Đây là giai đoạn chuyển đổi mơ hình - Báo trực thuộc Ban Tuyên giáo Trung ương theo Quyết định 80-QĐ/TW của Bộ Chính trị khố X. Bước sang giai đoạn này, mơ hình tổ chức của Báo đã có bước thay đổi lớn: “Báo điện tử Đảng Cộng sản Việt Nam là cơ quan thuộc Ban Tuyên giáo Trung ương, là tiếng nói của Đảng, Nhà nước và nhân dân trên mạng điện tử internet, đồng thời là kho thông tin điện tử của Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam”.
và Ban Phóng viên thường trú, nâng tổng số đơn vị của Báo lên 14. Do một số khó khăn, Ban Báo in đã giải thể năm 2009, như vậy tổng số đơn vị của Báo hiện nay là 13 đơn vị.
Trong giai đoạn này, số lượng cán bộ tăng thêm 18 người, đưa tổng số lao động của Báo lên 88 người, trong đó cán bộ biên chế 32 người, hợp đồng một năm và 6 tháng 46 người và 10 người hợp đồng vụ việc.
Có thể thấy, qua các giai đoạn phát triển, Báo điện tử ĐCSVN đã từng bước hồn thiện về mơ hình tổ chức, được cấp có thẩm quyền điều chỉnh cho phù hợp với điều kiện cụ thể của từng thời kỳ.
Vừa qua, Ban Tuyên giáo Trung ương có Thơng báo số 243 – TB/BTGTW ngày 22/6/2009 về định hướng phát triển Báo điện tử ĐCSVN; Ban chỉ đạo Công nghệ thông tin cơ quan Đảng có Cơng văn số 759 - CV/CNTT ngày 23/6/2009 về Nâng cấp Website thành Cổng giao tiếp điện tử của Đảng. Theo đó, Báo điện tử ĐCSVN đang triển khai nhiều công việc để xây dựng hạ tầng kỹ thuật – công nghệ của Cổng thông tin điện tử ĐCSVN. Để đáp ứng yêu cầu trong tình hình mới, ngồi hai nhiệm vụ hiện nay là một cơ quan báo chí và kho dữ liệu điện tử của Đảng, Cổng thông tin điện tử ĐCSVN sắp tới sẽ thực hiện thêm hai nhiệm vụ mới rất quan trọng: Một là, tích hợp website của các đảng bộ trực thuộc Trung ương và các cơ quan Trung ương. Hai là, xây dựng kênh giao tiếp trực tuyến giữa Đảng với nhân dân.