1.2.3.1. Phân loại:
Dựa trên cơ sở tính đa dạng về bộ gen, các chủng HCV có thể được phân thành các nhóm chính gọi là kiểu gen. Các kiểu gen được chia thành các phân típ (subtype). Hiện nay có ít nhất 6 kiểu gen HCV chủ yếu được nhận biết (được ghi theo số thứ tự từ 1 đến 6) dựa trên sự biến đổi chuỗi nucleotide khoảng 30-50% với mỗi kiểu gen, 15-30% trong mỗi phân típ gen [49]. Có hơn 50 phân típ được ghi nhận theo thứ tự alphabetic letter [52], [131],[183], [196]. Nhiều tác giả có nhận định như trên nhưng cũng có các tác giả cho rằng, có 11 kiểu gen chủ yếu đã được ghi nhận với hơn 90 phân típ được mô tả [172], [220], [185].
12.3.3. Sự phân bố:
Sự phân bố các kiểu gen HCV tồn tại theo những vùng địa lý rộng lớn khác nhau. Các kiểu gen 1, 2 và 3 phân bố khắp thế giới nhưng ngược lại các
kiểu gen 4, 5 và 6 chỉ được tìm thấy chủ yếu ở những vùng riêng biệt. Kiểu gen HCV-1 chiếm gần một nửa những trường hợp nhiễm HCV [108].
Mặc dù các kiểu gen HCV 1, 2 và 3 xuất hiện ở tất cả các vùng địa lý của thế giới, nhưng sự lưu hành các mối quan hệ của chúng thay đổi từ vùng này sang vùng khác. Những phân típ HCV 1a và 1b là những phân típ phổ biến nhất ở Mỹ và cũng chiếm ưu thế ở châu Âu. Ở Nhật Bản, phân típ 1b chịu trách nhiệm đến 73% những trường hợp nhiễm HCV. Phía bắc Đài Loan phân típ 1b chiếm tới 60-70%, phía nam phân típ 1b chiếm 50% và 30-41% là phân típ 2a [132]. Ở Brazil, nghiên cứu đã chứng minh kiểu gen HCV-1 lưu hành phổ biến nhất, sau đó là kiểu gen HCV-3 [138]. HCV-3 phổ biến ở Ấn Độ, Đông Nam Á [218]. Mặc dù phân típ HCV 2a và 2b phổ biến tương đối ở Bắc Mỹ, châu Âu và Nhật Bản, phân típ 2c được tìm thấy phổ biến ở Bắc Italia. Phân típ HCV-3a lưu hành nhiều ở những người NCMT ở châu Âu và nước Mỹ. Kiểu gen HCV-4 lưu hành ở Bắc Phi và Trung Đông. Các kiểu gen 5 và 6 của HCV hình như lại giới hạn ở Nam Phi (kiểu gen HCV-5) và Hồng Công (kiểu gen HCV-6). Các kiểu gen HCV-7, -8 và -9 lại được nhận diện chỉ ở những bệnh nhân người Việt Nam, các kiểu gen 10 và 11 ở những bệnh nhân là người Indonesia [220], [49]. Theo Chao DT và cộng sự (2011), HCV- 6 chiếm ưu thế ở những nước Đông Nam Á như Singapore, Lào, Thái Lan, Việt Nam và Myanmar cũng như các vùng xung quanh. Thậm chí, ở Việt Nam và Myanmar, sự lưu hành của HCV-6 chiếm đến 50% [69].
Sự phân bố địa lý và tính đa dạng của các kiểu HCV có thể đưa ra giải thích về nguồn gốc lịch sử của HCV. Sự hiện diện của số các phân típ trong mỗi kiểu gen HCV ở một số vùng của thế giới như châu Phi và Đông Nam Á, có thể cho thấy HCV đã gây dịch trong một thời gian dài. Ngược lại, tính đa dạng có giới hạn của các phân típ quan sát được ở Mỹ và châu Âu có thể liên quan đến sự xuất hiện gần đây của những vi rút này từ những vùng nhiễm trùng gây dịch.
1.2.3.3. Tính đa dạng và ảnh hưởng của biến đổi gen
Mặc dù ảnh hưởng của tính đa dạng và các kiểu HCV đối với quản lý lâm sàng nhiễm HCV mạn tính chưa được thiết lập nhưng vai trò như một dấu ấn dịch tễ học đã thể hiện rõ ràng. Hơn nữa, độ nhạy và độ đặc hiệu của xét nghiệm vi rút học và huyết thanh học để phát hiện HCV có thể bị ảnh hưởng bởi tính đa dạng của HCV.
Vì sự tập trung theo vùng địa lý của những kiểu gen HCV khác nhau, nên việc xác định kiểu gen có thể là một dụng cụ có ích trong việc theo dõi sự xuất hiện dịch HCV trong một quần thể nhất định [222]. Các kiểu gen 3a và 1a có sự kết hợp chặt chẽ với NCMT và kiểu gen 1b thường xuất hiện hơn ở người nhiễm HCV qua đường truyền máu. thông tin này có thể có ích trong theo dõi dịch HCV.
