Quán triệt tinh thần chỉ đạo của Trung ương Cục và Khu ủy, đầu năm 1965, phong trào cách mạng ở các tỉnh phát triển nhanh chóng, toàn diện. An ninh các tỉnh được Bộ Công an chi viện đã triển khai xây dựng bộ máy ở hầu hết các huyện, thị; tích cực xây dựng lực lượng an ninh cơ sở, tại chỗ ở ba vùng chiến lược, tiến hành các mặt công tác an ninh phục vụ nhiệm vụ chính trị. Trước tình hình và yêu cầu cách mạng, nhu cầu củng cố bộ máy lãnh đạo an ninh các cấp, củng cố tổ chức trở nên cấp bách. Tổ chức bộ máy của Ban An ninh Trung ương Cục và các khu, tỉnh hầu hết có các bộ phận: Văn phòng, Bảo vệ chính trị, Điệp báo và an ninh đô thị, Bảo vệ căn cứ; Chấp pháp trại giam, An ninh vũ trang và Bảo vệ trị an. Ở các khu thành lập trường nghiệp vụ để huấn luyện, đào tạo và bồi dưỡng cán bộ tại chỗ. Ở các tỉnh, thành phố xây dựng và phát triển các đội trinh sát vũ trang làm nhiệm vụ diệt ác, phá kìm, hỗ trợ quần chúng đấu tranh giành quyền làm chủ.
Tại khu VI, An ninh Khu do Trần Lê, Bí thư Khu ủy kiêm Trưởng ban, có 2 phó ban là Ba Mỹ (Trần Đức Hoài), Thái Xuân Đồng (Công) và Trần Kim Chiến (Nam) là ủy viên. Các bộ phận nghiệp vụ của An ninh Khu, tỉnh bước đầu được củng cố, có cán bộ chuyên trách từng bộ phận. Một số tỉnh do thiếu cán bộ nên có bộ phận còn kiêm nhiệm. Bên cạnh đó tại khu VI có A2 là tổ tình báo được Bộ phái đi từ 1961 vào tạm đứng chân ở Bình Thuận, do Bộ trực tiếp chỉ đạo [35, tr. 82-83].
Tại khu Đông Nam Bộ: tổ chức của Ban An ninh Khu gồm: Ban lãnh đạo 3 người (1 cấp ủy, 2 phó ban);Văn phòng (B1) 53 cán bộ; Bảo vệ chính trị (B2) 29 (cả bảo vệ trại, tư pháp và quản giáo); Chấp pháp (B5) 16 cán bộ;
B vũ trang tập trung 18 (cả ban chỉ huy trung đội). Cuối tháng 6/1965, An ninh Trung ương Cục bổ sung 12 cán bộ, đa số chi viện từ miền Bắc vào, Khu ủy miền Đông điều động sang 6 người. Tính đến tháng 12/1965, tổng số biên chế của Ban là 127 người. Lực lượng an ninh Khu dần trưởng thành, cải tiến lề lối làm việc, tăng cường khả năng chiến đấu và công tác.
Trong năm 1965, bộ máy an ninh tỉnh, huyện, xã đều phát triển, đa số Ban An ninh có cấp ủy viên phụ trách. Các bộ phận nghiệp vụ ở Khu và một số tỉnh bắt đầu được chấn chỉnh. Tuy chưa có bộ phận độc lập nhưng an ninh cấp huyện đã phân công cán bộ phụ trách từng địa bàn. Ban an ninh Khu chú trọng xây dựng tổ chức an ninh xã. Đến cuối năm 1965, 71 xã trong toàn khu có Ban An ninh, 154 xã có chi ủy viên phụ trách an ninh, bắt đầu triển khai một số mặt công tác, góp phần phục vụ thực hiện các chính sách của Đảng [34, tr. 94-95].
