Động vật của KBT L&SC Mù Cang Chải cũng rất phong phú và cho thấy tính đặc hữu cao. Khu hệ động vật xương sống được khảo sát sơ lược từ năm 1980 đến năm 2000 - 2001 và 2002 tổ chức Bảo tồn Động thực vật Quốc tế (FFI) đã có nhiều đợt khảo sát hệ động vật có xương sống ở Mù Cang Chải và đánh giá tình trạng quần thể của loài động vật quí hiếm, trong đó đặc biệt chú trọng đến loài Vượn đen tuyền. Các đợt khảo sát đã thống kê 241 loài, 74 họ, 24 bộ động vật xương sống. Trong đó có 54 loài thú, 132 loài chim, 26 loài bò sát, 26 loài lưỡng thê. Riêng về cá, do suối nhỏ, có độ dốc lớn, chỉ sưu tầm được 3 loài cá bám đá, ít có giá trị kinh tế..
Về các loài đặc hữu tại KBT L&SC Mù Cang Chải có 4 loài đặc hữu ở chim và lưỡng thê, mặc dù vậy yếu tố đặc hữu khu hệ chim khá cao, nếu chỉ tính cho Việt Nam, KBT L&SC Mù Cang Chải có 1 phân loài đặc hữu hẹp cho Việt Nam, đó là Gà lôi tía (Tragopan temminckii tonkinensis), 2 loài đặc hữu hẹp cho Fanxipan và Bắc Lào là Chèo cây mỏ vàng (Sittasolangiae) và Chích đớp ruồi mỏ rộng (Tickellia hodgsoni) và có tới 25 loài khác đặc trưng cho vùng á nhiệt đới dãy Hymalaya, về Lưỡng thê, có 1 loài Ếch ang (Rana microlincata) đặc hữu hẹp cho Việt Nam.
Về các loài quí hiếm tại KBT đã thống kê được có 42 loài động vật quí hiếm trong sách đỏ Việt nam và 28 loài ở mức độ bị đe doạ toàn cầu. Đặc biệt có 4 loài: Niệc cổ hung, Gà lôi tía, Vượn đen, Voọc xám đang có nguy cơ bị đe doạ tiêu diệt loài ở
mức toàn cầu, hiện tại ở Việt Nam loài Vượn đen tuyền (Nomacus concolor) chỉ còn khoảng 120 cá thể, trong đó có khoảng 100 cá thể đang phân bố tại khu rừng Chế Tạo, Mù Cang Chải (chiếm 85%).
Nhìn chung, hệ động thực vật của KBT L&SC Mù Cang Chải phong phú và đa dạng, các loài thực vật đặc hữu có giá trị kinh tế và giá trị bảo tồn đa dạng sinh học cao. Đây là lợi thế cho công tác bảo tồn nhưng cũng là thách thức không nhỏ để công tác bảo tồn có hiệu quả bởi hệ động thực vật này đang bị đe doạ bởi những tác động bất lợi của con người vào tài nguyên rừng để đảm bảo cuộc sống khi việc thành lập KBT khiến cuộc sống của họ ngày càng khó khăn hơn khi không được tác động vào rừng như trước.
Chương 4
KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN