Xuất phát từ yêu cầu nội tại của công cuộc đổi mới về cơ chế quản lý tài chính nói chung và đổi mới cơ chế quản lý NSNN nói riêng. Đòi hỏi mỗi khoản chi phải đảm bảo đúng mục đích, tiết kiệm và hiệu quả, đặc biệt trong điều kiện khả năng NSNN còn hạn hẹp mà nhu cầu chi phát triển KT-XH ngày càng tăng thì việc kiểm soát chặt chẽ các khoản chi NSNN thực sự là một trong những vấn đề trọng yếu trong công tác đổi mới quản lý tài chính, quản lý NSNN. Thực hiện tốt công tác này có ý nghĩa quan trọng đối với việc thực hiện tiết kiệm, chống lãng phí, tập trung nguồn lực tài chính để phát triển KT-XH, ổn định tiền tệ, lành mạnh hóa nền tài chính quốc gia; đồng thời nâng
cao trách nhiệm cũng như phát huy được vai trò của các ngành, các cấp, các đơn vị có liên quan đến công tác quản lý và điều hành NSNN.
Bản thân cơ chế quản lý NSNN tuy thường xuyên được sửa đổi và hoàn thiện nhưng vẫn cũng chỉ quy định được những vấn đề chung nhất mang tính nguyên tắc, dẫn đến không bao quát hết tất cả các hiện tượng phát sinh trong quá trình thực hiện quản lý kiểm soát chi NSNN, không theo kịp với biến động của hoạt động chi NSNN dẫn đến những hiện tượng tiêu cực, trục lợi, tham ô, gây lãng phí tài sản và công quỹ của Nhà nước. Từ thực tế đó, đòi hỏi phải có cơ quan nhà nước có thẩm quyền thực hiện kiểm tra, giám sát quá trình sử dụng kinh phí NSNN của các cơ quan, đơn vị nhằm ngăn chặn kịp thời những hiện tượng tiêu cực, phát hiện những điểm chưa phù hợp trong cơ chế quản lý để đưa ra kiến nghị với các ngành, các cấp sửa đổi, bổ sung kịp thời để các cơ chế quản lý và kiểm soát chi NSNN ngày càng được hoàn thiện, phù hợp và chặt chẽ hơn.
Do đặc thù của các khoản chi NSNN, các khoản chi NSNN phần lớn mang tính chất không hoàn trả trực tiếp, các đơn vị sử dụng NSNN “hoàn trả”cho Nhà nước bằng “kết quả công việc” đã được nhà nước giao.Tuy nhiên việc đánh giá kết quả của các khoản chi NSNN bằng chỉ tiêu định lượng trong một số trường hợp gặp khó khăn và không toàn diện. Do vậy, cần thiết phải có cơ quan nhà nước có chức năng, nhiệm vụ thực hiện kiểm tra, kiểm soát các khoản chi NSNN để đảm bảo cho việc chi trả của nhà nước là phù hợp với các nhiệm vụ đã giao.
Các đơn vị sử dụng NSNN thường có tư tưởng tìm mọi cách để sử dụng hết số kinh phí được cấp, nhiều đơn vị không quan tâm đến việc chấp hành đúng chế độ chi tiêu và dự toán đã được duyệt. Vì vậy, cần có một bên thứ ba độc lập, khách quan, có kỹ năng và địa vị pháp lý thực hiện kiểm tra và đưa ra
lời kết luận đối với khoản chi của đơn vị có đúng chính sách, chế độ hay không.