Thứ nhất, việc lựa chọn doanh nghiệp kiểm tra còn chưa điển hình, chưa
bao quát được hết các rủi ro
Việc lựa chọn DN để kiểm tra mặc dù đã có xây dựng tiêu chí nhưng vẫn tập trung nhiều vào các cơ sở kinh doanh có doanh thu hoặc số thuế phải nộp lớn, dễ dẫn đến bỏ sót rủi ro ở những DN nhỏ.
Hơn nữa, việc lựa chọn NNT để kiểm tra mới chỉ căn cứ vào một vài tiêu chí rủi ro đã được xây dựng, các tiêu chí này đã đánh giá được một số chỉ tiêu cơ bản phục vụ cho việc quản lý rủi ro về thuế. Tuy nhiên vẫn chưa đánh giá được toàn diện tình hình sản xuất kinh doanh của DN.
Mặt khác, hành vi vi phạm của NNT ngày càng khó phát hiện, công tác phân tích dữ liệu tại trụ sở CQT chưa thực sự rút ra các vấn đề trọng tâm để đề xuất. Do đó, việc lựa chọn DN kiểm tra còn chưa điển hình, chưa bao quát
được hết các rủi ro; tồn tại các DN có số truy thu thấp, hoặc không có kết quả xử lý.
Thứ hai, nhiều vướng mắc trong quá trình kiểm tra không được xử lý thống nhất trong các đoàn kiểm tra
Nội dung các sắc thuế còn phức tạp, hệ thống chính sách thuế còn lồng ghép nhiều chính sách xã hội, còn nhiều mức miễn, giảm thuế gây khó khăn trong quá trình thực thi và quản lý.
Trong quá trình thực hiện kiểm tra tại trụ sở NNT, do sự không đồng bộ, không rõ ràng trong các văn bản chính sách chế độ dẫn đến các cách hiểu khác nhau khi xử lý về thuế, gây khó khăn và kéo dài thời gian khi xử lý như: Các chính sách thuế về ưu đãi miễn giảm, thanh toán qua ngân hàng, chuyển giá... chưa rõ ràng, còn nhiều vướng mắc.
Đặc biệt là các hành vi về sử dụng hóa đơn rất phức tạp, tồn tại nhiều vướng mắc. Công tác xác minh hoá đơn và xử lý vi phạm sau xác minh chưa kịp thời, không thống nhất. Còn tồn tại các hồ sơ phối hợp với các cơ quan công an, cơ quan hữu quan còn kéo dài thời gian, chưa chú trọng công tác phối hợp. Để khắc phục và hạn chế các vướng mắc, tình trạng bất cập về hóa đơn, Chính phủ đang nghiên cứu, sửa đổi quy định về hóa đơn theo hướng chuyển dần sang sử dụng hóa đơn điện tử có mã xác thực của CQT.
Thứ ba, nhiều loại hình kinh doanh mới chưa được kiểm soát và quản lý
Các hình thức kinh doanh online, các dịch vụ Uber, Grab,... trong thời gian qua phát triển rất mạnh nhưng đều chưa được kiểm soát và quản lý,gây thất thu cho NSNN.
Việc thu thuế kinh doanh online qua Facebook, YouTube, Zalo, các dịch vụ Uber, Grab,... cũng là trách nhiệm mà ngành thuế phải thực hiện, nhằm tạo công bằng cho tất cả đối tượng kinh doanh. Tuy nhiên, việc đánh thuế đối với các chủ tài khoản kinh doanh online vẫn còn nhiều khó khăn vì
khó kiểm soát, thiếu thông tin, thiếu sự hợp tác của nguời kinh doanh, thói quen dùng tiền mặt là chủ yếu nên khó quản lý doanh thu và thu nhập của nguời kinh doanh thông qua mạng xã hội, còn phụ thuộc nhiều vào mức độ thật thà khai báo, sự tự nguyện của chủ tài khoản, chế tài xử lý và sự vào cuộc của nhiều cơ quan, ban ngành. Do đó việc áp dụng thu thuế đối với hoạt động kinh doanh trên mạng là cần thiết nhung cần có thời gian, lộ trình.
