Sự chi viện của Bộ Công an và sự chỉ đạo của Ban Bảo vệ an ninh Trung ương Cục miền Nam cùng với việc xây dựng thực lực tại chỗ đã giúp cho các khu và các tỉnh đủ điều kiện thành lập Ban An ninh.
Tại Sài Gòn, Gia Định, trước sự phát triển nhanh chóng của tình hình, để đáp ứng yêu cầu bức thiết, cần có lực lượng an ninh tham mưu cho Đảng trong đấu tranh chống các âm mưu, thủ đoạn tình báo gián điệp Mỹ và tay sai, làm nòng cốt cho các cuộc đấu tranh của quần chúng, ngày 19/3/1961 Khu ủy
quyết định thành lập Ban Bảo vệ An ninh khu Sài Gòn-Gia Định (T4) do đồng chí Huỳnh Văn Bánh (Năm Tấn) làm Trưởng ban, có các bộ phận: văn phòng (do đồng chí Huỳnh Văn Em làm Chánh văn phòng), bộ phận nông thôn do Huỳnh Văn Bánh kiêm nhiệm. Đồng chí Nguyễn Văn Thông (Tám Thông) và Tư Hùng phụ trách xây dựng và bảo vệ căn cứ. Tám Lừng phụ trách trại giam. Bộ phận đô thị do Sáu Lộc phụ trách. Ban còn có lãnh đạo khu ủy, số cán bộ trong đội được bổ sung đều là con em cán bộ, công tác tuyển chọn cán bộ làm rất kỹ [8, tr. 26].
Ở Khu V, được Bộ Công an chi viện, cùng với số cán bộ tại chỗ, đầu năm 1962, Thường vụ Khu ủy ra chỉ thị thành lập Ban Bảo vệ An ninh các cấp ở khu V. Từ tháng 2/1962, Ban Bảo vệ An ninh Khu V và các tỉnh, huyện được lần lượt thành lập. Một số cán bộ trong các ban của Đảng được chuyển sang làm công tác an ninh của Khu và các tỉnh. Cấp ủy Đảng đều cử cấp ủy viên sang phụ trách an ninh. Ban An ninh Khu V được thành lập (Ký hiệu A.H 230) do đồng chí Nguyễn Xuân Nhĩ (tức Tâm) Thường vụ Khu ủy phụ trách. Đồng chí Lê Văn Đại (tức Hùng) làm Phó ban. Đồng chí Nguyễn Cân (Trường Sơn), Ba Vy là ủy viên ban và một số cán bộ nghiệp vụ. Tổ chức của Ban An ninh Khu V lúc mới thành lập gồm có 3 bộ phận: Văn phòng, tổ điện đài, tổ cơ yếu [33, tr. 76]. Tiếp đó là Ban Bảo vệ An ninh Quảng Nam-Đà Nẵng ra đời tại xã A Vương, huyện Hiên do đồng chí Hoàng Tuấn Nhã (tức Lê Đình Thi) làm Trưởng ban, Trần Minh Sơn và Nguyễn Thái làm Ủy viên cùng một số cán bộ và chiến sĩ cảnh vệ. Ngay từ khi ra đời, Ban đã tham mưu cho tỉnh chỉ đạo, hướng dẫn, tổ chức huấn luyện tại chỗ để hình thành tổ chức an ninh các cấp huyện, xã ở miền núi, các đội công tác và ban bảo vệ cơ quan. Do điều kiện thông tin còn hạn chế, chưa có sự chỉ đạo thường xuyên của cấp trên, song ban bảo vệ an ninh Quảng Nam-Đà Nẵng căn cứ vào tình hình thực
tế của địa phương để bồi dưỡng cán bộ, nâng cao trình độ nghiệp vụ, xây dựng lực lượng an ninh ngày một vững mạnh.
Ở Tây Ninh, từ tháng 5/1961, Ban Bảo vệ An ninh tỉnh thành lập tại căn cứ Bời Lời, thuộc xã Đôn Thuận, huyện Trảng Bàng. Nguyễn Văn Hải, Ủy viên thường vụ Tỉnh ủy được phân công làm Trưởng ban. Lúc đầu Ban chỉ có 3 người, gồm có 3 bộ phận là: Ban lãnh đạo, Văn phòng và Bảo vệ chính trị.
