Hiện nay công tác kiểm tra tuy đạt chỉ tiêu đề ra song đó chỉ mới là hoàn thành về mặt số lượng, còn về mặt chất lượng vẫn cho thấy nhiều hạn chế do những nguyên nhân khách quan và chủ quan, việc thực hiện kiểm tra chưa chuyên sâu và
triệt để, bỏ sót lỗi vi phạm… Trong quá trình thanh tra cán bộ thuế còn gặp nhiều khó khăn, nhất là trong thời điểm hiện tại tình hình DN vi phạm luật thuế diễn ra tinh vi và phức tạp, việc thiếu nguồn nhân lực cho bộ phận thanh tra - kiểm tra cũng gây cản trở rất nhiều đến việc triển khai công tác. Tuy nhiên để nâng cao hiệu quả thanh tra kiểm tra thì không thể chỉ chờ cấp trên phân bổ thêm người mà bản thân các bộ phận này cũng phải tự có các biện pháp để củng cố và nâng cao công tác quản lý, cụ thể đó là:
- Tổ chức kiểm tra chuyên sâu theo từng ngành, từng lĩnh vực trọng điểm sau đó tổng hợp, đúc kết và triển khai chung trong toàn ngành để ngăn chặn các hành vi gian lận thuế.
- Tăng cường công tác kiểm tra tại trụ sở CQT để phát hiện sớm những bất hợp lý, xác minh kịp thời các hoá đơn mua hàng hoá, dịch vụ... Từ đó kịp thời phát hiện các sai phạm để xử lý và chuẩn bị tốt cho việc phân tích trước khi tiến hành kiểm tra tại trụ sở NNT.
- Tăng cường công tác kiểm tra tại trụ sở NNT, phân kế hoạch kiểm tra cho từng đoàn kiểm tra, thường xuyên đôn đốc, nhắc nhở, giám sát các hồ sơ chậm trễ, kéo dài và có biện pháp xử lý kịp thời. Xây dựng chương trình công tác từng tháng – quí - năm, hàng tháng có đánh giá việc thực hiện theo chương trình đề ra, xác định nguyên nhân và kịp thời điều chỉnh.
- Phối hợp với các cơ quan liên quan như Sở Tài nguyên - Môi trường, Sở giao thông vận tải, Công an, Các ban quản lý khu kinh tế, khu công nghiệp... trong việc nắm bắt thông tin các hoạt động kinh tế phát sinh, đề ra các biện pháp kiểm tra, giám sát và kịp thời xử lý các hành vi vi phạm để đấu tranh chống các hành vi gian lận về thuế.
- Thường xuyên cập nhật thông tin, xây dựng cơ sở dữ liệu về DN từ khi thành lập đến khi ngừng hoạt động kinh doanh. Điều này giúp cho công tác kiểm tra - thanh tra phân tích thông tin DN tốt hơn, đánh giá đúng độ rủi ro về thuế để đưa vào kế hoạch kiểm tra, thanh tra hằng năm. Đổi mới phương pháp xây dựng kế hoạch thanh tra, kiểm tra theo hướng phân tích kỹ mức độ các DN có độ rủi ro lớn
về thuế và có dấu hiệu gian lận, trốn thuế.
Các biện pháp trên nếu triển khai thực hiện tốt sẽ giúp CQT nâng cao hiệu quả thanh tra - kiểm tra, cụ thể là thông qua việc khai thác cơ sở dữ liệu tại CQT và tích cực đi thực tế cơ sở, cán bộ thuế sẽ nắm bắt đặc điểm ngành nghề DN kinh doanh, nhận diện các hành vi gian lận, trốn thuế đối với từng ngành nghề kinh doanh, từ đó thu thập tài liệu, chứng cứ và tìm cách kiểm tra phù hợp đối với từng hành vi cụ thể, đồng thời nhận được sự phối hợp ăn ý từ các cơ quan liên quan trong công tác kiểm tra - thanh tra thuế.