Ở Khu V, từ năm 1965 do Trung ương trực tiếp quản lý. Dưới sự chỉ đạo của Trung ương, Thường vụ Khu ủy đặt vấn đề phải xây dựng lực lượng an ninh cho phù hợp với sự phát triển của tình hình, đủ sức đối phó có hiệu quả những hoạt động chống phá của tình báo gián điệp Mỹ và các thế lực phản động tay sai. Giữa năm 1965 số cán bộ của Bộ Công an chi viện vào đến chiến trường, Thường vụ Khu ủy quyết định tăng cường cán bộ lãnh đạo cho Ban lãnh đạo Khu và đồng ý cho thành lập các bộ phận công tác nghiệp vụ (gọi là B). Tổ chức bộ máy của Ban An ninh Khu V gồm:
Ban lãnh đạo chung, Văn phòng (B1), Bảo vệ chính trị (B2), Điệp báo, an ninh đô thị (B3), Bảo vệ nội bộ căn cứ (B4), Chấp pháp (B5), Bảo vệ trị an (B6), Trại giam (B7), An ninh vũ trang (B8). Trong mỗi bộ phận nghiệp vụ đều quy định chức năng, nhiệm vụ, lề lối làm việc và có trang bị phương tiện hoạt động. Bộ phận Văn phòng (B1) có tổ điện đài và tổ cơ yếu làm công tác
nắm tình hình và nhanh chóng báo cáo về Bộ Công an, Trung ương Cục miền Nam.
Để đáp ứng yêu cầu ngày một tăng về số lượng và nâng cao chất lượng đào tạo nghiệp vụ cho cán bộ, được sự chỉ đạo và chi viện của Bộ Công an, Ban An ninh Khu V thành lập trường Nghiệp vụ an ninh để huấn luyện, đào tạo cán bộ tại chỗ. Lúc đầu trường Nghiệp vụ an ninh Khu V do Ba, Ngoạn (Long) phụ trách, sau bổ sung thêm cán bộ. Từ năm 1965, trường đã liên tục mở các lớp bồi dưỡng huấn luyện nghiệp vụ cho cán bộ chiến sĩ an ninh, kể cả an ninh xã, góp phần khắc phục những khó khăn về cán bộ cho toàn Khu. Năm 1965, Ban An ninh Khu V quyết định thành lập trại giam trực thuộc Ban An ninh Khu để giam giữ, cải tạo những phần tử nguy hiểm [33, tr. 138-139].
Đáp ứng yêu cầu nâng cao chất lượng nghiệp vụ cho cán bộ, năm 1965, các cấp an ninh từ Khu đến tỉnh đều mở trường, lớp đào tạo cán bộ. Khu Đông Nam Bộ mở 2 lớp cho an ninh huyện, trinh sát vũ trang, trinh sát bảo vệ chính trị gồm 59 người và lớp cận vệ 12 người. An ninh các tỉnh Tây Ninh, Long Khánh, Biên Hòa, Bình Dương mở 11 lớp đào tạo, huấn luyện cho 232 trưởng, phó an ninh xã.
Thực hiện chủ trương của lãnh đạo Bộ về chi viện cho An ninh miền Nam, tháng 1/1965 Bộ trưởng cho tuyển chọn cán bộ mở 2 lớp (B10, B11) tại trường Công an Trung ương dự trữ cho An ninh miền Nam (chủ yếu là cảnh sát ngoại tuyến, trinh sát kỹ thuật). Mặt khác lãnh đạo Bộ chỉ thị cho một số Vụ, Cục nghiệp vụ lập phương án chuẩn bị cán bộ phục vụ công tác quản lý đô thị, vùng giải phóng.
Tính riêng năm 1965, Ngành chi viện cho An ninh miền Nam nhiều đợt có quy mô lớn. Đặc biệt 2 đợt tháng 4 và tháng 10 tổng cộng là 575 cán bộ, có 43 cán bộ trung cấp (gồm trưởng, phó phòng Bộ, trưởng, phó ban, sở, ty, một số phó trưởng ty công an).
Bộ trưởng chỉ thị cho một số cục nghiệp vụ soạn thảo các tài liệu cần thiết về từng lĩnh vực công tác nghiệp vụ để in thành “Sổ tay an ninh” giúp các trường An ninh miền Nam làm đề cương bài giảng, cán bộ làm cẩm nang vận dụng vào công tác an ninh.