Cuối năm 1961 đầu năm 1962, Ban Bảo vệ An ninh Khu IX (khu Tây Nam Bộ- T3) chính thức thành lập. Đồng chí Lâm Văn Thê, Ủy viên Thường vụ khu ủy làm Trưởng ban, Ngô Quang Hớn làm Phó trưởng ban thường trực. Nguyễn Văn Cúc, Nguyễn Văn Hoàng, Nguyễn Văn Minh làm ủy viên. Nhiệm vụ của Ban Bảo vệ An ninh khu được xác định là: tham mưu cho khu ủy về công tác an ninh, chỉ đạo an ninh các tỉnh; bảo vệ cơ quan khu ủy và vùng căn cứ cách mạng. Khu ủy đã bố trí một số tiểu ban trực thuộc gồm: Văn phòng, điệp báo, bảo vệ chính trị, cơ quan, bộ phận huấn luyện, trường. Sau khi an ninh Khu IX thành lập, hệ thống tổ chức an ninh khu đến các tỉnh, huyện, xã trong khu từng bước được xây dựng, củng cố và ngày càng hoàn thiện.
Quý I/1962, Ban Bảo vệ An ninh Khu VIII Trung Nam Bộ (T2) thành lập. Ban lãnh đạo gồm: đồng chí Huỳnh Việt Thắng, Khu ủy viên làm Trưởng ban phụ trách chung, Nguyễn Văn Y (Năm Trà) làm Phó ban thường trực; Nguyễn Công Bình làm Ủy viên phụ trách công tác bảo vệ căn cứ.
Để giúp lãnh đạo Bộ nắm tình hình địch ở miền Nam, tháng 2/1962, Bộ Công an thành lập Tổ theo dõi điện đài ở miền Nam (tổ 15) trực thuộc Bộ trưởng, gồm một số cán bộ am hiểu tình hình miền Nam và một số cán bộ cơ yếu do đồng chí Phạm Tấn Kiềm phụ trách. Nhiệm vụ của Tổ 15 là nắm tình hình địch, tổng hợp, nghiên cứu báo cáo Bộ trưởng để chỉ đạo công tác chi
viện an ninh miền Nam, kịp thời thông tin cho an ninh các khu, tỉnh về hoạt động của địch để giúp các địa phương có kế hoạch đối phó kịp thời.
Trước yêu cầu của công tác chống do thám, gián điệp, bảo vệ vùng căn cứ, giữa năm 1961, Khu ủy Khu Đông Nam Bộ quyết định thành lập Ban Bảo vệ An ninh khu Đông Nam Bộ (T1) do đồng chí Nguyễn Văn Chí, Phó Bí thư khu ủy làm Trưởng ban, Mười Đen và Hồ Thảo làm Phó ban. Tổ chức Ban lúc đầu gồm một số cán bộ công an thời kỳ chống Pháp được Khu ủy điều từ các ngành về và 5 chiến sĩ tân binh làm nhiệm vụ sản xuất tự túc, canh gác trại giam. Tháng 7/1962, Khu được Ban bảo vệ An ninh Trung ương Cục tăng cường thêm 21 người, nguyên là cán bộ công an tập kết và cán bộ Bộ Công an các tỉnh phía Bắc chi viện làm nhiệm vụ xây dựng, hình thành và phát triển lực lượng an ninh tỉnh, huyện, xã. Kể từ đây, Ban Bảo vệ An ninh khu Đông Nam Bộ giữ vai trò chỉ đạo và là cầu nối giữa an ninh các tỉnh với an ninh Trung ương Cục miền Nam.
