* Tính thống nhất:
Hệ thống KBNN được tổ chức, chỉ đạo, điều hành thống nhất từ cấp trung ương đến cấp quận, huyện và tương đương. Do vậy, thống nhất quản lý là nguyên tắc không thể bỏ qua trong quản lý chi NSNN qua KBNN.
Thống nhất quản lý trong kiểm soát chi NSNN qua KBNN chính là việc tuân thủ một khuôn khổ chung từ việc tổ chức tiếp nhận dự toán của các đơn vị, thực hiện kiểm soát chi, kế toán, thanh toán, xử lý các vấn đề vướng mắc trong quá trình triển khai thực hiện.
* Tính trách nhiệm
Tính trách nhiệm bao gồm trách nhiệm có tính chất nội bộ và trách nhiệm ra bên ngoài. Trách nhiệm nội bộ bao gồm trách nhiệm của cấp dưới với cấp trên, với người giám sát, kiểm tra ngân sách trong nội bộ Nhà nước. Trách nhiệm ra bên ngoài là trách nhiệm đối với ĐVSDNS, các đối tượng thụ hưởng ngân sách đối với các quyết định của cán bộ được giao nhiệm vụ kiểm soát chi ngân sách qua KBNN. Thực hiện tiêu chí này sẽ đảm bảo tính hợp pháp, trung thực, khách quan, an toàn, chính xác và trách nhiệm giải trình của KBNN đối với các khoản chi, số liệu chi NSNN.
* Tính hiệu quả
Trong quá trình đổi mới cơ chế quản lý tài chính nói chung và đổi mới cơ chế quản lý NSNN nói riêng, đòi hỏi mọi khoản chi của NSNN phải bảo đảm tiết kiệm và có hiệu quả, bởi vì nó là nguồn lực của đất nước, trong đó chủ yếu là tiền của và công sức lao động do nhân dân đóng góp, do đó không thể chi tiêu một cách lãng phí. Vì vậy, kiểm soát chặt chẽ các khoản chi NSNN thực sự trở thành mối quan tâm hàng đầu của Đảng, Nhà nước, của các cấp, các ngành và của toàn xã hội. Thực hiện tốt công tác này sẽ có ý nghĩa rất to lớn trong việc thực hành tiết kiệm, tập trung mọi nguồn lực tài chính để phát triển kinh tế - xã hội, chống các hiện tượng tiêu cực, chi tiêu lãng phí, góp phần lành mạnh hoá nền tài chính quốc gia, ổn định tiền tệ, kiềm chế lạm phát. Góp phần nâng cao trách nhiệm và phát huy được vai trò của các ngành, các cấp, các cơ quan, đơn vị có liên quan đến công tác quản lý và sử dụng NSNN. Đặc biệt, theo Luật NSNN quy định, hệ thống KBNN chịu trách nhiệm kiểm soát thanh toán, chi trả trực tiếp từng khoản chi NSNN cho các đối tượng sử dụng đúng với chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn đã được Nhà nước giao, góp phần giữ vững kỷ cương, kỷ luật tài chính.
Công khai, minh bạch là nguyên tắc có tính chi phối và ngự trị trong tất cả các hoạt động về NSNN. Công khai, minh bạch trong quản lý chi NSNN là điều kiện không thể thiếu để hệ thống KBNN tiếp thu trí tuệ của nhân dân đóng góp cho hoạt động quản lý và đó cũng là yêu cầu cần thiết để các cơ quan chức năng của Nhà nước, khách hàng của KBNN tham gia giám sát, kiểm tra hoạt động quản lý chi NSNN của KBNN. Thực hiện tiêu chí này, đòi hỏi các KBNN phải công khai rõ ràng tại nơi giao dịch các quy trình, thủ tục trong công tác quản lý chi NSNN, bảo đảm đơn giản, rõ ràng, minh bạch về hồ sơ, chứng từ, nội dung, thời hạn kiểm soát, cũng như trách nhiệm về tính trung thực, khách quan, chính xác, kịp thời của các báo cáo và giải trình số liệu về chi NSNN; đồng thời đảm bảo sự phối hợp nhịp nhàng, đồng bộ giữa các bộ phận nghiệp vụ và cán bộ có liên quan trong hoạt động quản lý chi NSNN qua KBNN.