Mặc dù hoạt động xây dựng và phát triển thương hiệu của NHNo&PTNT Việt Nam đã đạt được những kết quả đáng khích lệ như đã nêu trên nhưng vẫn còn có những hạn chế nhất định, cụ thể là:
- Hạn chế về nhận thức: Một trong những hạn chế lớn nhất trong hoạt động xây dựng và phát triển thương hiệu của NHNo&PTNT Việt Nam đó là hạn chế về kiến thức thương hiệu của đội ngũ cán bộ nhân viên. Việc thiếu kiến thức về thương hiệu dẫn đến những nhận thức không đầy đủ về hoạt động xây dựng và phát triển thương hiệu, nhiều nhân viên còn cho rằng hoạt động phát triển thương hiệu chỉ đơn giản là quảng cáo hình ảnh của ngân hàng, sản phẩm dịch vụ mà chưa nhận thức được phải là toàn bộ các hoạt động kinh doanh từ việc không ngừng nâng cao chất lượng sản phẩm dịch vụ cung ứng; hoàn thiện phong cách giao dịch; xây dựng và hiện thực phương châm hoạt động, văn hoá doanh nghiệp ... cho đến xây dựng chiến lược thương hiệu, đồng thời chiến lược thương hiệu cũng phải gắn kết chặt chẽ với chiến lược hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp.
- Hạn chế về đội ngũ cán bộ làm công tác phát triển thương hiệu: Đội ngũ cán bộ làm công tác phát triển thương hiệu của NHNo&PTNT Việt Nam còn thiếu về số lượng, công việc mang nhiều tính kinh nghiệm. Hiện nay, NHNo&PTNT Việt Nam chưa có bộ phận chuyên trách về thương hiệu và các vấn đề liên quan đến thương hiệu mà toàn bộ hoạt động này do Ban Tiếp thị Thông tin và tuyên truyền tại trụ sở chính kiêm nhiệm và Phòng Thẻ và phát triển sản phẩm dịch vụ mới đảm nhiệm. Tuy nhiên, hoạt động của các bộ phận này còn thiếu tính chuyên nghiệp.
- Logo mang nặng tính truyền thống, ít có sự cách điệu. Màu sắc logo ở các chi nhánh tại các địa phương nhiều khi không đồng nhất do mạng lưới phân bố quá rộng, không thể kiểm soát hết, các vùng có điều kiện kinh tế, kỹ thuật khác nhau.
- Hoạt động phát triển thương hiệu của NHNo&PTNT Việt Nam còn thiếu tính chuyên nghiệp, chưa mang tính hệ thống: Các chi nhánh thiếu chủ động làm thương hiệu, phần lớn phụ thuộc vào chỉ đạo của Trụ sở chính; hoạt động phát triển thương hiệu tại các chi nhánh chưa được qui định như một nội dung công việc bắt buộc mà mang tính phong trào; thiếu tính thống nhất trong việc qui định về trang phục của nhân viên trong toàn hệ thống dẫn đến sự khác biệt về trang phục của nhân viên giữa các chi nhánh. Điều này là hạn chế rất lớn của NHNo&PTNT Việt Nam trong việc tạo dựng hình ảnh trong tâm trí khách hàng.
- Tính chủ động trong các hoạt động quan hệ công chúng chưa cao. Việc thông tin, quan hệ với các cơ quan thông tấn báo chí, truyền thông ít nhiều mang tính hình thức.
- Tính phối hợp trong việc phát triển thương hiệu giữa các phòng, ban thuộc Trụ sở chính, giữa Trụ sở chính với các chi nhánh còn chưa đồng bộ, thậm chí còn trùng lặp, gây lãng phí.
- Thương hiệu NHNo&PTNT Việt Nam còn mờ nhạt trên trường quốc tế: một thực tế phải nhìn nhân là mặc dù thương hiệu NHNo&PTNT Việt Nam đã gây được những ấn tượng mạnh ở trong nước nhưng trên trường quốc tế thì vẫn còn mờ nhạt. Tính đến tháng 6/2011, NHNo&PTNT Việt Nam chỉ có một chi nhánh tại Campuchia, có quan hệ đại lý với 1057 ngân hàng đại lý tại 97 quốc gia và vùng lãnh thổ nhưng mục tiêu chủ yếu là phục vụ hoạt động thanh toán quốc tế chứ không nhằm mục đích mở rộng tín dụng và đầu tư ra nước ngoài.