Tại Khu VI (Nam Trung Bộ), Bộ Công an chi viện 53 người. Dựa vào số cán bộ chi viện, Khu ủy và các tỉnh ủy rút thêm một số cán bộ của Đảng và thành lập Ban Bảo vệ An ninh Khu VI vào ngày 30/5/1962. Ban An ninh Khu do đồng chí Trần Lê, Bí thư khu ủy làm Trưởng ban, đồng chí Trần Đức Hoài (Ba Mỹ) và Thái Xuân Đồng (Công) làm phó ban và một số cán bộ nghiệp vụ. An ninh Khu là một bộ phận nằm trong Văn phòng khu ủy đóng tại vùng B4 (thung lũng sông Krông-nô) và vùng núi Chư-Yang-Sin (Đăk-Lăk). Ban Bảo vệ an ninh Khu dần dần được xây dựng, củng cố, hình thành hệ thống tổ chức từ khu đến các tỉnh, huyện và xã. Nhờ vậy, lực lượng an ninh của khu thực hiện được chức năng làm tham mưu cho cấp ủy, hướng dẫn theo ngành dọc đấu tranh chống tình báo, gián điệp, bảo vệ nội bộ, bảo vệ an ninh trật tự vùng giải phóng.
Ban An ninh Khu X (gồm Bình Long, Phước Long, Quảng Đức) thành lập cuối quý 1 năm 1962, do đồng chí Bùi Sang (tức Chính Liêm) làm Trưởng ban; đồng chí Nguyễn Thái Hằng (Tám Toàn) do Bộ Công an chi viện làm Phó ban.
Ban Bảo vệ An ninh các cấp ở miền Nam được thành lập, đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ phục vụ các cấp ủy Đảng trong công tác tham mưu, hướng dẫn và trực tiếp đấu tranh chống do thám, gián điệp, bảo vệ cơ sở, phong trào cách mạng. Dưới sự lãnh đạo của Đảng, an ninh các cấp đã đẩy mạnh công tác đấu tranh chống phản cách mạng, khám phá, bóc gỡ hàng chục tổ chức gián điệp, bắt giữ hàng trăm tên, bảo vệ tốt an ninh trật tự.
Tiếp tục đẩy mạnh công tác an ninh và củng cố bộ máy phản gián, ngày 16/1/1962 Trung ương Cục miền Nam ra Chỉ thị số 11/CTR nhấn mạnh:
Công tác phản gián là một bộ phận của an ninh bảo vệ. Mỗi cấp cần có ít nhất hai cán bộ (không kể nhân viên) theo dõi hồ sơ và tổ chức cơ sở. Riêng huyện chỉ cần một cán bộ theo dõi nắm hồ sơ lý lịch vì huyện không có tổ chức cơ sở phản gián trong lòng địch. Công tác phản gián là công tác đặc biệt, khả năng bị địch đánh lại, nên cán bộ phải có lập trường tư tưởng vững, phải liêm chính, có trình độ chính trị, có khả năng giao thiệp, có trình độ đào tạo cơ sở về phản gián [9, tr. 200].
Thực hiện chỉ thị và nhằm tăng cường công tác nắm tình hình địch, Ban Bảo vệ An ninh Trung ương Cục có Điện số 204/TW đề nghị Bộ Công an tiếp tục chi viện cho các khu, tỉnh. Xác định khu Sài Gòn-Gia Định là địa bàn chiến lược trọng điểm, tháng 3/1962, Bộ Công an thành lập trung tâm tình báo tại đây. Trung tâm Sài Gòn gọi là tổ A1 do đồng chí Lê Phi Hùng phụ trách và 2 người làm công tác điện đài. Nhiệm vụ của tổ là phối hợp với lực lượng an ninh tại chỗ, xây dựng cơ sở bí mật, nắm tình hình âm mưu tổ chức, kế hoạch hoạt động của cơ quan tình báo Mỹ, công an, cảnh sát Sài Gòn và
các đảng phái phản động. Tổ A1 đã chắp nối liên lạc với các cơ sở của Bộ Công an đánh vào Sài Gòn 1954 và xây dựng cơ sở mới tiếp cận các cơ quan tình báo, công an, cảnh sát địch… Qua đó nắm được tình hình ở Bộ chỉ huy quân sự Mỹ (MACV) tại Sài Gòn, Sở nghiên cứu chính trị xã hội (Cơ quan mật vụ của chính quyền Sài Gòn) đồng thời thông báo cho các cấp ủy ở miền Nam có đối sách đối phó với những âm mưu thủ đoạn của địch [8, tr. 33].
