Bên cạnh những cơ hội mà quá trình hội nhập kinh tế quốc tế mang lại thì thách thức đến với Ngân hàng Quốc Tế cũng không phải là ít.
Mở cửa thị trường tài chính ngân hàng buộc các Ngân hàng Quốc Tế phải đối mặt với sức cạnh tranh lớn hơn, nhiều nguồn thu và những rủi ro của thị trường mới ngày càng nhiều hơn. Cạnh tranh sẽ quyết liệt hơn khi các ngân hàng nước ngoài ngày càng mở rộng quy mô và phạm vi hoạt động trên thị trường Việt Nam. Các ngân hàng nước ngoài có năng lực tài chính mạnh, có kinh nghiệm quản lý rủi ro tốt sẽ một thách thức lớn đối với NHTM Việt Nam nói chung và Ngân hàng Quốc Tế nói riêng.
So với các ngân hàng nuớc ngoài, Ngân hàng Quốc Tế vẫn đang ở trình độ thấp về vốn, công nghệ - đặc biệt là khả năng khả thác công nghệ, trình độ tổ chức chuyên môn nghiệp vụ, sự đa dạng của các danh mục sản phẩm còn rất nhiều hạn chế. Ngoài ra, thói quen sử dụng tiền mặt của đại bộ phận dân cư là rào cản lớn cho việc phát triển và triển khai các sản phẩm và các loại hình dịch vụ hiện đại. Đây cũng là những nhân tố ảnh hưởng đến năng lực cạnh tranh còn hạn chế của Ngân hàng Quốc Tế.
Hội nhập kinh tế đòi hỏi nguồn nhân lực của phải được trang bị kiến thức về nghiệp vụ, kiến thức về khả năng phân tích, đánh giá và dự báo theo mô hình theo các chuẩn mực và thực tiễn quốc tế…Trong khi đó, nguồn nhân lực của Ngân hàng Quốc Tế còn nhiều bất cập về các kiến thức này, đặc biệt là năng lực phân tích và dự báo. Đây cũng là một thách thức lớn để Ngân hàng Quốc Tế hội nhập thành công.
Khi hội nhập Ngân hàng Quốc Tế cúng sẽ gặp những khó khăn rất lớn vì một mặt phải hướng các hoạt động ra bên ngoài, đồng thời phải cạnh tranh với các NHTM trong nước cũng như các ngân hàng nuớc ngoài đang tham gia vào thị trường Việt Nam trong khi Việt Nam chưa có chính sách thống nhất để quản lý hiệu quả hoạt động cạnh tranh trong lĩnh vực ngân hàng.