Bên cạnh những kết quả đã đạt đƣợc, việc chấp hành pháp luật trong công tác quản lý nhà nƣớc đối với DSTNTG VHL vẫn còn một số tồn tại, hạn chế:
- Công tác xây dựng Quy hoạch còn chậm triển khai trong thực tiễn. Mặc dù, Thủ tƣớng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 142/2002/QĐ-TTg về việc phê duyệt qui hoạch bảo tồn và phát huy giá trị DSTNTG VHL đến năm 2020 nhƣng việc xây dựng Qui hoạch chi tiết bảo tồn và phát huy giá trị Vịnh Hạ Long đến năm 2020 thực hiện còn chậm. Do nhu cầu phát triển, nên khu vực nằm ở trung tâm
thành phố Hạ Long (khu Di sản Thế giới) gồm toàn thể khu vực bảo tồn cảnh quan, sinh thái, địa chất, địa mạo, văn hoá, lịch sử, là khu vực bảo vệ tuyệt đối nhƣng quy hoạch chung xây dựng và quy hoạch phân khu chức năng tại các khu vực ven bờ thuộc phạm vi Di sản chƣa ổn định, trong đó có một số dự án đầu tƣ xây dựng hạ tầng đô thị vẫn điều chỉnh nhiều lần, tiến độ xây dựng công trình lấp đầy diện tích của dự án còn chậm nhƣ dự án Khu đô thị mới Hùng Thắng, dự án Khu du lịch Tuần Châu… dẫn đến bất cập trong công tác quản lý.
- Một số cơ chế, chính sách, văn bản pháp luật về Di sản ban hành còn bất cập, chưa hoàn thiện, triển khai chậm. Từ năm 1987 Việt Nam tham gia Công ƣớc Quốc tế về Bảo vệ Di sản thiên nhiên và văn hoá đƣợc thông qua tại kỳ họp thứ 17 của Đại hội đồng Liên Hiệp Quốc ngày 16/11/1972 nhƣng các văn bản luật pháp liên quan đến di sản nói chung (Di sản thiên thiên, Di sản văn hoá, Di sản hỗn hợp) chƣa hoàn thiện, nhất là đối với di sản thiên nhiên.
Cơ chế, chính sách đối với Di sản thiên nhiên thế giới Vịnh Hạ Long chƣa đồng bộ; một số chủ trƣơng của tỉnh, tuy đã triển khai, nhƣng hiệu quả còn thấp, nhƣ việc sắp xếp, quản lý di chuyển nhà bè, kinh doanh dịch vụ trong phạm vi VHL. Công tác bảo vệ môi trƣờng sinh thái VHL chƣa đƣợc đầy đủ. Một số dự án đầu tƣ xây dựng hạ tầng và tôn tạo, tu bổ các công trình của Vịnh Hạ Long triển khai chậm, nguồn vốn bố trí cho các dự án còn dàn trải; công tác chuẩn bị đầu tƣ hàng năm cho các dự án thiếu đồng bộ; chƣa có cơ chế khuyến khích thu hút vốn đầu tƣ xã hội hoá để thu gom, xử lý rác thải, nƣớc thải và chất thải nguy hại, bảo vệ môi trƣờng Di sản Vịnh Hạ Long.
- Một số chỉ tiêu và nhiệm vụ trọng tâm của công tác quản lý nhà nước về bảo vệ môi trường Vịnh Hạ Long đã đề ra nhưng thực hiện còn chậm hoặc không thực hiện. Môi trƣờng Vịnh Hạ Long đã đƣợc cải thiện nhƣng vẫn còn bất cập nhƣ: Rác thải chƣa đƣợc thu gom triệt để; dầu thải, nƣớc thải của tàu vẫn chƣa có biện pháp thu gom và xử lý; Toàn bộ nƣớc thải của khu vực nhà bè hiện đang xả trực tiếp xuống vịnh; Đối với nƣớc thải có dầu trên các phƣơng tiện thuỷ và nƣớc thải sinh hoạt trên các tàu du lịch chƣa có hệ thống xử lý hữu hiệu, còn hiện tƣợng xả lén lút nƣớc thải, dầu thải ra vịnh gây ô nhiễm môi trƣờng; Trong những năm qua, nhiều
dự án đầu tƣ xây dựng hạ tầng đô thị và dự án đầu tƣ xây dựng ven bờ vịnh đã và đang triển khai thi công, tuy có báo cáo đánh giá tác động môi trƣờng nhƣng trong quá trình thực hiện thi công các nhà thầu không thực hiện nghiêm túc các nội dung đã cam kết bảo vệ môi trƣờng đƣợc duyệt nên trong quá trình thi công đã làm cho đất đá, đẩy bùn trôi ra biển, việc đổ đất lấn biển ven bờ Vịnh, của các dự án đầu tƣ hạ tầng đô thị, xả rác thải, xây dựng các công trình công nghiệp có nguy cơ ảnh hƣởng đến môi trƣờng và các giá trị của Vịnh Hạ Long. Việc thu gom và xử lý nƣớc thải sinh hoạt chƣa triệt để tại các dự án đô thị ven bờ. Ngoài ra, một bộ phận ngƣời dân ý thức chƣa cao nên vẫn còn việc xả rác thải bừa bãi; tại một số khu vực rác thải sinh hoạt chƣa đƣợc quản lý gây mất vệ sinh môi trƣờng ảnh hƣởng đến cảnh quan. Công tác thu nộp quản lý phí thăm quan còn nhiều bất cập, một số loại phí chƣa triển khai kịp thời theo Quy định của UBND tỉnh nhƣ phí môi trƣờng, phí neo đậu, phí sử dụng mặt nƣớc.