Các loại hình dịch vụ Uber, Grab trong thời gian qua cũng phát triển rất nhanh. Chỉ sau 17 tháng hoạt động thí điểm, loại hình kinh doanh này đã tăng lên đến gần 40.000 xe chỉ tính riêng tại TP Hà Nội và TP Hồ Chí Minh. Số luợng xe đang hoạt động dịch vụ Uber, Grab gần gấp ruỡi số luợng xe mà ngành taxi Việt Nam đã có đuợc trong suốt 30 năm qua. Tính riêng trên địa bàn TP Hà Nội, hiện nay các xe ô tô duới 9 chỗ ngồi có sử dụng phần mềm kết nối của các công ty Uber, Grab cũng đã lên đến hơn 15.000 xe. Mặc dù các loại hình dịch vụ này phát triển nhanh và mạnh nhungvẫn chua có cơ chế quản lý phù hợp. Điều này không những ảnh huởng rất lớn đối với hoạt động của các DN kinh doanh taxi truyền thống, mà còn gây thất thu cho NSNN, do đó cần có cơ chế quản lý phù hợp.
Thứ tư, tồn tại những cuộc kiểm tra kéo dài thời gian và chuyển sang thanh tra chưa điển hình
Hiện nay tại Cục Thuế TP Hà Nội vẫn còn một số quyết định kiểm tra còn dở dang do chua thống nhất về chính sách, cần xin ý kiến của Bộ Tài chính và Tổng Cục Thuế nên không đuợc giải quyết kịp thời, cá biệt có những hồ sơ kéo dài thời gian. Tính đến hết tháng 8 năm 2017, toàn ngành có 969 quyết định kiểm tra chua hoàn thành. Trong đó, có 162 cuộc kiểm tra tồn trên 30 ngày kể từ ngày ra quyết định. Đáng luu ý, còn tồn 37 quyết định từ năm 2016 về truớc, trong đó năm 2013 còn 01 quyết định, năm 2015 còn 02 quyết định, năm 2016 còn 34 quyết định.
Hơn nữa, trong thời gian qua tại Cục Thuế TP Hà Nội, nhiều truờng hợp chuyển sang thanh tra chua thực sự điển hình; một số trường hợp chỉ qua kiểm tra tại trụ sở CQT phát hiện tình tiết phức tạp đã chuyển bộ phận thanh tra, chủ yếu là các DN nhiều năm chưa được kiểm tra, cổ phần hoá...mà chưa có phân tích đánh giá rủi ro trọng yếu.
Chính việc kéo dài thời gian cuộc kiểm tra, xử lý không dứt điểm kết quả
kiểm tra, chuyển sang thanh tra những trường hợp chưa thực sự điển hình phần nào gây phiền phức cho DN, làm giảm hiệu quả công tác kiểm tra tại DN.
Thứ năm, công tác thu hồi kết quả truy thu, hoàn, phạt sau kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế còn chưa dứt điểm
Phần lớn NNT trên địa bàn Hà Nội đều nghiêm túc chấp hành nghĩa vụ sau khi có kết luận kiểm tra và quyết định xử lý vi phạm về thuế. Tuy vậy, trong thời gian qua Cục Thuế TP Hà Nội vẫn còn nhiều trường hợp có kết quả truy thu, hoàn, phạt sau kiểm tra chưa được thu hồi dứt điểm, còn nhiều nợ đọng phát sinh.
Tỷ lệ nợ đọng sau kiểm tra phát sinh trên tổng số thuế truy thu, thu hồi hoàn và phạt còn cao, trung bình trong hai năm 2015-2016 là 18,2%, trong 8 tháng năm 2017 là 15,4%, cao hơn tỷ lệ nợ đọng thuế trên tổng thu NSNN (trung bình trong hai năm 2015-2016 là 15,6%, trong 8 tháng năm 2017 là 14,6%).