hợp chất
Các dung môi cần được chưng cất và tồn trữ trong các chai lọ bằng thủy tinh, do dung môi thường chứa các tạp chất bẩn mà thường gặp nhất là chất làm dẻo hóa. Các chất làm dẻo thường gặp là dialkyl phtalat, n-butyl acetyl citrate, tri-n-butyl phosphate… chúng lẫn vào dung môi do dung môi thường được chứa trong các thùng làm bằng nhựa dẻo.
Methanol và chloroform thường chứa tạp chất là di(2-etylhexyl) phtalat và chất này thường dễ bị nhầm lẫn là hợp chất tự nhiên có chứa trong cây cỏ đang khảo sát, dù rằng hợp chất này có chứa một số hoạt tính sinh học. Sỡ dĩ
cô lập được hợp chất này là do trước đó đã sử dụng một lượng rất lớn dung môi methanol, chloroform trong quá trình ngâm chiết cây cỏ ban đầu. Sau đó,
dung dịch chiết này được cô đuổi dung môi khiến cho số lượng chất dẻo hiện diện một cách đáng kể trong cao chiết.
Chloroform, diclorometan có thể tạo phản ứng với vài loại alkaloid như
brucin, strychnine, ephedrine… để tạo thành alkaloid dạng muối thứ cấp và một vài hợp chất giả tạo khác. Tương tự, như các vết HCl có thể gây ra sự
phân hủy, sự khử nước, sự đồng phân hóa cho vài hợp chất hữu cơ.
Sử dụng methanol để chiết có thể cô lập được một số hợp chất giả tạo. khi chiết nóng cây Trechonaetes laciniata với dung môi methanol thay vì cô lập được hợp chất trechonolid A thì ta có thể cô lập được trechonolid B (vì trechonolid A đã bị metlyl hóa khi đun nóng trong methanol có sự hiện diện của acid).
Dietyl eter ít được sử dụng để chiết vì nhiệt độ sôi thấp dễ cháy, độc, có thể gây mê cho người sử dụng và có khuynh hướng tạo thành peoxit dễ gây nổ. Peoxit này rất hoạt tính có thể oxi hóa các hợp chất mang liên kết đôi như
carotenoid. Loại bỏ peoxit này ra khỏi cao dietyl eter bằng cách lắc với FeSO4 rồi chung cất lại.
Axeton có thể tạo ra dẫn xuất acetonid nếu hợp chất chiết có chứa nhóm cis-1,2-diol hiện diện trong dung môi acid.
Chiết bằng dung môi được điều chỉnh thành môi trường acid hoặc môi trường kiềm có thể chiết được hợp chất đặc trưng ( trước đó phải nghiên cứu kĩ) các anthocyanin được chiết ra khỏi nguyên liệu cây tươi ban đầu bằng dung dịch methanol có chứa 1%(w/v) acid clohidric. Các alkaloid có thể được chiết bởi dung dịch acid hoặc kiềm.
Chiết bằng dung môi acid hoặc kiềm có thể thủy giải các hợp chất glycoside (môi trường acid cắt đứt glycoside tại nối acetal làm mất đi phần
Ví dụ: Hợp chất scopine trong cây Hyoscyamus albus biến thành hợp chất oscine do sự chuyển vị epoxid
Sau khi chiết, dung môi được thu hồi bằng máy cô chân không ở nhiệt
độ 30-400C, chưng cất ở nhiệt độ cao hơn có thể làm hư hại các hợp chất kém bền với nhiệt.