Nội dung kiểm soát chi NSNN nói chung là quá trình những cơ quan có thẩm quyền thực hiện thẩm định, kiểm tra, kiểm soát các khoản chi NSNN theo các cơ chế chính sách, định mức chi tiêu do Nhà nước quy định trên cơ sở những nguyên tắc, hình thức và phương pháp quản lý tài chính. Việc kiểm soát chi NSNN thể hiện qua ba giai đoạn kiểm soát: kiểm soát trước khi chi, kiểm soát trong khi chi và kiểm soát sau khi chi.
> Kiểm soát trước khi chi: là kiểm soát việc lập, quyết định, phân bổ dự toán chi NSNN. Đây là khâu đầu tiên trong chu trình kiểm soát chi. Nó giúp nâng cao chất lượng dự toán, tránh tình trạng giao dự toán quá thấp không đủ kinh phí hoạt động cho đơn vị hoặc giao dự toán quá cao dễ dẫn đến lãng phí trong sử dụng NSNN.
> Kiểm soát trong khi chi: là kiểm soát quá trình thực hiện dự toán nhằm đảm bảo các khoản chi phải đủ điều kiện theo quy định trước khi xuất quỹ NSNN chi trả cho đối tượng thụ hưởng NSNN. Kiểm soát trong khi chi là khâu chủ yếu của chu trình kiểm soát chi và cũng là nhiệm vụ quan trọng nhất của KBNN trong việc quản lý chi quỹ NSNN. Kiểm soát trong khi chi giúp ngăn chặn kịp thời những khoản chi không đúng chế độ quy định, tránh lãng phí và thất thoát tiền và tài sản nhà nước.
> Kiểm soát sau khi chi: là kiểm tra tình hình sử dụng kinh phí của đơn vị sử dụng NSNN sau khi KBNN đã xuất quỹ NSNN. Kiểm soát sau khi chi do các cơ quan có thẩm quyền quyết định dự toán, cơ quan kiểm toán và cơ quan tài chính đảm nhiệm.