- Công tác phối hợp giữa các cơ quan quản lý trong việc thực hiện Quy chế phối hợp liên ngành bảo vệ di sản còn chưa thống nhất. Các ngành liên quan trong việc chủ trì phối hợp thực hiện chức năng quản lý nhà nƣớc còn chồng chéo, hiệu quả thấp nhƣng chƣa đƣợc bổ sung, điều chỉnh kịp thời. Các nội dung thực hiện trong quy chế phối hợp chƣa đƣợc đánh giá, sơ kết rút kinh nghiệm định kỳ hàng năm, nên hiệu quả hạn chế, chƣa theo kịp tốc độ phát triển của các hoạt động kinh tế này. Tình trạng xuống cấp tại các điểm cập tàu cũng đáng báo động và không đảm bảo an toàn cho du khách nhƣng chậm đƣợc khắc phục và xử lý . Bên ca ̣nh đó, hoạt động giao thông đƣờng thủy nội địa trên vi ̣nh do nhiều cơ quan quản lý , nhƣng phối hợp chƣa đồng bộ; việc quản lý theo luồng, tuyến trên Vịnh chƣa đƣợc đảm bảo; một số điểm bến chƣa đƣợc công bố; công tác cảng vụ mới kiểm soát đƣợc đầu đi tại cảng, bến ở đất liền, chƣa quản lý tại các điểm thăm quan, điểm nghỉ đêm, nên việc tàu, thuyền đi lại tự do trên Vịnh gây ảnh hƣởng đến giao thông đƣờng thủy.
- Công tác kiểm tra, giám sát thực hiện pháp luật về quản lý du lịch Di sản còn nhiều bất cập. Trách nhiệm các ngành, địa phƣơng trong việc kiểm tra, giám sát thực hiện pháp luật ở một số hoạt động du lịch trên Vịnh chƣa chủ động, thống nhất, đồng bộ nên dẫn đến tình trạng chồng chéo hoặc ít đƣợc quan tâm giám sát, kiểm tra
thƣờng xuyên và xử lý kịp thời vi phạm nhƣ: quản lý chất lƣợng hoạt động tàu du lịch; bảo vệ môi trƣờng; bảo vệ nguồn lợi thủy sản; kiểm soát chất lƣợng, giá cả dịch vụ thƣơng mại, không có giấy phép điều khiển phƣơng tiện, không có bằng, chứng chỉ chuyên môn, không trang bị hoặc trang bị không đầy đủ các thiết bảo đảm an toàn, không bố trí đủ số lƣợng thuyền viên làm việc trên phƣơng tiện và chạy không đúng tuyến, đón trả khách không đúng nơi quy định...Đặc biệt, công tác tuyên truyền, giáo dục ý thức của cộng đồng về bảo vệ cảnh quan môi trƣờng, bảo vệ các giá trị, tiềm năng về thuỷ sản, bảo vệ đa dạng sinh học... tuy đã đƣợc triển khai, nhƣng chƣa thực sự sâu rộng và hiệu quả chƣa cao. Nhận thức của một số cơ quan, đơn vị và nhân dân về giá trị, về công tác bảo vệ, phát huy giá trị Di sản chƣa đƣợc đầy đủ.
- Cơ cấu bộ máy và năng lực của cán bộ quản lý du lịch Di sản còn nhiều hạn chế. Chƣa phân biệt và tách rõ chức năng quản lý nhà nƣớc và chức năng khai thác, kinh doanh dịch vụ. Đặc biệt, số cán bộ, công chức, viên chức đang trực tiếp quản lý Di sản thiên nhiên thế giới Vịnh Hạ Long hiện nay còn khá yếu về chuyên môn nghiệp vụ, nhất là Ngoại ngữ. Ngoại ngữ là một yếu tố rất quan trọng cấu thành nên sự thành công của công tác quản lý nhà nƣớc đối với Di sản Vịnh Hạ Long. Tuy nhiên, việc yếu về ngoại ngữ đặc biệt là các ngôn ngữ thông dụng nhƣ tiếng Anh, tiếng Trung, tiếng Pháp, tiếng Tây Ban Nha,…khiến cho các cán bộ quản lý nơi đây hạn chế trong việc hợp tác quốc tế với các nƣớc khác trong việc hình thành và tổ chức các tour du lịch biển xuyên quốc gia, cũng nhƣ hợp tác, học hỏi các nƣớc có ngành du lịch phát triển trên thế giới về kinh nghiệm quản lý và khai thác Di sản thiên nhiên thế giới một cách hiệu quả, phù hợp với điều kiện cơ sở vật chất, hạ tầng tại Vịnh Hạ Long.
- Việc đầu tư hạ tầng phục vụ hoạt động du lịch Vịnh Hạ Long thiếu đồng bộ.
Hiện nay, năng lực của các cảng, bến tàu chƣa đáp ứng đƣợc yêu cầu phục vụ khách du lịch ngày càng gia tăng. Đặc biệt, chƣa đảm bảo các điều kiện tiêu chuẩn để đón khách quốc tế nhƣ chƣa có nhà chờ, phòng điều hành, phòng bán vé còn nhỏ hẹp...; Theo đánh giá của Viện Kiến trúc Quy hoạch đô thị và nông thôn (Bộ Xây dựng) khi nghiên cứu thống kê về quy hoạch đô thị của Quảng Ninh nói chung và Thành phố
Hạ Long nói riêng cho thấy: Tốc độ đầu tƣ hạ tầng của địa phƣơng nói chung thời gian qua đã có những bƣớc phát triển. Tuy nhiên, so với nhu cầu thực tế vẫn còn rất nhiều thiếu hụt. Đáng chú ý, những đầu tƣ riêng biệt cho du lịch vẫn còn hạn chế.