Thứ nhất, hoàn thiện các điều kiện tiên quyết cho một hệ thống kiểm soát nội bộ có hiệu quả. Theo thông tư 44/TT-NHNN, các tổ chức tín dụng cuối năm tài chính phải có báo cáo đánh giá về hệ thống kiểm soát nội bộ từ đơn vị độc lập là kiểm toán độc lập, tuy nhiên ngân hàng nhà nước cũng chưa ban hành được các tiêu chuẩn để hệ thống kiểm soát nội bộ đáp ứng được điều kiện. Mặt khác cũng cần hoàn thiện khuôn khổ pháp luật về giám sát ngân hàng và hạ tầng cơ sở kỹ thuật phục vụ hoạt động giám sát ngân hàng. Trước mắt, cần đưa các nội dung giám sát ngân hàng và định hướng đổi mới hệ thống giám sát ngân hàng, đặc biệt là đối với thanh tra, giám sát chuyên ngành ngân hàng vào các Luật ngân hàng nhà nước và Luật Tổ chức tín dụng mới. Đồng thời bảo đảm để Cơ quan giám sát an toàn hoạt động ngân hàng có đủ quyền lực cần thiết trong quá trình thực hiện nhiệm vụ giám sát an toàn hệ thống và việc chấp hành đúng các quy định pháp luật trong hoạt động của các Tổ chức tín dụng. Hiện đại hóa và sử dụng có hiệu quả công nghệ thông tin trong công tác thanh tra, giám sát ngân hàng.
Thứ hai, đổi mới và nâng cao hiệu quả phương pháp giám sát ngân hàng.
Nâng
cao chất lượng, hiệu quả nghiệp vụ giám sát từ xa và thanh tra tại chỗ, trong đó giám sát từ xa được coi là nghiệp vụ quan trọng, có chức năng cảnh báo sớm rủi ro trong hoạt động ngân hàng; sử dụng kết quả và hoạt động kiểm toán nội bộ và kiểm toán độc
lập làm công cụ hỗ trợ cho quá trình giám sát từ xa và thanh tra tại chỗ.Hoàn thiện các
quy định an toàn, các biện pháp thận trọng trong hoạt động ngân hàng; các quy định, chính sách quản lý các loại hình tổ chức tín dụng và hoạt động ngân hàng; đồng thời đổi mới nội dung, phương pháp, quy trình thanh tra, giám sát phù hợp sự phát triển của
công nghệ thông tin, công nghệ ngân hàng và trên cơ sở áp dụng các nguyên tắc cơ bản
về giám sát ngân hàng có hiệu quả của Ủy ban giám sát ngân hàng Basel và các chuẩn
mực quốc tế về giám sát ngân hàng, từng bước tiến tới thực hiện các nguyên tắc, chuẩn
mực cơ bản theo Hiệp ước vốn mới (Basel III) sau năm 2013.
Trong thời gian tới, nhằm nâng cao chất lượng hoạt động của các ngân hàng thương mại, để phát huy được vai trò của KTNB trong công tác quản trị,ngân hàng cần đổi mới kiện toàn mô hình tổ chức bộ máy, quy chế KTNB trong các ngân hàng thương mại tại Việt Nam.
Thứ ba: cần sớm soạn thảo và ban hành chuẩn mực kiểm toán nội bộ, hoạt động kiểm toán nội bộ rất quan trọng với các chủ thể kinh tế tuy nhiên đến thời điểm hiện nay chưa có chuẩn mực kiểm toán nội bộ để điều chỉnh hoạt động này.