Tại Việt Nam, vàng được xem như một loại khoáng sản nên việc khai thác vàng chịu sự chi phối của Luật Khoáng sản.
Luật Khoáng sản lần đầu tiên được Quốc hội ban hành vào ngày 20/03/1996, sau đó được sửa đổi vào năm 2005 bởi Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật
Khoáng sản (sau này gọi là Luật Khoáng sản 2005). Hai văn bản luật này hết hiệu lực và được thay thế bởi Luật Khoáng sản 2010 do Quốc hội ban hành ngày 17/11/2010.
Theo Luật Khoáng sản 1996, tại điều 55 và điều 56, Bộ Công nghiệp chịu trách nhiệm quản lý nhà nước về khoáng sản. Do đó, việc cấp phép, gia hạn, thu hồi giấy phép hoạt động khai thác vàng thuộc thẩm quyền của Bộ Công nghiệp.
Việc quản lý khai thác vàng trong giai đoạn nghiên cứu chịu ảnh hưởng của Luật Khoáng sản 2005. Theo Luật Khoáng sản 2005, trách nhiệm quản lý nhà nước về khoáng sản trên phạm vị cả nước được chuyển từ Bộ Công nghiệp sang Bộ Tài nguyên và Môi trường, Bộ Công nghiệp chịu trách nhiệm quản lý nhà nước về công nghiệp khai thác, chế biến khoáng sản. Vì vậy, thẩm quyền của việc cấp phép, gia hạn, thu hồi giấy phép hoạt động khai thác vàng thuộc về Bộ Tài Nguyên và Môi trường.
Năm 2007, Bộ Công nghiệp sát nhập với Bộ Thương mại thành Bộ Công thương. Nghị định số 95/2012/NĐ-CP ngày 12 tháng 11 năm 2012 của Chính phủ quy định về chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn của Bộ Công thương có đề cập trách nhiệm và thẩm quyền của Bộ Công thương trong công nghiệp khai thác mỏ và chế biến khoáng sản như sau:
Xây dựng, trình cấp có thẩm quyền ban hành hoặc ban hành theo thẩm quyền các văn bản quy phạm pháp luật về công nghiệp khai thác và chế biến khoáng sản;
Chủ trì, phối hợp với Bộ Tài nguyên và Môi trường, các Bộ, ngành liên quan xây dựng và ban hành danh mục, điều kiện và tiêu chuẩn xuất khẩu các loại khoáng sản;
Chủ trì, phối hợp với Bộ Tài nguyên và Môi trường, các Bộ, ngành liên quan lập quy hoạch thăm dò, khai thác, chế biến và sử dụng các loại khoáng sản; tổ chức thực hiện chiến lược, quy hoạch, kế hoạch khai thác, chế biến và sử
Hướng dẫn, kiểm tra việc thực hiện các quy chuẩn, định mức kinh tế - kỹ thuật, công nghệ, an toàn vệ sinh trong khai thác mỏ và chế biến khoáng sản. Luật Khoáng sản 2010 ra đời đã thay thế hoàn toàn Luật Khoáng sản 2005 và Luật Khoáng sản 1996. Theo Luật Khoáng sản 2010, hoạt động khoáng sản bao gồm hoạt động thăm dò khoáng sản, hoạt động khai thác khoáng sản, tuy nhiên không bao gồm hoạt động chế biến khoáng sản như Luật Khoáng sản 2005. Thẩm quyền cấp phép, gia hạn, thu hồi các loại giấy phép thăm dò, khai thác vàng vẫn thuộc thẩm quyền của Bộ Tài nguyên và Môi trường. Bộ Công thương ban hành các văn bản luật về nội dung thiết kế mỏ và phối hợp với các cơ quan khác lập và trình Chính phủ về Chiến lược khoáng sản.
Kết hợp Nghị định số 95/2012/NĐ-CP và Luật Khoáng sản 2010, trách nhiệm của Bộ Công thương là quản lý về công nghiệp khai thác, chế biến vàng và xuất nhập khẩu vàng khai thác được tại Việt Nam; trách nhiệm của Bộ Tài nguyên và Môi trường là cấp phép cho việc thăm dò, khai thác vàng.
Thực tế, việc quản lý khai thác vàng thực hiện chưa tốt, điển hình là việc các mỏ vàng lớn trong nước đều do các công ty nước ngoài chủ đạo khai thác. Tuy các công ty khai thác là công ty liên doanh nhưng phần vốn của phía Việt Nam không nhiều, khả năng quản lý yếu kém, dẫn đến việc liên doanh liên tục báo lỗ, làm ảnh hưởng đến nguồn thu ngân sách. Trường hợp điển hình nhất là tại Quảng Nam, tỉnh có trữ lượng vàng lớn nhất Việt Nam, quyền khai thác hai mỏ vàng lớn nhất thuộc về hai công ty, Công ty TNHH vàng Phước Sơn và Công ty TNHH vàng Bồng Miêu, đều thuộc sở hữu của Tập đoàn Besra. Hiện hai công ty này đang nợ ngân sách với số tiền lần lượt là xấp xỉ 300 tỷ nợ thuế của Công ty TNHH vàng Phước Sơn và 51 tỷ đồng nợ thuế của Công ty TNHH vàng Bồng Miêu (Nguyên Minh, 2015).
Bên cạnh đó, với các chính sách ưu đãi không rõ ràng và thiếu giám sát, hai công ty này, do cùng thuộc một tập đoàn, đã lợi dụng các ưu đãi về thuế để trốn thuế. Cụ thể, mỏ vàng Bồng Miêu được cấp giấy phép năm 1998, thời điểm mỏ nhận được
ưu đãi thuế tài nguyên ở mức 3%, thuế thu nhập doanh nghiệp là 18% và có ưu đãi tuyệt đối: vừa được xuất khẩu, vừa được tiêu thụ nội địa. Trong khi đó, mỏ vàng Phước Sơn có giấy phép năm 2008, đang phải áp mức thuế tài nguyên là 15% giá trị sản phẩm khai thác, thuế thu nhập doanh nghiệp bằng 40% lợi nhuận thu được và chỉ được xuất khẩu chứ không được tiêu thụ trong nước. Vì thế tập đoàn Besra chuyển sản lượng vàng khai thác được từ mỏ Phước Sơn sang mỏ Bồng Miêu để gián tiếp hưởng ưu đãi thuế (Bảo Linh, 2014).
Hơn nữa, việc khai thác vàng của Công ty TNHH vàng Bồng Miêu đã gây ô nhiễm môi trường do không tuân thủ đúng các biện pháp bảo vệ môi trường như đã cam kết (Thông tấn xã Việt Nam, 2015).
Nguyên nhân của hạn chế này là do trình độ kỹ thuật khai thác vàng của nước ta còn lạc hậu, phải hợp tác với nước ngoài để khai thác. Bên cạnh đó, việc quản lý hợp tác không được thực hiện chặt chẽ, gây thất thoát và lãng phí, khung chế tài các vi phạm trong hoạt động khai thác cũng không được quy định rõ ràng và không thực hiện quyết liệt. Trình độ giám sát của các cơ quan quản lý còn yếu kém, dẫn đến việc các công ty tận dụng kẽ hở của chính sách để trục lợi và chậm trễ trong việc thực thi nghĩa vụ đối với Nhà nước.