Wambu (2015) và Mapfumo (2013) nhận thấy rằng sự hỗ trợ của ban giám hiệu đóng vai trò quan trọng và có liên quan đến hiệu quả chương trình tham vấn tâm lý học đường nếu có chính sách rõ ràng về việc cho người làm tham vấn tâm lý học đường được tập huấn, có khung làm việc rõ ràng và phù hợp [31], [40].
Sự quan tâm của các cấp quản lí thể hiện ở sự quan tâm đối với người làm công tác tham vấn tâm lý học đường thông qua sự động viên, khích lệ khi họ thực hiện công việc. Bên cạnh đó còn thể hiện ở sự nhận thức đúng về vai trò, ý nghĩa của tham vấn tâm lý học đường, xây dựng được lực lượng chuyên trách và có kế hoạch tập huấn, bồi dưỡng về chuyên môn cho các lực lượng này.
Mặc dù đạt được những thành tựu và có sự phát triển nhất định trên khắp thế giới tuy nhiên các chương trình tham vấn tâm lý học đường vẫn gặp phải nhiều thách thức. Giám sát kém các chương trình hướng nghiệp học đường dẫn đến hiệu quả không đồng đều, bên cạnh đó là yếu tố kinh phí duy trì các chương trình không ổn định và nhận thức vẫn chưa cao ở phụ huynh về tầm quan trọng của tham vấn tâm lý học đường [33]. Các trường THPT chưa có đội ngũ cán bộ phụ trách công tác tham vấn tâm lý học đường được đào tạo bài bản. Cán bộ phụ trách công tác tham vấn tâm lý học đường của các trường chủ yếu là giáo viên kiêm nhiệm chứ chưa có chuyên viên tâm lý chuyên trách. Các thầy cô không có nhiều thời gian để tìm hiểu sâu về chủ đề sức khỏe tinh thần vốn dĩ vô cùng đa dạng và phức tạp. Điều kiện cơ sở vật chất lẫn kinh phí đầu tư cho hoạt động tham vấn tâm lý học đường ở phần lớn các trường THPT còn hạn chế. Nhiều trường chưa có phòng tham vấn tâm lý học đường cũng như các công cụ cần thiết cho quá trình thực hành.