới hạn chế trong phương thức làm việc thuộc thẩm quyền của Chính phủ, khơng thể khơng nói tới tình trạng ủy quyền một cách tràn lan và thiếu căn cứ như hiện nay. Một số văn bản quy phạm pháp luật được ban hành dưới hình thức Quyết định, Chỉ thị của Thủ tướng Chính phủ lại được ủy quyền cho Phó Thủ tướng kí. Tương tự như vậy với các văn bản quy phạm pháp luật
của Bộ, cơ quan ngang bộ và Ủy ban nhân dân. Đây là một nguyên nhân dẫn đến sự mâu thuẫn, chồng chéo trong hệ thống pháp luật.
Hiện nay, ngoài sự tham mưu của các Bộ, cơ quan ngan Bộ là những chủ thể quản lý nhà nước, Thủ tướng Chính phủ cịn có khả năng tranh thủ ý kiến của các tổ chức tư vấn riêng của mình và những cá nhân có liên quan. Tuy nhiên, phương thức hoạt động của các tổ chức tư vấn còn thiếu rõ ràng và chồng lấn lên chức năng quản lý nhà nước của các cơ quan của Chính phủ, chẳng hạn như một số ban nghiên cứu, tổ chức tư vấn trực thuộc Thủ tướng lại dự kiến được trao những thẩm quyền như những cơ quan quản lý nhà nước.
Việc ứng dụng các giải pháp khoa học công nghệ, nhất là công nghệ thông tin vào hoạt động quản lý điều hành của Chính phủ và bộ máy hành chính cịn rất chậm, hiệu quả thấp.
Chất lượng của đội ngũ cán bộ, cơng chức hành chính vẫn chưa đáp ứng được yêu cầu quản lý nhà nước trong cơ chế mới. Mức độ chuyên nghiệp, tính chuyên sâu, kỹ năng hành chính của cán bộ, cơng chức cịn thấp. Nội dung và phương pháp đào tạo, bồi dưỡng cán bộ, cơng chức tuy đã có một số đổi mới, nhưng nhìn chung vẫn chưa đạt được mục tiêu, yêu cầu đề ra. Tệ cửa quyền, quan liêu, tham nhũng vẫn cịn là vấn nạn, tính cơng khai, minh bạch của nền hành chính cịn nhiều thách thức. Một bộ phận cán bộ, công chức suy giảm lý tưởng, lối sống, vi phạm đạo đức công vụ, thiếu ý thức trách nhiệm và tinh thần phục vụ, vô cảm trước yêu cầu của nhân dân đang gây bất bình trong nhân dân.
Những giải pháp mang tính đổi mới, theo hướng hiện đại hóa cơng tác quản lý cán bộ, cơng chức (như phân cấp, tăng cường trách nhiệm và thẩm quyền của người đứng đầu các đơn vị sự nghiệp dịch vụ công…) chậm được triển khai, dẫn đến các cơ quan hành chính vẫn ơm đồm nhiều việc và cản trở, can thiệp sâu vào hoạt động của các đơn vị cơ sở.
Công tác quản lý, tuyển dụng, sử dụng, thi tuyển, thi nâng ngạch, đánh giá, luân chuyển, đề bạt cán bộ, cơng chức cịn nhiều hạn chế. Các phương pháp khoa học trong đánh giá kết quả công tác của từng cán bộ, công chức chậm được
áp dụng để thay thế phương pháp đánh giá dựa vào tập thể là chủ yếu (bình quân, bầu chọn, biểu quyết…).
Từ những yếu kém mang tính chủ quan của bộ máy quản lý nhà nước, công cuộc cải cách hành chính chưa đem lại hiệu quả cao, tổ chức bộ máy và đội ngũ cán bộ còn chưa đáp ứng yêu cầu đổi mới, những yếu tố khó lường của sự biến động về giá cả, thiên tai, dịch bệnh… luôn tiềm ẩn tác động không thuận đến cơng tác điều hành của Chính phủ.