Cảnh quan huyện Mường La mang vẻ đẹp của vùng núi Tây Bắc, với nhiều dãy núi trùng điệp, xen kẽ dưới chân đồi, núi là các chân ruộng bậc thang trồng lúa, màu và hệ thống các khe suối kết hợp một cách hài hòa, tạo nên một bức tranh thiên nhiên đa dạng và phong phú. Tuy nhiên trong quá trình khai thác, sử dụng đất đai, tài nguyên thiên nhiên và tập quán sinh hoạt của người dân chưa hợp lý đã gây ảnh hưởng lớn đến môi trường sinh thái, ở nhiều nơi diện t ch rừng bị khai thác quá mức, hiện tượng phá rừng làm nương vẫn xảy ra. Sản xuất nông nghiệp theo hình thức bóc lột đất không có biện pháp bồi bổ cải tạo đất xảy ra khá phổ biến đã làm giảm độ phì của đất. Diện t ch đất trống đồi núi trọc chiếm hơn 35% diện t ch toàn huyện. Trên diện t ch này, thảm thực vật chủ yếu là trảng cỏ, cây bụi khả năng giữ nước
thấp, hiện tượng xói mòn, rửa trôi xảy ra khá phổ biến làm giảm tầng dày và độ phì của đất đồng thời gây sạt lở, lũ quét ở vùng thấp.
Môi trường nước và không kh trên địa bàn huyện t bị ô nhiễm. Ở một số khu vực dân cư tập trung, các điểm chế biến nông sản có lượng chất thải nhiều nhưng chưa có hệ thống thu gom và xử lý nước, rác thải nên đa số các con suối trở thành nơi dẫn tụ các chất thải, chất lượng nước ở các khu vực cuối nguồn bị giảm đáng kể, ảnh hưởng không nhỏ đến sản xuất và sinh hoạt của nhân dân.
Trong những thập niên gần đây cảnh quan cục bộ từng nơi bị xâm hại, ở nhiều nơi diện t ch rừng bị khai thác quá mức, hiện tượng phá rừng làm nương rẫy vẫn xảy ra. Tình trạng ô nhiễm môi trường ở các khu dân cư, khu chế biến công nghiệp và sản xuất nông nghiệp theo hình thức bóc lột đất nhưng không có biện pháp bồi bổ cải tạo đất xảy ra khá phổ biến đã làm giảm độ phì của đất. Diện t ch đất chưa sử dụng còn chiếm hơn 35% tổng diện t ch tự nhiên của toàn huyện, trên diện t ch này hiện tượng rửa trôi, xói mòn xảy ra khá nghiêm trọng gây sạt lở, lũ lụt làm ảnh hưởng lớn đến cảnh quan môi trường. Tuy nhiên mức độ ô nhiễm chưa nhiều, về cơ bản môi trường tự nhiên của huyện còn giữ được sắc thái tự nhiên.