Nội dung công tác thanh tra thuế hiện hành được thực hiện theo Quyết định số 1404/QĐ-TCT ngày 28/07/2020 của Tổng cục trưởng Tổng cục thuế ban hành kèm theo Quy trình thanh tra thuế, về cơ bản tuân theo các bước như sau:
1.2.2.1. Lập kế hoạch thanh tra thuế hàng năm
Căn cứ hướng dẫn của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế tại Quyết định số 1404/QĐ-TCT ngày 28/07/2020 của Tổng cục trưởng Tổng cục thuế ban hành kèm theo Quy trình thanh tra thuế và chỉ đạo của Tổng cục thuế, Cục Thuế các tỉnh lập kế hoạch thanh tra thuế hàng năm. Kế hoạch thanh tra thuế hàng năm được xây dựng trên cơ sở nguồn lực để thực hiện công tác thanh tra và yêu cầu công tác quản lý thuế của mỗi địa phương. Đồng thời dựa vào bộ tiêu chí đánh giá rủi ro, Cục thuế lựa chọn các DN có quy mô lớn, phức tạp, hoạt động theo nhiều ngành nghề khác nhau lập để lập kế hoạch. Bộ phận thanh tra của Cục thuế căn cứ văn bản Hướng dẫn lập kế hoạch thanh tra năm của Tổng cục Thuế, trình Cục trưởng Cục Thuế hồ sơ đề nghị duyệt kế hoạch thanh tra năm và gửi đến Tổng cục Thuế trước ngày 25 tháng 11 hàng năm. Hồ sơ trình duyệt kế hoạch gồm: thuyết minh căn cứ lập kế hoạch; danh mục người nộp thuế được thanh tra [16].
Trên cơ sở kế hoạch thanh tra hàng năm được Tổng cục thuế phê duyệt, các Cục thuế triển khai kế hoạch thanh tra theo kế hoạch. Trường hợp cần chỉnh sửa kế hoạch thanh tra phải báo cáo Tổng cục thuế. Hoạt động thanh tra thuế thuộc chức
năng, nhiệm vụ của các Cục thuế. Chi cục thuế không có chức năng thanh tra thuế, tuy nhiên có thể cử cán bộ tham gia đoàn thanh tra tại trụ sở NNT theo sự phân công của Cục thuế.
1.2.2.2. Chuẩn bị và quyết định thanh tra
Tập hợp tài liệu, phân tích xác định nội dung thanh tra: Cơ quan Thanh
tra thu thập, khai thác thông tin dữ liệu NNT từ cơ sở dữ liệu của ngành (hồ sơ khai thuế, hoàn thuế, quyết toán thuế, báo cáo tài chính…), thông tin của các cơ quan khác (Hải quan, Kho bạc Nhà nước, Kiểm toán, Thanh tra Chính phủ, Toà án…), đơn tố cáo…, từ đó có những đánh giá, phân tích thông tin NNT, xác định rủi ro về thuế của đối tượng nộp thuế. Đây là cơ sở để xác định các nội dung cần thanh tra.
Ban hành quyết định thanh tra: Căn cứ Kế hoạch thanh tra hàng năm được
Tổng cục Thuế phê duyệt, Cục Thuế ban hành các Quyết định thanh tra đối với NNT. Để chuẩn bị thanh tra, bộ phận Thanh tra của Cục Thuế cần: (i) Xác định rõ nội dung, phạm vi, thời gian dự kiến thanh tra; (ii) Xây dựng chương trình tiến hành thanh tra, chuẩn bị đầy đủ văn bản, chính sách, chế độ về thuế và các văn bản pháp luật khác có liên quan; (iii) Dự thảo tờ trình, quyết định thanh tra trình thủ trưởng cơ quan thuế ký ban hành Quyết định thanh tra.
Thông báo về việc công bố quyết định thanh tra:
- Kế hoạch thanh tra hàng năm phải được thông báo cho người nộp thuế và cơ quan thuế trực tiếp quản lý người nộp thuế chậm nhất là 30 (ba mươi) ngày làm việc kể từ ngày ban hành quyết định phê duyệt kế hoạch thanh tra. Trường hợp có điều chỉnh kế hoạch thanh tra, hoặc thay đổi kế hoạch thanh tra do trùng với kế hoạch cấp trên thì thông báo lại cho người nộp thuế.
- Trưởng đoàn thanh tra có trách nhiệm thông báo (bằng các hình thức như: Điện thoại; Mail; Trường hợp cần thiết bằng văn bản) cho đại diện người nộp thuế về kế hoạch công bố quyết định thanh tra gồm: thời gian, thành phần tham dự công bố quyết định thanh tra.
1.2.2.3. Tiến hành thanh tra
Công bố Quyết định thanh tra thuế:
- Chậm nhất là 15 ngày kể từ ngày ký quyết định thanh tra, Trưởng đoàn thanh tra có trách nhiệm công bố quyết định thanh tra với NNT.
