Mặc dù đã đạt được một số thành tựu nhất định, song hoạt động của công ty PHS còn kém phát triển, chưa tương xứng với tiềm năng của công ty. Những yếu kém này thể hiện rõ nhất qua các mặt sau:
- Thị phần môi giới năm 2012 cho nhà đầu tư cá nhân chưa cao như các công ty khác. Hơn nữa PHS tương đối thận trọng trong việc cung cấp các dịch vụ tài trợ giao dịch. Do đó mảng dịch vụ này chưa có gì nổi trôi so với các CTCK khác. Ngoài ra các hoạt động bổ trợ khác của công ty như lưu ký chứng khoán cần được cải thiện hơn, quy trình kiểm soát rủi ro vẫn chưa được hoàn thiện, hoạt động quản lý cổ đông chưa có công cụ hỗ trợ. Những dịch vụ chứng khoán PHS cung cấp còn mang tính thụ động, chưa hướng đến khách hàng. Sự tăng mạnh số lượng tài khoản chứng khoán chủ yếu là do sự thuận lợi của TTCK trong khi công ty PHS không có triển khai hoạt động thu hút nhà đầu tư. Vì vậy số lượng khách hàng tổ chức chuyên nghiệp trong và ngoài nước tại PHS không nhiều.
- Về việc phân tích dự báo cũng cần được cải thiện hơn, cần có những biện pháp kịp thời trong quy trình đầu tư áp dụng trong việc bán cắt lỗ danh mục đầu tư khi thị trường xuống mạnh. Nên có chiến lược rõ ràng trong việc cơ cấu danh mục đầu tư. Hiện tại danh mục đầu tư quá nhiều loại cổ phiếu làm hạn chế khả năng theo dõi và quản lý các khoản đầu tư một cách có hiệu quả. Hội đồng đầu tư cần trao đổi thông tin thường xuyên hơn để đưa ra quyết định đầu tư kịp thời, đúng đắn.
- Về mảng tư vấn tài chính thì số hợp đồng ký được và các hợp đồng tiềm năng chưa nhiều. Công ty chưa có tiếng và uy tín trong các hoạt động tư vấn phát hành cổ phiếu ra công chúng lần đầu và bảo lãnh phát hành. Đặc biệt công ty cũng chưa tiếp cận được với các doanh nghiệp lớn, đặc biệt là doanh nghiệp Nhà nước lớn sắp cổ phần hóa.
- Đào tạo nâng cao trình độ chuyên môn cho đội ngũ cán bộ, nhân viên của công ty chưa được chú trọng nhiều bởi chi phí đào tạo cao. Và muốn đào tạo có chất lượng thì phải đào tạo ở những nước có trình độ phát triển. Với thế mạnh thâm niêm hoạt động trong ngành chứng khoán, PHS đã đào tạo nhiều nhân sự có chuyên môn nghiệp vụ chứng khoán, có giấy phép hành nghề kinh doanh chứng khoán. Các nhân viên của công ty được tuyển dụng từ các trường đại học, được rèn luyện thực tế qua việc tư vấn cổ phần hóa, bảo lãnh phát hành, bán đấu giá và tư vấn niêm yết... Dù hàng năm công ty đều có tuyển dụng và thực hiện đào tạo nghiệp vụ, với sức hút cơ hội thăng tiến, đãi ngộ lương thưởng cao, và được góp vốn vào CTCK đã tạo ra làn sóng các nhân viên có kinh nghiệm, một số cán bộ chủ chốt sang làm việc cho các CTCK mới thành lập.
- PHS là công ty cung cấp cho khách hàng đầu tư cá nhân khá nhiều các dịch vụ hỗ trợ như giao dịch qua mạng, qua tin nhắn, qua điện thoại,… Tuy nhiên trong điều kiện thị trường tăng nóng hoặc lượng khách hàng tăng nhanh đột biến thì những dịch vụ này đôi khi gặp trục trặc. Ngoài ra, trong điều kiện khách hàng tăng nhanh đột biến thì trụ sở làm việc và chi nhánh của PHS tại Hà Nội, Hải Phòng trở nên quá tải.