Hỗ trợ cho công tác nghiên cứu tình hình, xây dựng kế hoạch đánh địch, lãnh đạo Bộ điều động cán bộ công tác ở Trường Công an Trung ương tăng cường cho An ninh Trung ương Cục gồm: Trần Gia Bạt, Phạm Cửu, Bùi Thiện Ngộ, Cao Minh Phi, Lê Lực, Đinh Ngọc By.
Hưởng ứng lời kêu gọi của Chủ tịch Hồ Chí Minh và của Mặt trận dân tộc giải phóng miền Nam Việt Nam, đồng thời thực hiện chỉ thị 3C của Ban Thường vụ Trung ương Cục miền Nam, lực lượng an ninh khắp các tỉnh, thành, quận, huyện, xã ở miền Nam không ngừng củng cố và phát triển tổ chức, đẩy mạnh công tác nghiệp vụ kết hợp với các ngành, đoàn thể và lực lượng vũ trang đưa phong trào đấu tranh cách mạng của quần chúng lên cao. Lực lượng bắt, diệt nhiều do thám, gián điệp, mở nhiều đợt tấn công trong đô thị, vùng nông thôn bị chiếm, chống địch càn quét, bảo vệ vùng giải phóng và các hành lang vận chuyển.
Quán triệt Chỉ thị của Trung ương Cục, lực lượng an ninh các cấp triển khai các mặt công tác, đẩy mạnh việc củng cố và hình thành mạng lưới an ninh khắp 3 vùng, nhất là trinh sát vũ trang, an ninh bí mật, điệp báo ở đô thị để hoạt động ngay trong hang ổ của chúng. Đồng thời đẩy mạnh tấn công địch khắp các tỉnh thành phía Nam, tổ chức nhiều trận đánh với tình báo, gián điệp, tề vệ, ác ôn. Ở Trảng Bàng, đội biệt động an ninh hóa trang lính ngụy và dùng xe ô tô đột nhập vào thị trấn, nơi chúng cho là bất khả xâm phạm bắn chết tên Cuộn, làm thám báo và tên Miên là đội trưởng đội điều tra thuộc chi cảnh sát Trảng Bàng [1, tr. 136].
Ở vùng địch kiểm soát, nhất là tại các đô thị, lực lượng an ninh đẩy mạnh công tác xây dựng cơ sở, hình thành mạng lưới điệp báo nắm tình hình, quy luật hoạt động của địch, đồng thời phát hiện, sưu tập đầu mối để phục vụ công tác đánh địch. Đầu năm 1965, chỉ tính riêng khu Đông Nam Bộ, an ninh Khu có 13 cán bộ làm công tác điệp báo, xây dựng được 22 cơ sở bí mật, 33 an ninh bí mật, xây dựng 2 hộp thư, tổ chức 1 giao liên. Thông qua công tác điệp báo, An ninh Khu và các tỉnh Bình Dương, Tây Ninh, Phước Thành nắm được một số tin tức về bố trí lực lượng, kế hoạch càn quét đánh phá của địch…
Ngày 27/12/1965, Ban Chấp hành Trung ương Đảng họp Hội nghị lần thứ 12 đánh giá tình hình và đề ra nhiệm vụ cho cách mạng cả nước. Hội nghị ra Nghị quyết về nhiệm vụ trước mắt của toàn Đảng, toàn quân và toàn dân: “động viên lực lượng cách mạng của cả nước, kiên quyết đánh bại cuộc chiến tranh xâm lược của đế quốc Mỹ trong bất kỳ tình huống nào, để bảo vệ miền Bắc, giải phóng miền Nam, hoàn thành cách mạng dân tộc dân chủ nhân dân trong cả nước, tiến tới thực hiện hòa bình thống nhất nước nhà” [23, tr. 634].