Cuối năm 1962, Bộ Công an chi viện cho An ninh miền Nam. 5 cán bộ được phân công về Ban Bảo vệ An ninh T4. Có thêm người, Ban Bảo vệ An ninh T4 tiếp tục kiện toàn tổ chức. Ban phân công cán bộ xuống tăng cường và giúp đỡ an ninh các huyện. Đồng chí Năm Mai được phân công làm Trưởng Ban An ninh huyện Dĩ An, đồng chí Tám Phong làm Trưởng Ban An ninh huyện Nhà Bè, Bảy Thông làm Trưởng Ban An ninh huyện Thủ Đức. Bộ máy tổ chức của An ninh T4 ngày càng hoàn thiện.
Tháng 3/1962, để tăng cường công tác nắm tình hình địch ở địa bàn trọng điểm, Bộ Công an quyết định thành lập trung tâm tình báo trong các đô thị miền Nam. Tại Đà Nẵng (bí số A3) gồm 6 cán bộ trong đó có 3 cán bộ điệp báo (Cam, Thành, Tứ) và 3 cán bộ điện đài. Trung tâm thực hiện nhiệm vụ phối hợp an ninh tại chỗ xây dựng cơ sở bí mật để nắm tình hình tổ chức, âm mưu, kế hoạch hoạt động của các cơ quan tình báo Mỹ và tay sai, công an, cảnh sát, các đảng phái phản động, phản động trong tôn giáo…Trung tâm tình báo được trang bị vũ khí, điện đài, mật mã, mực bí mật và các phương tiện phục vụ hoạt động bí mật. Trung tâm tình báo Đà Nẵng một mặt nhận chỉ thị và báo cáo trực tiếp với Bộ Công an, mặt khác chịu sự quản lý trực tiếp của Bí thư tỉnh ủy Quảng Nam-Đà Nẵng. Tháng 10/1964, do yêu cầu của phong trào cách mạng tại địa phương, tỉnh ủy Quảng Nam-Đà Nẵng đề nghị Bộ Công an chuyển trung tâm tình báo Đà Nẵng vào Ban An ninh Đà Nẵng, trọng tâm vẫn là công tác điệp báo được Bộ đồng ý.
Đầu năm 1963, kế hoạch bình định miền Nam trong vòng 18 tháng của Mỹ và chính quyền Sài Gòn bị thất bại. Ngày 22/12/1962, trong cuộc họp báo tại NewYork, Tổng thống Mỹ Kenedy thú nhận: “Tiến hành cuộc chiến tranh du kích là một công việc rất khó. Chúng ta hiện ở trong một đường hầm không lối thoát” [45, tr. 196]. Để tiếp tục kéo dài thời gian bình định miền Nam, quyết tâm thực hiện cho được việc gom dân lập ấp chiến lược, đối với miền Bắc, địch ồ ạt tung gián điệp biệt kích thực hiện chiến tranh tâm lý nhằm ngăn chặn sự chi viện của hậu phương lớn; mặt khác ở miền Nam để cứu nguy cho chính quyền Ngô Đình Diệm, Mỹ đưa thêm cố vấn quân sự và tình báo, đẩy mạnh các hoạt động gián điệp, chiến tranh tâm lý, chiêu hồi, chiêu hàng, liên tục mở các cuộc hành quân, càn quét bình định dài ngày để dồn dân vào các ấp chiến lược. Chúng sử dụng các chiến thuật “trực thăng vận”, “thiết xa vận”, “bủa lưới phóng lao”, “phượng hoàng vồ mồi”, “trên đe dưới búa”, tập trung đánh vào các căn cứ cách mạng ở miền Đông, miền Tây Nam Bộ, Tây Bắc Sài Gòn, các tỉnh đồng bằng khu V để tiêu diệt các cơ quan đầu não cách mạng.
Mặc dù Mỹ và tay sai tăng cường chống phá, song thực tế đầu năm 1963 tình hình cách mạng miền Nam vẫn có nhiều chuyển biến tích cực, đòi hỏi các tổ chức phải nhanh chóng phát triển đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ mới.