Vai trò của các kiểu gen HCV trong sự tiến triển sang mạn tính vẫn còn chưa thống nhất [131]. Tuy nhiên, nghiên cứu sâu vai trò của các kiểu gen HCV với sự tồn tại dai dẳng của nhiễm HCV sau phơi nhiễm cấp tính cho thấy tỷ lệ tiến triển sang mạn tính của HCV là 92% ở những bệnh nhân phơi nhiễm với HCV kiểu gen 1b. Các kiểu gen khác tỷ lệ này chỉ từ 33% đến 50%. Một nghiên cứu gần đây cho thấy, sự lưu hành của phân típ 1b ở bệnh nhân ung thư gan cao hơn có ý nghĩa so với ở bệnh nhân viêm gan mạn tính và bệnh nhân xơ gan [131]. Những số liệu này cung cấp bằng chứng cho thấy các yếu tố vi rút, bao gồm kiểu gen HCV, có thể đóng vai trò quan trọng trong việc tiến triển sang mạn tính sau phơi nhiễm cấp tính với HCV.
Kiểu gen HCV có vai trò quan trọng trong sự đáp ứng với điều trị kháng vi rút [219]. Vì vậy, kiểu gen cần phải được xác định trong tất cả các trường hợp nhiễm HCV trước khi tiến hành điều trị để quyết định thời gian điều trị và các khả năng đáp ứng thuốc có thể xảy ra [131]. Bệnh nhân nhiễm HCV kiểu gen 1 và 4, nói chung đáp ứng với liệu pháp IFN kém hơn kiểu gen
2 và 3. Đáp ứng điều trị của kiểu gen 6 ở vào khoảng trung gian giữa kiểu gen 1 và các kiểu gen 2, 3 [131], [103], [219].
HCV là vi rút có khả năng né tránh đáp ứng miễn dịch của cơ thể chủ dẫn đến tỷ lệ mạn tính cao (có khi trên 80%). Cơ thể chủ không tạo được miễn dịch bảo vệ sau khi khỏi bệnh và có nguy cơ tái nhiễm. Vì tính đa dạng cao mà việc nghiên cứu sản xuất vắc xin phòng bệnh cũng như điều trị viêm gan C gặp rất nhiều khó khăn. Hiện nay chưa có vắc xin viêm gan C.
Sự lưu hành và tỷ lệ mắc của HCV có thể biến đổi theo cả địa lý và tiến triển của các yếu tố nguy cơ [137]. Sự phân bố các kiểu gen HCV như là một trách nhiệm về nguồn nhiễm HCV ở các đối tượng NCMT, BNCTNT, truyền máu, hemophilia và một số đường truyền HCV khác. Nghiên cứu của Martial và cộng sự (2004) cho thấy: phân típ HCV 1a phổ biến hơn ở nhóm NCMT (42%) so với BNCTNT (22%), truyền máu (12%) hoặc bệnh hemophilia (25%). Ngược lại, phân típ 1b ở đối tượng NCMT (21%) ít hơn các nhóm khác: BNCTNT (70%), truyền máu (75%) và hemophilia (69%). Kiểu gen HCV 3 phổ biến hơn ở NCMT (17%) so với bệnh nhân truyền máu (3%) hoặc hemophilia (6%) nhưng không thấy HCV 3 trong tất cả BNCTNT [144]. Ở Đông Nam Á, đặc biệt Việt Nam và Thái Lan, phân típ gen 1a, 6a và 3a lưu hành phổ biến chủ yếu do NCMT [137]. Phân típ gen chủ yếu ở quần thể chung người Việt Nam là phân típ 1b (45,9%) [12], [8]. Tại Hồng Kông, phân típ 6a xấp xỉ 30% người hiến máu nhiễm HCV nhưng chiếm tới 60% trong người NCMT nhiễm HCV [137]. Khác với các vùng trên, nghiên cứu trên 45 đơn vị có BNCTNT ở Tehran cho thấy, kiểu gen HCV ở những BNCTNT ưu thế là phân típ 3a (30,3%) và 1a (28,8%), Phân típ 1b (18,2%), kiểu gen HCV 4 (16,7%). Kiểu gen HCV-2 không tìm thấy [105]. Phân típ 1a cũng chiếm ưu thế ở những BNCTNT ở miền trung Brazil nhiễm HCV: Phân típ 1a (65,7%), phân típ 1b (26,7%) và 3a (7,6%) [82]. Người NCMT, ưu thế nhất cũng là phân típ gen1a (63,4%), phân típ gen 3a (19,5%) và 1b (17,1%) [138].
Sự phân bố các kiểu gen HCV trong quần thể nhiễm HIV phản ánh đường lây truyền HCV chủ yếu. Phân típ gen 1b chiếm hơn hai phần ba những trường hợp nhiễm HCV sau truyền máu và vì vậy là típ gen ưu thế trong những bệnh nhân hemophilliac [82], [196]. Ngược lại, típ gen 1a và 3a thường gặp hơn trong những người NCMT [144]. Các tác giả Đài Loan cũng cho thấy, Các kiểu gen HCV lưu hành ở người NCMT, đặc biệt NCMT nhiễm HIV khác biệt các típ gen HCV lưu hành ở quần thể chung [132]. Phân tích nghiên cứu cho thấy, những người NCMT có thời gian tiêm chích và du lịch ở Trung Quốc và Đông Nam Á, những khu vực có sự lưu hành cao của các típ gen 1a, 3 và 6 [137]. Căn cứ vào giá trị tiên lượng của các kiểu gen HCV và tải lượng HCV với đáp ứng điều trị, bệnh nhân đồng nhiễm cần phải được xem xét, như là một quần thể khó khăn trong điều trị [165].
1.3. Tình trạng nhiễm HIV, HBV, HCV và yếu tố liên quan làm tăng khả năng lây nhiễm ở một số đối tượng nguy cơ cao: