1.2.2.1. Nguyên tắc tuân thủ pháp luật
Kiểm tra thuế là kiểm tra việc thực hiện pháp luật nên phải tuân thủ pháp luật. Đây cũng là nguyên tắc cần thiết để đề cao trách nhiệm của chủ thể kiểm tra; nâng cao hiệu lực của công tác kiểm tra thuế; ngăn chặn tình trạng làm trái pháp luật, vô hiệu hoá hoạt động kiểm tra thuế.
Thực hiện đúng nguyên tắc này có nghĩa là các cơ quan và cán bộ kiểm tra thuế phải thực hiện đúng chức năng, trách nhiệm, quyền hạn mà pháp luật quy định; xem xét sự đúng sai của đối tượng kiểm tra phải căn cứ vào quy định của pháp luật,
không tuân theo ý kiến của bất cứ một cơ quan hoặc cá nhân nào. Kết luận kiểm tra theo đúng quy định pháp luật và chịu trách nhiệm trước pháp luật.
1.2.2.2. Nguyên tắc trung thực, chính xác, khách quan
Đảm bảo tính trung thực, chính xác, khách quan là vấn đề có tính nguyên tắc cao trong công tác kiểm tra cho phép đánh giá đúng thực trạng của đối tượng được kiểm tra, xử lý đúng người đúng việc và đúng pháp luật.
Nguyên tắc khách quan và chính xác đòi hỏi trong hoạt động kiểm tra phải tôn trọng sự thật, đánh giá sự vật, hiện tượng như nó vốn có, không suy diễn hay quy chụp một cách chủ quan, phải tiến hành công việc một cách thận trọng.
Nguyên tắc trung thực đòi hỏi trong hoạt động kiểm tra phải phản ánh và đánh giá đúng bản chất của sự vật, hiện tượng; vô tư, không thiên lệch; không vì quyền lợi cá nhân; phải tỷ mỷ, cẩn thận và phải có kiến thức chuyên môn vững vàng, hiểu biết sâu rộng và sâu sát thực tiễn.
1.2.2.3. Nguyên tắc công khai, dân chủ
Việc công khai bao gồm: Công bố công khai quyết định kiểm tra và kết luận kiểm tra. Tuy nhiên, tuỳ trường hợp cụ thể mà xác định phạm vi công bố và hình thức công bố cho phù hợp.
Thực hiện nguyên tắc dân chủ trong hoạt động kiểm tra đòi hỏi phải coi trọng việc tiếp nhận, thu thập ý kiến của mọi đối tượng có liên quan, tạo điều kiện cho đối tượng kiểm tra được trình bày ý kiến của mình.
1.2.2.4. Nguyên tắc bảo vệ bí mật
Trong quá trình kiểm tra người làm công tác này tiếp cận với nhiều vấn đề, nhiều tài liệu liên quan đến bí mật, bí quyết kinh doanh của doanh nghiệp, bí mật quốc gia. Do vậy, họ chỉ được báo cáo cho những người có thẩm quyền được biết.
1.2.2.5. Nguyên tắc hiệu quả
Nguyên tắc hiệu quả đòi hỏi kiểm tra thuế phải có tác dụng đề phòng, ngăn ngừa những thiếu sót, vi phạm; phải đảm bảo giúp các đối tượng kiểm tra thực hiện đúng chính sách thuế.
1.2.2.6. Nguyên tắc không làm cản trở hoạt động bình thường của doanh nghiệp
Theo nguyên tắc này, hoạt động kiểm tra thuế cần nghiên cứu, xem xét kỹ các căn cứ và những điều kiện khác có liên quan trước khi ra quyết định kiểm tra và thành lập đoàn kiểm tra, tránh trùng lặp, cố gắng tránh hiện tượng có nhiều đoàn kiểm tra đến cùng 1 cơ quan, đơn vị.Trong quá trình kiểm tra, trưởng đoàn và các thành viên cần thực hiện đúng kế hoạch, đúng quyền hạn, trình tự, thủ tục và đúng thời gian theo quy định tránh những hành vi tiêu cực, gây ảnh hưởng không nhỏ tới hoạt động của đối tượng kiểm tra thuế.