Khi TTCK mới đi vào vận hành, việc thành lập hai SGDCK tại Hà Nội và TP. Hồ Chí Minh phù hợp với đặc thù của các loại hàng hóa là cần thiết. Nhưng khi các SGDCK này đã vận hành ổn định, quy mô thị trường từng bước mở rộng mà vẫn tiếp tục duy trì hai SGDCK với cơ chế và hàng hóa giao dịch không có nhiều điểm khác biệt, đã làm tăng chi phí đầu tư của các thành viên thị trường, tăng chi đầu tư phát triển công nghệ phục vụ giao dịch và cũng gây không ít khó khăn cho cơ quan quản lý trong việc quản lý, giám sát thị trường. Một khi hoàn tất quá trình hợp nhất sẽ tiết kiệm chi phí cho xã hội, nhất là cho các công ty chứng khoán trong kết nối hệ thống giao dịch với HOSE và HNX, gia tăng tính chuyên nghiệp và hiện đại cho thị trường chứng khoán thông qua phân định các thị trường theo hướng chuyên biệt hơn gồm: thị trường cổ phiếu, thị trường trái phiếu, thị trường phái sinh.
Giải pháp để tái cấu trúc thị trường giao dịch chứng khoán: Thủ Tướng phê duyệt đề án hợp nhất Sở Giao dịch chứng khoán của Bộ Tài Chính với lộ trình:
Giai đoạn 1 (2017-2019): thành lập Sở GDCK Việt Nam trên cơ sở hợp nhất Sở GDCK Hà Nội và Sở GDCK TP. Hồ Chí Minh. Về hoạt động, tiếp tục duy trì hoạt động các thị trường GDCK như hiện nay tại Sở GDCK Tp. Hồ Chí Minh, Sở GDCK Hà Nội, trong đó tại TP. Hồ Chí Minh sẽ duy trì giao dịch cổ phiếu của công ty niêm yết quy mô lớn, chứng chỉ quỹ đầu tư, chứng quyền có bảo đảm. Tại Hà Nội sẽ duy trì giao dịch cổ phiếu của công ty niêm yết quy mô vừa và nhỏ, các công ty đại chúng đăng ký giao dịch (Upcom), trái phiếu Chính phủ. Tiếp tục quản lý TTCKPS.
Giai đoạn 2 của lộ trình (từ năm 2020): đưa hệ thống công nghệ thông tin đi vào hoạt động áp dụng cho toàn bộ TTCK Việt Nam. Trên cơ sở hệ thống công nghệ thông tin mới, thực hiện lộ trình phân khúc các khu vực thị trường bao gồm thị trường giao dịch cổ phiếu tổ chức tại TP. Hồ Chí Minh; Thị trường phát hành và giao dịch trái phiếu, trong đó trước mắt và chủ yếu là trái phiếu Chính phủ tổ chức tại Hà Nội,
phát triển thị trường trái phiếu doanh nghiệp theo lộ trình; Phát triển TTCK phái sinh tại Hà Nội.