Ngày 16/1/1963, để chỉ đạo kịp thời an ninh các cấp thực hiện nhiệm vụ do Đảng đề ra, Trung ương Cục tổ chức Hội nghị An ninh toàn miền Nam lần thứ nhất tại căn cứ Dương Minh Châu (Tây Ninh). Hội nghị có 67 đại biểu chính thức gồm lãnh đạo Trung ương Cục, An ninh Trung ương Cục, an ninh các khu và tỉnh ở miền Nam, đồng chí Nguyễn Văn Linh - Bí thư Trung ương Cục, đồng chí Phan Văn Đáng - Phó Bí thư Trung ương Cục đến dự và chỉ đạo hội nghị.
Hội nghị phân tích âm mưu, phương thức, thủ đoạn hoạt động của địch và đánh giá kết quả đấu tranh của lực lượng an ninh miền Nam. Đồng thời vạch ra một số mặt hạn chế trong công tác đấu tranh của lực lượng An ninh miền Nam là một số vụ án thiếu điều tra nghiên cứu, phân loại đối tượng, còn trừng trị tràn lan. Từ đó, Hội nghị đề ra 4 nhiệm vụ cơ bản của An ninh miền Nam là: Bảo vệ Đảng, các cơ quan, các tổ chức quần chúng và căn cứ; kiên quyết và kịp thời trừ gian, trấn áp phản cách mạng, phục vụ cuộc đấu tranh của nhân dân phá thế kìm kẹp của địch, chống phá ấp chiến lược, chống gom dân, chống biệt kích, chống càn quét, lấn chiếm; xúc tiến việc điều tra nghiên cứu nắm tình hình một cách sâu sắc và có hệ thống phục vụ yêu cầu đấu tranh trước mắt và lâu dài; đào tạo, bồi dưỡng, nâng cao trình độ chính trị và nghiệp vụ cho cán bộ nhân viên [34, tr. 69].
Đây là hội nghị hết sức quan trọng, những vấn đề cơ bản của công tác an ninh được đề ra có tác dụng làm chuyển biến nhận thức của cán bộ, chiến sĩ, đánh dấu một bước phát triển mới của lực lượng An ninh miền Nam.
Sau hội nghị, hệ thống tổ chức an ninh các cấp được củng cố. Ban An ninh Trung ương Cục tăng cường đội ngũ cán bộ cốt cán cho bộ máy an ninh cấp dưới. Ban cử đồng chí Thái Doãn Mẫn (Tám Nam) Ủy viên Ban An ninh Trung ương Cục về làm Phó trưởng Ban An ninh khu Tây Nam Bộ (T3). Các đồng chí: Tây Sơn, Ba Hấp, Sáu Hà về làm Trưởng, Phó Ban An ninh tỉnh Tây Ninh cùng một số cán bộ trinh sát, điệp báo. Cùng thời gian này, đồng chí Ba Vinh được cử về làm Phó trưởng Ban An ninh tỉnh Bình Long (T10) và một số khác về làm trưởng, phó Ban An ninh huyện 105 (Tân Biên).
Trước tình hình Mỹ và tay sai ngày càng tăng cường hoạt động do thám, gián điệp hòng phá hoại cách mạng, Ban An ninh Trung ương Cục một mặt tăng cường giáo dục ý thức phòng gian, bảo mật trong quần chúng nhân dân ở vùng căn cứ, tham mưu cho cấp ủy chỉ đạo các cơ quan, đơn vị nâng
cao cảnh giác, thanh khiết nội bộ, hỗ trợ phong trào đấu tranh của quần chúng, mặt khác ra Chỉ thị 24 (tháng 8/1963) gửi ban an ninh các cấp về phát triển công tác điệp báo trong tình hình mới. Chỉ thị vạch rõ: Trong lúc này Mỹ chuẩn bị đảo chính Diệm, Nhu, lực lượng an ninh khu, tỉnh cần tăng cường công tác điệp báo, nắm chắc mưu toan của các lực lượng chuẩn bị đảo chính,