Bên cạnh những kết quả đạt được, huyện vẫn còn nhiều khó khăn, vướng mắc cần phải giải quyết
Lượng hồ sơ tồn đọng qua các năm còn nhiều, để xét duyệt những hồ sơ này phòng cần kiểm tra kỹ lưỡng, chính xác, đòi hỏi nhiều tài liệu có liên quan, có đủ nhân lực và trình độ chuyên môn song đội ngũ cán bộ địa chính còn thiếu, trình độ chuyên môn còn nhiều hạn chế, nên việc xét duyệt còn gặp nhiều khó khăn, cán bộ còn lúng túng khi giải quyết những hồ sơ liên quan đến những văn bản mới ảnh hưởng lớn đến công tác cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất.
Bên cạnh đó còn xảy ra tình trạng nhiều hộ dân không chịu kê khai đăng ký, một số hộ không khai báo đầy đủ hồ sơ, thiếu giấy tờ chứng minh nguồn gốc sử dụng đất rất nhiều, vấn đề xác nhận nguồn gốc và thời điểm sử dụng đất rất khó khăn, hiện tượng lấn chiếm đất công, tự ý chuyển mục đích sử dụng đất khá phổ biến đã làm chậm tiến độ cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất trên địa bàn huyện.
Ngoài ra, một vấn đề cấp thiết mà huyện cần giải quyết hiện nay là cần cấp đổi giấy chứng nhận quyền sử dụng đất nông nghiệp, tức là tách giấy chứng nhận quyền sử dụng đất nông nghiệp ra khỏi giấy chứng nhận sử dụng đất ở, nhưng hiện nay vẫn chưa thực hiện được do thiếu kinh phí để phục vụ cho việc đo đạc lập bản đồ địa chính, mặt khác, khi đo đạc lại ruộng đất sau khi chuyển đổi lại có nhiều sai lệch so với trước kia, gây ra nhiều tranh cãi, một số người dân chưa đồng tình ủng hộ, vì vậy công tác quản lý đất đai đang gặp nhiều khó khăn.
Đối với đất lâm nghiệp, kết quả cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất lâm nghiệp chưa cao cũng xuất phát từ nguyên nhân chính là việc đo đạc bản đồ hết sức khó khăn, trong khi nguồn kinh phí cho đo đạc còn hạn chế. Huyện chưa có hệ thống
máy đo đạc hiện đại nên việc đo vẽ bản đồ còn thụ động, phụ thuộc vào tỉnh, nhưng tỉnh mới đo vẽ được một số xã trong huyện, một số xã còn lại chưa thực hiện được.
Đất lâm nghiệp có 2730/4912 hộ được cấp giấy chứng nhận đạt 55.58%, có một số giấy được cấp theo lâm bạ trước đây, một số được cấp giấy chứng nhận mới theo dự án Việt Đức, nhưng khi làm thủ tục tại ngân hàng thì sổ lâm bạ khô ng được xác nhận pháp lý, diện tích thực tế thay đổi nhiều nhưng chưa có kinh phí đo đạc cấp đổi lại cho dân.
Cán bộ địa chính xã và những người trong tổ đo đạc chưa được đào tạo qua trường lớp, chủ yếu là đo đạc bằng phương pháp truyền thống nên số liệu c hênh lệch giữa các năm gây khó khăn cho công tác đăng ký cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất.
Dân số ngày một tăng lên, trong khi tổng diện tích đất trên toàn huyện không đổi, giá đất ngày càng tăng lên làm nảy sinh ra nhiều vấn đề lấn chiếm, tranh chấp.. xảy ra gây khó khăn cho công tác quản lý đất đai nói chung và công tác cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất nói riêng.