Đảng khoá IX đã ra Thông báo số 111-TB/TW về đổi mới Website ĐCSVN. Thông báo của Ban Bí thư quy định rõ chức năng, nhiệm vụ của Website ĐCSVN: “Website Đảng Cộng sản Việt Nam là cơ quan của Trung ương Đảng
Cộng sản Việt Nam, là hệ thống thông tin điện tử được tổ chức một cách khoa học, có hệ thống, nhằm cung cấp thơng tin chính thống về quan điểm, đường lối, chính sách đối nội và đối ngoại của Đảng Cộng sản Việt Nam, phản ánh toàn diện hoạt động của toàn Đảng, phục vụ cán bộ, đảng viên và nhân dân, người Việt Nam ở nước ngoài và người nước ngồi có quan tâm...”.
Theo Thơng báo số 111-TB/TW, Website ĐCSVN vừa là kho thông tin điện tử chính thống, vừa có chức năng như một tờ báo của Trung ương ĐCSVN. Ngay sau khi có Thơng báo 111-TB/TW, Ban Bí thư đã ra quyết định thành lập Ban Chỉ đạo Website ĐCSVN. Ban Tư tưởng - Văn hoá Trung ương đã ra quyết định thành lập các ban chuyên môn của Website. Ban Chỉ đạo Website ĐCSVN ra các quyết định bổ nhiệm Tổng biên tập, các Phó Tổng biên tập.
Như vậy, bước sang giai đoạn này, Website ĐCSVN đã thực sự có bước phát triển về tổ chức, trở thành đơn vị báo chí có tư cách pháp nhân, có trụ sở, tài khoản cấp 2 và con dấu riêng. Hoạt động của Website mang tính chất độc lập, trực thuộc Ban Chấp hành Trung ương Đảng, chịu sự chỉ đạo trực tiếp của Ban Chỉ đạo Website ĐCSVN. Ban Tư tưởng - Văn hoá Trung ương chỉ đạo về nội dung.
Website ĐCSVN gồm 8 Ban chuyên mơn: Ban Chính trị - Thời sự, Ban Xây dựng Đảng, Ban Văn hóa – Văn nghệ, Ban Thư ký Toà soạn, Ban Tiếng Anh, Ban Tiếng Trung, Ban Lý luận- Văn kiện, Văn phòng.