Kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở CQT nhằm đánh giá tính đầy đủ, chính xác của thông tin trong hồ sơ khai thuế của NNT; đánh giá sự tuân thủ pháp luật của NNT. Thông qua việc so sánh thông tin về NNT qua các thời kỳ với nhau và các biến động của ngành để phân tích sự biến động trong việc thực hiện nghĩa vụ thuế.
❖ Phân tích, đánh giá, kiểm tra hồ sơ khai thuế của người nộp thuế tại trụ sở cơ quan thuế
Sau khi tiến hành thu thập các thông tin và dữ liệu cần thiết về NNT, cán bộ kiểm tra tiến hành so sánh, phân tích các chỉ tiêu trong hồ sơ khai thuế. Công tác kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở CQT có thể sử dụng phuơng pháp thủ công, hoặc kiểm tra bằng phần mềm ứng dụng, hoặc áp dụng đồng thời cả hai phuơng pháp.
> Kiểm tra bằng phương pháp thủ công
Bộ phận kiểm tra lựa chọn danh sách NNT căn cứ trên số luợng DN hoạt động đang quản lý thuế để kiểm tra hồ sơ khai thuế theo phuơng pháp đối chiếu, so sánh.
Danh sách NNT đuợc lựa chọn để kiểm tra căn cứ số luợng DN hoạt động đang quản lý thuế bằng ứng dụng lập kế hoạch thanh tra, kiểm tra thuế (TPR) và qua thực tiễn quản lý thuế tại địa phuơng có rủi ro cao, có dấu hiệu trốn thuế, gian lận thuế, khai sai số thuế phải nộp.
Danh sách NNT đuợc lựa chọn theo rủi ro nêu trên để kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở CQT không trùng lắp với danh sách kế hoạch thanh tra và kế hoạch kiểm tra, chuyên đề kiểm tra. Danh sách này phải đuợc phê duyệt hàng năm và có thể bổ sung, điều chỉnh hàng quý hoặc 6 tháng tùy thuộc vào thực tiễn phát sinh và phát hiện các hành vi vi phạm về thuế tại địa phuơng.
Căn cứ vào danh sách số luợng NNT phải kiểm tra hồ sơ khai thuế, thủ truởng CQT giao nhiệm vụ cụ thể số luợng NNT phải kiểm tra hồ sơ thuế cho từng công chức kiểm tra thuế. Chậm nhất là 25 ngày sau ngày kết thúc hạn nộp hồ sơ khai thuế, công chức kiểm tra thuế có trách nhiệm kiểm tra tất cả các loại hồ sơ khai thuế của NNT đã đuợc giao nhiệm vụ bao gồm: Hồ sơ khai thuế theo từng lần phát sinh; các loại hồ sơ khai thuế theo tháng;
các loại hồ sơ khai thuế theo quý; các loại hồ sơ khai thuế theo năm của NNT đuợc giao.
Trên cơ sở hồ sơ khai thuế của NNT, bộ phận kiểm tra tiến hành kiểm tra các căn cứ tính thuế để xác định số thuế phải nộp; số tiền thuế đuợc miễn, giảm; số tiền hoàn thuế... theo phuơng pháp đối chiếu, so sánh:
- Đối chiếu với các quy định của các văn bản pháp luật về thuế; - Đối chiếu các chỉ tiêu trong tờ khai thuế với các tài liệu kèm theo; - Đối chiếu các chỉ tiêu phản ánh trong tờ khai thuế, các tài liệu kèm theo tờ khai thuếvới tờ khai thuế, các tài liệu kèm theo tờ khai thuếcủa tháng truớc, quý truớc, năm truớc;
- Đối chiếu với các dữ liệu của NNT có quy mô kinh doanh tuơng đuơng, có cùng ngành nghề, mặt hàng đăng ký kinh doanh;
- Đối chiếu với các thông tin, tài liệu thu thập đuợc từ các nguồn khác: từ Kho bạc, Ngân hàng...
Kết thúc kiểm tra mỗi hồ sơ khai thuế, công chức kiểm tra thuế phải nhận xét hồ sơ khai thuế. Truờng hợp các hồ sơ khai thuế qua đối chiếu, so sánh, phân tích xét thấy có nội dung khai chua đúng, số liệu khai không chính xác hoặc có những nội dung cần xác minh liên quan đến số tiền thuế phải nộp, số tiền thuế đuợc miễn, số tiền thuế đuợc giảm, số tiền thuế đuợc hoàn... thì công chức kiểm tra thuế phải báo cáo truởng bộ phận kiểm tra ra thông báo bằng văn bản đề nghị NNT giải trình hoặc bổ sung thông tin tài liệu.