Tháng 3/1966, Trung ương Cục họp Hội nghị lần thứ 4 xác định “quyết tâm đánh bại cuộc chiến tranh xâm lược của đế quốc Mỹ trong bất kỳ tình huống nào”. Về nhiệm vụ công tác an ninh, Thường vụ Trung ương Cục nhấn mạnh: “Nâng cao cảnh giác, tăng cường bảo mật phòng gian, tích cực chủ động trừ gian, trấn áp do thám gián điệp và phản động, đảm bảo trong sạch vùng giải phóng, căn cứ, tranh thủ diệt ác, trừ gian, phản động trong vùng địch kiểm soát, ra sức xây dựng lực lượng an ninh nhân dân trên quan điểm dựa vào quần chúng, tăng cường đội ngũ cán bộ chuyên môn, kiện toàn bộ máy và chấn chỉnh lề lối làm việc của an ninh các cấp đảm bảo cho sự trấn áp và chuyên chính với kẻ thù” [23, tr.109] .
Quán triệt Nghị quyết Trung ương Cục và chỉ thị của Ban An ninh miền Nam, cuối năm 1966, lực lượng an ninh toàn miền đẩy mạnh hoạt động trên tất cả các lĩnh vực: phản gián, điệp báo, diệt ác, trừ gian, phá tề.
Để đối phó với âm mưu càn quét, đánh phá của địch, tháng 3/1966, An ninh Trung ương Cục thành lập Ban Nghiên cứu biên soạn tài liệu về công tác an ninh trên 3 vùng chiến lược, Cao Đăng Chiếm được điều động trở lại Ban An ninh Trung ương Cục làm Phó Trưởng ban và trực tiếp chỉ đạo việc nghiên cứu, biên soạn tài liệu về công tác an ninh. Ban nghiên cứu gồm 3 tổ: Tổ biên soạn tài liệu công tác an ninh vùng nông thôn yếu; vùng ven do Ngô Quang Nghĩa, Bùi Thiện Ngộ phụ trách; Tổ biên soạn tài liệu công tác an ninh vùng giải phóng do Lê Minh Đốc, Đinh Văn Tùng phụ trách; Tổ Biên soạn tài liệu công tác an ninh vùng đô thị có Nguyễn Thái Hằng… Tài liệu do Ban An ninh nghiên cứu, biên soạn được tổng kết từ thực tiễn chiến trường miền Nam với lý luận an ninh nhân dân. Ban An ninh Trung ương Cục tổ chức phổ biến cho an ninh khu, tỉnh, huyện thực hiện, có tác dụng thúc đẩy công tác an ninh trên cả 3 vùng chiến lược [47, tr. 157].
Xuất phát từ yêu cầu thực tế của chiến trường, các cấp ủy Đảng quan tâm công tác đào tạo, bồi dưỡng cán bộ tại chỗ, coi đây là nhiệm vụ quan trọng. Thực hiện phương châm “cần gì học nấy”, trong 3 năm 1965-1968, An ninh miền Nam đã đào tạo, bồi dưỡng cho gần 4.000 cán bộ cấp khu, tỉnh, trên 17.000 cán bộ cấp huyện.
Dưới sự chỉ đạo trực tiếp của các cấp ủy Đảng, lực lượng An ninh miền Nam đã triển khai các mặt công tác an ninh trên khắp ba vùng chiến lược, thu được nhiều kết quả. Đáng chú ý là chiến công ngày 1/6/1966 của trinh sát vũ trang Sài Gòn-Gia Định diệt tên Nguyễn Xuân Chữ, Bộ trưởng Chiến tranh tâm lý chính quyền Sài Gòn. Tháng 6/1966, An ninh Quảng Nam khám phá mạng lưới tình báo Biệt đội sưu tầm mang mật danh “Con Két”. Ở Gia Lai,
lực lượng an ninh bảo vệ chiến dịch Plây-giăng và phá tổ chức biệt kích thám báo của địch ở biên giới. Từ ngày 8 đến 26/1/1967, An ninh Sài Gòn-Gia Định và Thủ Dầu Một bẻ gãy cuộc hành quân Xê-đa-phôn của địch. Đặc biệt, từ ngày 23/3 đến ngày 16/4/1967, An ninh Trung ương Cục và An ninh Tây Ninh phối hợp chặt chẽ với các lực lượng khác đánh bại cuộc hành quân Gianxơnxity của Mỹ [47, tr.159].
