3.1.2. Địa hình
Khu BTTN đất ngập nước Vân Long có kiểu địa hình ô trũng giữa các dòng sông và là một trong những ô trũng lớn nhất của tỉnh Ninh Bình nằm về phía Đông Nam của Châu thổ Bắc. Các núi đá vôi khá đồ sộ chiếm gần ¾ diện tích khu BTTN, chạy theo hướng Tây Bắc - Đông Nam.
Trên dãy núi này có đỉnh cao nhất là 428m. Bề mặt bị chia cắt mạnh, với dạng địa hình tiêu biểu là các sườn núi dốc đứng nối tiếp điệp trùng, các đỉnh lởm chởm đá tai mèo sắc, nhọn. ít thấy các thung lũng và các cánh đồng Karst lớn, mà thường thấy các thung dạng lòng chảo nhỏ dưới 10ha như thung Tranh... Dưới chân núi đá vôi thường có nhiều hàm ếch và các hang động ngập nước. Ranh giới giữa chân các dãy núi đá vôi và vùng đất trũng ngập nước còn xen kẽ một số đồi đá phiến thấp nằm rải rác trong khu vực với độ cao không vượt quá 50m.
3.1.3. Khí hậu - thuỷ văn
Khu BTTN đất ngập nước Vân Long có nhiệt độ bình quân năm biến động từ 23,30C - 23,40C. Mùa lạnh từ cuối tháng 11, kết thúc vào đầu tháng 3, chủ yếu ảnh hưởng của gió mùa Đông Bắc. Nhiệt độ nóng nhất trung bình vào tháng 7 >290C, nhiệt độ thấp nhất là 50C và cao nhất là 390C. Lượng mưa ở mức trung bình, biến động từ 1800mm - 1900mm, phân bố không đều giữa các mùa. Mùa mưa từ cuối tháng 4 đến cuối tháng 10, chiếm tới 88- 90% tổng lượng mưa năm. Mưa nhiều nhất là tháng 8,9 có ngày lượng mưa lên tới 451mm[1].
Hệ thống thuỷ văn: trong vùng có 3 hệ thống sông lớn có ảnh hưởng đến chế độ thuỷ văn trong khu BTTN, đó là sông Đáy, sông Bôi và sông Hoàng Long với nhiều nhánh sông suối nhỏ như sông Lãng, sông Canh. Ngoài ra trong khu BTTN còn có một số con suối nhỏ chảy vào đầm Vân Long như suối Tép và một số hang động trong núi đá vôi cung cấp nước cho đầm Cút và đầm Vân Long. Đặc điểm của các sông lớn là có độ dốc nhỏ, uốn
khúc quanh co và có nhiều sông nhỏ nối các sông lớn tạo nên một mạng lưới khá dày đặc.
3.1.4. Cơ cấu đất đai
Theo số liệu tổng hợp của phòng thống kê huyện Gia Viễn[22], tính đến hết năm 2019 tổng diện tích đất nông nghiệp của 7 xã thuộc khu bảo tồn là 6.559,1ha, chiếm 75,17% tổng diện tích tự nhiên của 7 xã (như hình 3.2).