> Kiểm tra bằng phần mềm ứng dụng
Bộ phận kiểm tra sử dụng phần mềm ứng dụng để gán điểm cho từng tiêu chí; sắp xếp hồ sơ khai thuế theo từng tiêu chí rủi ro và sắp xếp NNT theo mức độ rủi ro tổng thể của toàn bộ tiêu chí theo thứ tự từ rủi ro cao đến rủi ro thấp giúp cho việc phân loại.
Chậm nhất là 25 ngày sau ngày kết thúc hạn nộp hồ sơ khai thuế, công chức kiểm tra sử dụng phần mềm ứng dụng kiểm tra hồ sơ khai thuế
để kiểm tra gán điểm cho từng tiêu chí; theo đó ứng dụng sắp xếp NNT theo từng tiêu chí rủi ro và đưa ra nhận xét, cảnh báo đối với từng tiêu chí; đồng thời ứng dụng sắp xếp NNT theo mức độ rủi ro tổng thể của toàn bộ tiêu chí theo thứ tự từ rủi ro cao đến rủi ro thấp giúp cho việc phân loại NNT theo mức độ rủi ro về thuế. Từ đó, công chức kiểm tra in danh sách NNT sắp xếp theo mức độ rủi ro và in nhận xét, cảnh báo rủi ro đối với từng NNT trên hệ thống.
Căn cứ bản nhận xét cảnh báo rủi ro của từng NNT, công chức kiểm tra tiếp tục xem xét, đối chiếu hồ sơ khai thuế, kiểm tra các căn cứ tính thuế liên quan đến việc xác định số thuế phải nộp, số tiền thuế được miễn, giảm, số tiền hoàn thuế để bổ sung nhận xét.
Căn cứ vào kết quả phân tích đánh giá rủi ro, bộ phận kiểm tra thuế phải trình Thủ trưởng CQT danh sách NNT phải kiểm tra hồ sơ khai thuế theo đánh giá rủi ro.
❖ Xử lý kết quả kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế
Sau khi kết thúc kiểm tra mỗi hồ sơ khai thuế, cán bộ kiểm tra thuế nhận xét hồ sơ khai thuế. Cụ thể như sau:
- Đối với các hồ sơ khai thuế khai đầy đủ chỉ tiêu, đảm bảo tính hợp lý, chính xác các thông tin, tài liệu, không có dấu hiệu vi phạm thì bản nhận xét hồ sơ khai thuế được ký duyệt và lưu lại cùng hồ sơ khai thuế.
- Đối với hồ sơ khai thuế, số liệu khai phát hiện thấy chưa chính xác, căn cứ để xác định số thuế khai là có nghi vấn hoặc có những chỉ tiêu cần làm rõ liên quan đến số thuế phải nộp, số tiền thuế được miễn, giảm, số thuế được hoàn... thì cán bộ kiểm tra thuế phải báo cáo thủ trưởng CQT ra thông báo bằng văn bản đề nghị NNT giải trình hoặc bổ sung thông tin tài liệu. Thời hạn NNTphải giải trình hoặc bổ sung thông tin tài liệu được ghi trong thông báo không quá 10 ngày làm việc kể từ ngày thủ trưởng CQT ký thông báo.
Trường hợp NNT đến CQT giải trình hoặc bổ sung thông tin tài liệu theo thông báo của CQT, cán bộ kiểm tra phải lập biên bản làm việc và tiếp tục xử lý như sau:
- Đối với hồ sơ giải trình, bổ sung thông tin tài liệu đầy đủ, hợp lý, NNT đã chứng minh số thuế kê khai và nộp là hợp lý thì công chức kiểm tra trình thủ trưởng CQT phê duyệt để lưu hồ sơ giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu cùng với hồ sơ kiểm tra.
- Đối với trường hợpNNT đã giải trình hoặc bổ sung thông tin tài liệu chứng minh được số thuế khai là đúng thì bản giải trình, tài liệu bổ sung hoặc biên bản làm việc (nếu làm việc trực tiếp) được chấp nhận và lưu lại cùng với hồ sơ khai thuế. Trường hợp NNT đã giải trình hoặc bổ sung thông tin tài liệu nhưng không chứng minh số thuế khai là đúng thì cán bộ kiểm tra thuế báo cáo thủ trưởng CQT ra thông báo lần hai yêu cầu NNT tiếp tục giải trình hoặc bổ sung thêm thông tin tài liệu.
Hết thời hạn theo thông báo lần hai của CQT mà NNT không giải trình, bổ sung thêm thông tin tài liệu hoặc trong thời hạn theo thông báo của CQT mà NNT giải trình, bổ sung thêm thông tin tài liệu nhưng không chứng minh được số thuế khai là đúng thì cán bộ kiểm tra thuế báo cáo thủ trưởng CQT: Quyết định ấn định số thuế phải nộp hoặc Quyết định kiểm tra tại trụ sở của NNT, trong trường hợp không đủ căn cứ để ấn định số thuế phải nộp thì CQT ra Quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở của NNT.