Sau khi Bộ Chính trị có chủ trương mở cuộc Tổng tiến công và nổi dậy trên khắp chiến trường miền Nam vào tết Mậu Thân 1968, Thường vụ Trung ương Cục quyết định thành lập An ninh 6 phân khu do Nguyễn Văn Linh, Phó Bí thư Trung ương Cục trực tiếp làm Bí thư, Võ Văn Kiệt, Ủy viên Trung ương Cục-Bí thư khu ủy Sài Gòn-Gia Định làm Phó Bí thư. Ban An ninh Trung ương Cục tổ chức 6 đoàn cán bộ xuống tăng cường cho 6 cánh quân của phân khu. Thực hiện chỉ thị của Thường vụ Trung ương Cục, các cấp an ninh trong toàn miền tổ chức cho toàn thể cán bộ, chiến sỹ học tập chỉ thị của Đảng về Tổng tiến công và nổi dậy. Các cấp an ninh đều có kế hoạch toàn diện về công tác bảo vệ, bố trí lực lượng tham gia các mũi tiến công vào các đô thị… Các tổ cơ yếu, điện đài, thông tin liên lạc, giao liên, trinh sát kỹ thuật được thành lập. Ban An ninh Trung ương Cục tổ chức làm giấy tờ căn cước giả “Rồng xanh”, các loại giấy “Miễn quân dịch”, “Sự vụ lệnh” của địch do các cơ sở an ninh cung cấp, để trang bị cho cán bộ chiến sĩ vào đô thị hoạt động. Lực lượng điệp báo, trinh sát vũ trang lọt vào thành phố, thị xã để điều tra, nắm tình hình. Chủ động chuẩn bị việc tuyển chọn hàng ngàn tân binh, huy động hàng chục nghìn dân công, tổ chức hàng trăm tàu thuyền, phương tiện vận chuyển đưa đón cán bộ, bộ đội, chở vũ khí vào nội thành. Các Ban an ninh cơ quan Trung ương Cục rà soát lại mạng lưới cơ sở điệp báo cũ, xây dựng thêm 117 cơ sở điệp báo mới và 1.198 cơ sở bí mật trong các cơ quan tình báo, đoàn bình định ngụy quyền, đảng phái, tôn giáo, dân tộc (chủ yếu là
dùng cơ sở trong hàng ngũ địch). An ninh khu trọng điểm đã xây dựng được cơ sở Nguyễn Thanh Sơn, Trợ lý Trưởng cuộc cảnh sát quận 6 thuộc chính quyền Sài Gòn cung cấp về tình hình hoạt động của cảnh sát quận, âm mưu địch chuẩn bị tổ chức “Ủy ban phượng hoàng”.
Từ năm 1967, Thường vụ Trung ương Cục ra nghị quyết thực hiện quyết tâm chiến lược của Bộ Chính trị mở cuộc Tổng tiến công và nổi dậy vào dịp tết Mậu Thân 1968. Ban An ninh Trung ương Cục tiến hành kiện toàn tổ chức, tăng cường cán bộ lãnh đạo cho những địa bàn trọng điểm; điều chuyển đội trinh sát bảo vệ chính trị, căn cứ về An ninh Trung ương Cục; giải thể Ban An ninh huyện căn cứ 105 (Tân Biên-Tây Ninh); bổ sung cán bộ cho an ninh tỉnh Tây Ninh và điều động một số về An ninh Trung ương Cục; giải thể Ban An ninh khu Miền Đông; tăng cường cán bộ cho các tỉnh thuộc miền Đông, các Ban An ninh phân khu 1, 4, 5.
Ban An ninh Trung ương Cục thành lập một số đại đội an ninh vũ trang làm nhiệm vụ bảo vệ Trung ương Cục, tổ chức 6 đoàn cán bộ phối hợp với 6 cánh quân của phân khu Sài Gòn-Gia Định. Việc tăng cường lãnh đạo, chỉ đạo, bố trí lực lượng cho các địa bàn trọng điểm đã giúp cho lực lượng an ninh đáp ứng nhiệm vụ trong cuộc Tổng tiến công và nổi dậy mùa xuân Mậu