Bàn về khái niệm ĐHNC không thể tách rời với các khái niệm tính tự chủ, tự chịu trách nhiệm trong khoa học và giáo dục. Bởi các trƣờng ĐHNC có tính tự chủ cao, họ gần nhƣ quyết định mọi hoạt động của nhà trƣờng.
Tự chủ là vấn đề tồn tại một thống tự kiểm soát có tính tin cậy đối với việc đƣợc toàn quyền ra quyết định cùng với sự hoàn toàn sẵn lòng với trách nhiệm giải trình. Và tự chủ cũng không chỉ là việc phân chia các quyền lực đã đƣợc chọn lọc. Trách nhiệm giải trình bao gồm trách nhiệm với các mục tiêu, sứ mệnh của tổ chức. Công cụ để đo lƣờng sự tự chịu trách nhiệm bao gồm cả bộ phận tự kiểm soát bên trong và cơ quan kiểm tra bên ngoài.
Các hình thức chịu trách nhiệm giải trình bao gồm trách nhiệm giải trình của cá nhân đối với cấp quản lý trực tiếp, trách nhiệm giải trình trong nội bộ tổ chức, trách nhiệm giải trình của tổ chức với bên ngoài, trách nhiệm giải trình của các tổ chức đối với hệ thống quản lý.
Tự chủ, tự chịu trách nhiệm, thực chất là “autonomy” trong tổ chức KH&CN ở các nƣớc có nền khoa học phát triển. Nghĩa là, tổ chức KH&CN đƣợc toàn quyền quyết định các hoạt động của mình, cụ thể:
Đầu tiên, tổ chức KH&CN có quyền tự chủ trong xác định phƣơng hƣớng phát triển khoa học. Bản thân mỗi nhà khoa học trong tổ chức KH&CN tự chủ động trong các hoạt động nghiên cứu của mình. Cộng đồng khoa học hoạt động theo phƣơng thức dân chủ, cùng thống nhất phƣơng hƣớng nghiên cứu chung của tổ chức KH&CN của mình. Nhà nƣớc chỉ đóng vai trò hỗ trợ và điều chỉnh hoạt động của tổ chức phù hợp các quy định của pháp luật.
Tự chủ thể hiện trong việc tìm kiếm các nguồn lực phục vụ cho hoạt động NCKH nói riêng và hoạt động chung của tổ chức KH&CN. Tổ chức KH&CN sẽ chủ động tìm nguồn tài trợ từ nƣớc ngoài, doanh nghiệp, địa phƣơng, bộ, ngành.
Bên cạnh đó, để các tổ chức KH&CN thực sự đƣợc tự chủ, nhà nƣớc cần thực hiện cải cách hành chính, trách tình trạng thủ tục rƣờm rà. Các quy định về thanh quyết toán cũng cần sửa đổi theo đặc thù riêng trong NCKH, tạo điều kiện thuận lợi cho các nhà khoa học và tổ chức KH&CN.
Tự chủ trong tổ chức là các tổ chức KH&CN có quyền chuyển đổi tổ chức. Ngoài chức năng nghiên cứu và triển khai, tổ chức KH&CN có đủ năng lực có thể thực hiện cả chức năng đào tạo. Nhƣ vậy việc chuyển đổi của tổ chức là cần thiết để đáp ứng chức năng mới.
Cuối cùng, tổ chức KH&CN có quyền tự chủ trong xác định các tiêu chí đánh giá kết quả và hiệu quả hoạt động khoa học. Việc đánh giá có thể là đánh giá nội bộ hoặc từ bên ngoài nhƣng đều do tổ chức KH&CN quyết định.
Tổng hợp các nội dung trên, khái niệm tự chủ, tự chịu trách nhiệm ở các ĐHNC trong luận văn là “Tự chủ trong các ĐHNC là quyền của các trƣờng ĐHNC, trong đó, nhà trƣờng có quyền quyết định mọi hoạt động trong phạm vi của trƣờng và chịu trách nhiệm giải trình đối với các bộ phận quản lý nội bộ, cơ quan quản lý nhà nƣớc và xã hội”.