1.4.2.1. Kiểm tra doanh thu chịu thuế thu nhập doanh nghiệp
Thực tế cho thấy các doanh nghiệp luôn tìm mọi cách để giảm số thuế đơn vị phải nộp, từ đó chiếm dụng một phần vốn của Nhà nước. Một trong các cách thức mà các doanh nghiệp hay sử dụng để trốn lậu thuế đó là che giấu doanh thu. Điều này dẫn đến hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp không được phản ánh đúng thực tế, khiến nền kinh tế bị bóp méo, gây thất thu cho NSNN. Qua báo cáo kiểm tra quyết toán thuế tại các đơn vị, cho thấy tình hình kê khai thuế của các doanh nghiệp còn rất nhiều sai sót, hiện tượng che dấu doanh thu còn khá phổ biến. Qua thực tế, công tác quản lý doanh thu tính thu nhập chịu thuế của đối tượng nộp thuế là hết sức khó khăn vì doanh thu nhận được từ nhiều nguồn khác nhau và vô cùng đa dạng.
1.4.2.2. Kiểm tra các khoản chi phí được trừ
Chi phí được trừ là một trong những yếu tố quan trọng để xác định số thuế TNDN phải nộp. Qua việc kiểm tra tại các doanh nghiệp cho thấy hiện tượng khai tăng chi phí được trừ là khá phổ biến. Sai sót có thể do trình độ của nhân viên kế toán còn hạn chế, chưa xác định rõ điều kiện của các khoản chi phí được trừ, do đó chưa xác định chính xác được đâu là chi phí được trừ hợp lý. Có những khoản chi có hóa đơn chứng từ không đúng, không hợp lệ doanh nghiệp vẫn hạch toán vào chi phí được trừ; không ít doanh nghiệp cố tình tìm cách gian lận để khai tăng chi phí được trừ nhằm làm giảm số thuế phải nộp.
1.4.2.3. Kiểm tra các khoản thu nhập khác
phần nào ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp. Đây là khoản thu nhập không phải từ hoạt động kinh doanh chính của doanh nghiệp mà là những khoản thu nhập từ hoạt động đầu tư tài chính hay là những khoản thu nhập bất thường của doanh nghiệp như: lãi từ khoản chênh lệch do mua bán chứng khoán, lãi từ hoạt động cho vay vốn từ hoạt động liên doanh liên kết...
1.4.2.4. Kiểm tra ưu đãi, miễn giảm thuế thu nhập doanh nghiệp
Miễn, giảm thuế TNDN có ý nghĩa vô cùng quan trọng đối với các doanh nghiệp và công tác kiểm tra thuế TNDN có hiệu quả hay không ảnh hưởng khá lớn đến nguồn thu ngân sách của nhà nước. Trong điều kiện kinh tế hiện nay, nhà nước đang có chính sách khuyến khích, tạo điều kiện cho các nhà đầu tư vào nhiều lĩnh vực khác nhau nên mức ưu đãi tương đối nhiều.