Vấn đề có tầm quan trọng đáng kể và cũng là vấn đề quyết định cuối cùng đối với thực tiễn nông nghiệp liên quan tới thời gian duy trì được cây trồng sạch virus đối với thực tiễn sản xuất thì cây coi là bị bệnh chỉ khi nào năng suất giảm xuống.
Hiện nay trong sản xuất nông nghiệp và trồng cây ăn quả, vấn đề này còn chưa được giải quyết thoả đáng. Việc sản xuất dòng elite trong qui trình sản xuất khoai tây giống kéo dài nhiều năm, trong khi đó nguy cơ tái nhiễm thông qua yếu tố truyền bệnh luôn tồn tại và phụ thuộc vào điều kiện khí hậu. Trong ngành trồng hoa tình hình thuận lợi hơn nhiều. Hiện nay Ở CHLB Đức, với tập đoàn nhân của hoa cúc và cẩm chướng người ta duy trì được tính sạch bệnh trong một năm rưỡi, trong khi chỉ cần một năm là có thể thay được hoàn toàn tập đoàn giống. Vì vậy vấn đề nêu ra ở trên có thể được trả lời tóm tắt như sau: Khối lượng và chất lượng vật liệu có sẵn ban đầu xác định khả năng sản xuất một vụ không bị giảm năng suất do bệnh virus.
Giảm năng suất có thể xuất hiện nếu nguồn giống sạch virus bị nhiễm sớm. Đối với khoai tây thì nhiễm chủ yếu do các yếu tố truyền bệnh sống ở điều kiện tự nhiên. Đối với cây hoa thì tái nhiễm xảy ra khi đưa cây giống sạch bệnh vào các xí nghiệp sản xuất bị nhiễm sẵn. Có thể nói rằng, trong ngành trồng hoa qui trình làm
sạch virus được coi như mô hình phương pháp. Cũng qua đó chúng ta nhận thấy phương pháp làm sạch virus không phải là biện pháp chữa bệnh một lần mà là một quá trình phức tạp đối với cây trồng đã bị bệnh từ trước.
Người ta có thể so sánh bệnh virus của thực vật nhân giông vô tính như bệnh xã hội của con người, không thể chữa bằng thuốc men mà phải thay đổi cả thói quen sinh hoạt. Ở các xí nghiệp công nghiệp sản xuất giống cây trồng có thể gọi các tiến bộ khoa học kỹ thuật là một loại stress, khi mà từ một cây cúc mẹ một năm cho 100 cây ươm, trước kia chỉ thu được 15 và một cây ươm chỉ cần 11 ngày để ra rễ, trước đây cần 21 ngày. Để tạo điều kiện cho các xí nghiệp sản xuất công nghiệp cây giống thu được những thành tích to lớn hơn nữa thì việc đầu tư hàng năm cho công tác chống bệnh virus trở nên cần thiết.
Trong trường hợp nhân giống vô tính invitro thì việc làm sạch virus càng phải được coi là điều kiện trước tiên.