Bên cạnh những mặt tích cực cần duy trì và lan rộng mà dự án đã đạt được, vẫn còn một số tồn tại, hạn chế trong quá trình triển khai dự án như:
+ Trong quá trình giao đất lâm nghiệp và cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất đã bộc lộ một số khó khăn, vướng mắc như: Chỉ giao đất, giao rừng trên giấy, không xác đi ̣nh ranh giới cu ̣ thể ngoài thực đi ̣a; đất lâm nghiệp được giao, cho thuê chưa gắn với việc giao, cho thuê rừng, từ đó việc thực hiện các cơ chế chính sách về hưởng lợi, hỗ trợ đầu tư, hỗ trợ kỹ thuật còn bất cập.
+ Việc chuẩn bị đất trồng rừng cho kế hoạch năm sau ở các ban quản lý rừng cấp huyện luôn gặp phải những bất cập do phải chờ đợi việc xét duyệt kế hoạch từ trên, do đó nhiều năm liên tục các ban quản lý rừng của các huyện không thể tìm được đủ quỹ đất theo kế hoạch giao.
+ Định mức đầu tư cho 1 ha rừng trồng còn thấp, nhất là đối với rừng trồng kinh tế, trong khi điều kiện kinh tế của địa phương còn rất khó khăn, người dân không thể đầu tư tiền của công sức cho một cái gì đó rất xa với họ, do đó rất khó để có thể hướng họ đến một tương lai khá dài trong khi hiện tại họ vẫn chưa đủ ăn.
- Rừng trồng dự án với mục tiêu phát triển bền vững cả về mặt kinh tế lẫn môi trường nhưng lại có chu kỳ kinh doanh dài. Phương thức trồng chủ yếu là thuần loài đều tuổi, cơ cấu cây rừng chưa phong phú, cấu trúc rừng đơn giản, ít tầng tán, chưa phát huy được thế mạnh của cây trồng bản địa, hỗn giao. Điều này được chứng minh bằng hiện trạng các MH Thông, Thông xen Keo, Luồng xen Keo, Trẩu, Mỡ, Keo thuần loài… được triển khai tại địa phương. Đến nay nhiều mô hình chưa đem lại kết quả do chu kỳ kinh doanh dài, cây trồng sinh trưởng phát triển kém do không được người dân quan tâm chăm sóc bảo vệ. Hiện nay, nhiều lô rừng đang ở tuổi 8 - 9, MH Keo đã có thể khai thác chọn, MH Thông xen Keo ở một số hộ đang bị hiện tượng sâu róm thông phá hoại… nhưng các hộ dân chưa có biện pháp gì để phòng trừ sâu bệnh hại. Do vậy, vấn đề duy trì và phát triển các kết quả trong giai đoạn hậu dự án sẽ gặp không ít khó khăn... Nguyên nhân chủ yếu là do:
+ Cơ cấu cây trồng của dự án chưa hoàn toàn đáp ứng được nguyện vọng của người dân.
+ Trình độ văn hoá của người dân chưa cao, phong tục tập quán còn lạc hậu, cơ sở hạ tầng địa phương nghèo nàn, dân cư phân bố không tập trung, nhiều thành
phần dân tộc… nên còn gặp không ít khó khăn trong quá trình triển khai dự án, nhất là giai đoạn đầu thực hiện.
+ Chưa giải quyết tốt khâu chế biến tiêu thụ sản phẩm rừng trồng. Mặc dù hiện nay đã có tuyến đường liên huyện đi qua, vấn đề lưu thông hàng hóa không phải là quá khó khăn đối với địa phương nhưng người dân vẫn chưa mạnh dạn đầu tư cho các loại hình rừng trồng bởi họ không biết sẽ tiêu thụ sản phẩm như thế nào. Bên cạnh đó, mặc dù Nhà nước đã phá vỡ rào cản khai thác với lưu thông, tiêu thụ gỗ rừng trồng, nhưng ở địa phương tiến trình này vẫn gặp khó khăn.
+ Nhiều năm thời tiết khô hạn kéo dài, đời sống một bộ phận người dân gặp khó khăn, giá cả một số loài, như: ngô, sắn lên cao đã góp phần làm cho tình hình quản lý bảo vệ rừng thêm khó khăn.
- Công tác khoán bảo vệ rừng cho hộ gia đình, cá nhân tại những điểm nóng về phá rừng hiệu quả còn thấp; có nơi người nhận khoán vẫn nhận tiền theo hợp đồng, nhưng không thực hiện các hoạt động bảo vệ rừng, rừng bị phá nhưng không quy được trách nhiệm cụ thể. Đặc biệt là thời gian gần đây, rừng đầu nguồn thuộc khu vực bản Pá Chả của xã Mường Pồn đang bị lâm tặc ngang nhiên chặt phá. Các đối tượng này chủ yếu là người của các xã khác, tuy nhiên do địa hình phức tạp, lực lượng kiểm lâm mỏng, trong khi đó nhu cầu về sử dụng gỗ của người dân trên địa bàn lớn, đặc biệt đối với đồng bào dân tộc Thái, H’mông...Nên công tác tuần tra, phát hiện những hành vi khai thác, vận chuyển gỗ của lâm tặc đối với lực lượng kiểm lâm còn hạn chế, khó khăn. Mặt khác, nhiệm vụ của lực lượng kiểm lâm thì lớn mà chức năng, quyền hạn rất hạn chế, nên trong công tác đấu tranh bảo vệ rừng còn gặp rất nhiều trở ngại, rào cản.