- Khi công bố Quyết định thanh tra, Trưởng đoàn thanh tra thực hiện: Giải thích về nội dung quyết định thanh tra để người nộp thuế được thanh tra hiểu rõ; Giới thiệu các thành viên của đoàn thanh tra; Nêu rõ nhiệm vụ, quyền hạn của Đoàn thanh tra, thời hạn thanh tra, quyền và trách nhiệm của người nộp thuế, dự kiến kế hoạch làm việc của Đoàn thanh tra; Yêu cầu người nộp thuế báo cáo các nội dung liên quan đến việc triển khai thanh tra.
- Việc công bố Quyết định thanh tra phải được lập thành biên bản có chữ ký của Trưởng đoàn thanh tra và người đại diện theo pháp luật của NNT.
- Thời hạn của cuộc thanh tra được tính từ ngày công bố quyết định thanh tra đến ngày kết thúc cuộc thanh tra tại nơi được thanh tra.
- Trong trường hợp NNT từ chối nhận quyết định thanh tra hoặc không chấp hành theo quyết định thì trưởng đoàn thanh tra lập biên bản vi phạm hành chính về thuế, xử phạt theo thẩm quyền hoặc báo cáo lãnh đạo để thủ trưởng cơ quan thuế ra quyết định xử phạt nếu vượt quá thẩm quyền.
Tiến hành thanh tra tại trụ sở NNT:
- Trưởng đoàn thanh tra và các thành viên đoàn thanh tra yêu cầu người nộp thuế cung cấp hồ sơ, tài liệu liên quan đến nội dung được thanh tra như: Sổ kế toán, chứng từ kế toán, thuyết minh báo cáo tài chính..., không yêu cầu NNT cung cấp những thông tin tài liệu, số liệu NNT đã nộp cho cơ quan thuế theo qui định. Trường hợp người nộp thuế thực hiện kế toán trên máy vi tính bằng phần mềm kế toán thì đoàn thanh tra yêu cầu cung cấp sổ kế toán được lưu trữ trên các dữ liệu điện tử đọc được.
- Đoàn thanh tra căn cứ sổ kế toán, hồ sơ, tài liệu do người nộp thuế cung cấp và hồ sơ khai thuế mà người nộp thuế đã gửi Cơ quan Thuế để:
Xem xét, đối chiếu các tài liệu do người nộp thuế cung cấp với tài liệu hiện có tại Cơ quan thuế.
Đối chiếu số liệu ghi chép trên chứng từ kế toán, sổ sách kế toán, báo cáo kế toán, báo cáo tài chính, báo cáo giải trình để phát hiện chênh lệch tăng hoặc giảm so với Hsồ sơ khai thuế.
Đối chiếu với các quy định của Luật thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành của từng thời kỳ tiến hành thanh tra để xác định việc chấp hành pháp luật thuế của người nộp thuế.
Sử dụng nghiệp vụ để tiến hành thanh tra các nội dung cần thanh tra. - Đối với những sự việc, tài liệu phản ánh chưa rõ, chưa đủ cơ sở kết luận Đoàn thanh tra chuẩn bị chi tiết nội dung yêu cầu người nộp thuế giải trình bằng văn bản. Trường hợp giải trình bằng văn bản của người nộp thuế chưa rõ Đoàn thanh tra tổ chức đối thoại, chất vấn người nộp thuế để làm rõ nội dung và trách nhiệm của tập thể, cá nhân.
- Trong trường hợp cần thiết phải trưng cầu giám định về vấn đề liên quan đến nội dung thanh tra hoặc kiểm kê tài sản để đối chiếu giữa sổ sách, chứng từ kế toán với thực tế để làm căn cứ cho việc kết luận thanh tra, Trưởng đoàn thanh tra phải báo cáo Lãnh đạo bộ phận thanh tra để trình Cục trưởng Cục thuế quyết định trưng cầu giám định theo quy định của pháp luật, Trưởng đoàn thanh tra có quyền quyết định kiểm kê tài sản trong phạm vi nội dung của Quyết định thanh tra thuế.
- Trên cơ sở nhiệm vụ được phân công, các thành viên đoàn thanh tra tiến hành lập Biên bản xác nhận số liệu thanh tra với NNT. Biên bản xác nhận số liệu thanh tra là một trong những căn cứ để Đoàn thanh tra lập Biên bản thanh tra.
- Nếu phát hiện đối tượng thanh tra có dấu hiệu phạm tội thì trưởng đoàn báo cáo lãnh đạo bộ phận thanh tra trình thủ trưởng cơ quan thuế ra văn bản chuyển hồ sơ cho cơ quan có thẩm quyền theo quy định pháp luật tố tụng hình sự.
Báo cáo tiến độ thực hiện nhiệm vụ thanh tra:
- Chậm nhất là 10 (mười) ngày 1 lần, Trưởng đoàn thanh tra có trách nhiệm báo cáo Lãnh đạo bộ phận thanh tra, để báo cáo Lãnh đạo cơ quan thuế về tiến độ thực hiện nhiệm vụ của Đoàn thanh tra hoặc theo yêu cầu đột xuất của Lãnh đạo cơ quan thuế.
