Đánh giá mật độ SRB trong mẫu làm giàu EA4 bằng FISH

14 chu kỳ: 94C – 40 giây, 55C

3.2.1. Đánh giá mật độ SRB trong mẫu làm giàu EA4 bằng FISH

Ngoại trừ một số ít lồi cổ khuẩn thuộc chi Archaeoglobus, chi Thermocladium và chi Caldirvirga, vi sinh vật khử sulfate phần lớn thuộc lớp -

Proteobacteria (Muyzer, Stams, 2008). Do vậy, đầu dò SRB385-Cy3 bắt cặp đặc

hiệu với 16S rRNA của vi khuẩn thuộc lớp -Proteobacteria đƣợc sử dụng trong

nghiên cứu này (Icgen et al., 2007). Tỷ lệ SRB đƣợc tính theo tỷ lệ số tế bào bắt cặp với đầu dò trên tổng số tế bào đƣợc nhuộm DAPI. Phần không bắt cặp với đầu dị là phần khơng xác định. Mẫu lai sau đó đƣợc quan sát dƣới kính hiển vi huỳnh quang sử dụng hai bộ lọc phù hợp cho tín hiệu từ DAPI và Cy3, số lƣợng tế bào quan sát thấy dƣới mỗi loại bộ lọc đƣợc đếm bằng phần mềm Image J. Kết quả cho thấy tế bào vi khuẩn tập trung chủ yếu ở hình thức lên kết với các hạt kết tủa (cặn), rất ít tế bào tự do trong môi trƣờng nƣớc (Hình 3.4). Trong mẫu cặn, tỷ lệ tế bào nhuộm DAPI bắt cặp với đầu dò SRB385-Cy3 đƣợc xác định là  70%, tức là chiếm đa số

trong mẫu làm giàu. Phần còn lại  30% khơng bắt cặp với đầu dị và đƣợc xếp vào

nhóm khơng xác định (Hình 3.5). .

77

Hình 3.4. Mật độ tế bào vi khuẩn trong mẫu làm giàu EA4. (A) – mẫu cặn; (B) – mẫu nƣớc

Hình 3.5. Kết quả phân tích FISH xác định mật độ SRB trong mẫu cặn của bình làm giàu

EA4 sử dụng đầu dò SRB385-Cy3. Cột bên trái: tế bào nhuộm DAPI; Cột bên phải – Tế bào bắt cặp với đầu dò

Nhƣ vậy, điều kiện làm giàu khử sulfate ở pH thấp trong mẫu EA4 đã dẫn đến tích lũy SRB thuộc lớp -Proteobacteria là nhóm vi khuẩn chiếm ƣu thế. Bên cạnh

đó, thiểu số 30% có thể là (i) vi khuẩn khử sulfate thuộc các nhóm phân loại khác nằm ngoài -Proteobacteria và/hoặc (ii) các lồi vi khuẩn khơng khử sulfate.