- Báo cáo tiến độ thực hiện nhiệm vụ thanh tra được thực hiện bằng văn bản gồm các nội dung: Nội dung đã triển khai; nội dung đã hoàn thành; nội dung đang tiến hành; Các nội dung thực hiện trong thời gian tới; Khó khăn, vướng mắc (nếu có) và đề xuất biện pháp giải quyết.
Lập biên bản thanh tra thuế:
- Kết thúc thanh tra, Đoàn thanh tra phải lập dự thảo Biên bản thanh tra căn cứ vào kết quả tại các Biên bản xác nhận số liệu của thành viên đoàn thanh tra và các Biên bản thanh tra tại đơn vị thành viên (nếu có).
- Biên bản thanh tra được ký giữa Trưởng đoàn thanh tra và người đại diện theo pháp luật của NNT.
- Số lượng Biên bản thanh tra phải lập cho mỗi cuộc thanh tra tùy thuộc vào tính chất, nội dung từng cuộc thanh tra, nhưng ít nhất phải được lập thành 03 bản: NNT 01 bản, đoàn thanh tra 01 bản, cơ quan quản lý thuế 01 bản.
- Trường hợp NNT không ký Biên bản thanh tra thì chậm nhất trong 05 (năm) ngày làm việc kể từ ngày công bố công khai biên bản thanh tra, Trưởng đoàn thanh tra phải lập biên bản xử phạt vi phạm hành chính, báo cáo lãnh đạo bộ phận thanh tra để trình Cục trưởng Cục thuế ban hành quyết định xử lý vi phạm hành chính, đồng thời thông báo yêu cầu NNT ký biên bản thanh tra.
- Trường hợp đến thời hạn phải ký Biên bản thanh tra mà chưa nhận được kết quả giám định, ý kiến trả lời của cơ quan, tổ chức có thẩm quyền giải đáp các vướng mắc về cơ chế chính sách liên quan đến nội dung thanh tra thì Trưởng đoàn thanh tra phải ghi nhận các nội dung vướng mắc tại Biên bản và tiến hành ký Biên bản thanh tra với người nộp thuế theo quy định.
1.2.2.4. Kết thúc thanh tra
Báo cáo kết quả thanh tra, dự thảo kết luận thanh tra.
Chậm nhất 15 ngày làm việc, kể từ ngày kết thúc thanh tra, Trưởng đoàn thanh tra phải có báo cáo kết quả thanh tra với Lãnh đạo bộ phận thanh tra thuế cho ý kiến trước khi trình Cục trưởng Cục thuế, đồng thời dự thảo kết luận thanh tra.
Kết luận thanh tra, công khai và lưu hành kết luận thanh tra.
- Trong thời hạn 15 ngày làm việc kể từ ngày nhận được báo cáo kết quả thanh tra kèm theo dự thảo kết luận thanh tra, Cục trưởng Cục thuế ký kết luận thanh tra (trừ trường hợp nội dung kết luận thanh tra phải chờ kết luận của cơ quan, tổ chức có thẩm quyền).
- Trong quá trình ra văn bản kết luận thanh tra, Cục trưởng Cục thuế có quyền yêu cầu trưởng đoàn thanh tra, thành viên đoàn thanh tra báo cáo, yêu cầu người nộp thuế giải trình để làm rõ thêm những vấn đề cần thiết phục vụ cho việc ký, ban hành kết luận thanh tra.
- Hồ sơ trình ký ban hành Kết luận thanh tra gồm: Báo cáo kết quả thanh tra của Đoàn thanh tra; Dự thảo kết luận thanh tra; Dự thảo Quyết định xử lý về thuế, xử phạt vi phạm hành chính qua thanh tra việc chấp hành pháp luật thuế; Biên bản thanh tra; Các tài liệu khác liên quan (nếu có).
- Công khai kết luận thanh tra:
Cục trưởng Cục thuế có trách nhiệm tổ chức việc công bố kết luận thanh tra tại trụ sở của người nộp thuế cùng với Người đại diện theo pháp luật của người nộp
thuế. Trường hợp cần thiết có thể ủy quyền cho Trưởng đoàn thanh tra công bố kết luận thanh tra. Việc công bố kết luận thanh tra được lập thành Biên bản, phải có chữ ký của Lãnh đạo Cục Thuế hoặc Trưởng đoàn thanh tra (trường hợp được ủy quyền) và Người đại diện theo pháp luật của NNT.
- Kết luận thanh tra và Quyết định xử lý về thuế, xử phạt vi phạm hành chính qua thanh tra việc chấp hành pháp luật thuế phải được gửi cho người nộp thuế, cơ quan thuế quản lý trực tiếp (trường hợp cơ quan thuế cấp trên tiến hành thanh tra).
- Trường hợp xử lý hành vi vi phạm về thuế vượt quá thẩm quyền của Lãnh đạo cơ quan thuế thì trong thời hạn 3 ngày làm việc kể từ ngày ký Kết luận thanh tra, Quyết định xử lý vi phạm về thuế, Lãnh đạo cơ quan thuế ra văn bản đề nghị người có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính về thuế.