Tuy nhiên, hiện tại, công tác quản trị nguồn nhân lực tại Công ty CNHCM Tây Bắc vẫn còn tồn tại một số hạn chế như sau:
Một là, chưa có sự hoạch định nguồn nhân lực trong dài hạn. Chính vì quy mô lượng lao động của Công ty khá ổn định, nên ban lãnh đạo còn khá chủ quan trong việc hoạch định nguồn nhân lực trong dài hạn. Nhất là trong khi tình hình kinh tế thế giới đang biến động không ngừng, cần phải hoạch định thật kĩ càng cho công tác quản trị nguồn nhân lực trong tương lai, sẵn sàng đối mặt với những thay đổi của nền kinh
tế trong nước và trên thế giới.
Hai là, Ban Giám đốc và các Trưởng, Phó phòng của Công ty CNHCM Tây Bắc chưa được CBCNV hài lòng tuyệt đối, vẫn còn trường hợp lãnh đạo xa rời CBCNV. Điều này gây khó khăn trong quá trình quản lý lao động, dẫn tới khó khăn trong quản trị nguồn nhân lực tại Công ty. Việc cần thiết là ban lãnh đạo Công ty cần cải tổ tác phong làm việc và cải thiện văn hóa doanh nghiệp, đặc biệt là mối quan hệ giữa lãnh đạo và nhân viên.
Ba là, cần đặc biệt quan tâm đến việc tổ chức các khóa đào tạo, bồi dưỡng chuyên môn nghiệp vụ cho CBCNV trong Công ty. Hiện nay, tại Công ty CNHCM Tây Bắc, chưa tiến hành khảo sát nhu cầu đào tạo của CBCNV. Các khóa đào tạo mặc dù được tổ chức nhưng là xuất phát từ khía cạnh chủ quan của Ban lãnh đạo, chưa thực sự xuất phát từ nhu cầu của CBCNV, nên chưa đủ sức hấp dẫn và thu hút. Vì vậy, các khóa đào tạo không thu hút được nhiều CBCNV tham gia hoặc những người đã tham gia thì cảm thấy chưa hài lòng. Việc khảo sát nhu cầu của CBCNV sẽ làm cho các khóa đào tạo trở nên thiết thực và đáp ứng đúng nhu cầu hơn.
Bốn là, Công ty chưa có chính sách hỗ trợ hợp lý đối với các CBCNV có nhu cầu đào tạo và học tập chuyên sâu tại các cơ sở giáo dục trên cả nước. Chính sách hỗ trợ hiện tại mới chỉ dừng lại ở việc tạo điều kiện bố trí thời gian đi làm và đi học cho CBCNV. Do điều kiện kinh tế còn khó khăn và tình hình kinh doanh của Công ty chưa thực sự đủ tốt để chi thêm ra những khoản hỗ trợ thêm cho việc đi học của người lao động, nên toàn bộ chi phí liên quan như học phí, chi phí đi lại, lưu trú đều do người lao động tự túc chuẩn bị.
Năm là, chính sách đãi ngộ CBCNV của Công ty đã có nhưng còn nghèo nàn và rời rạc. Chưa có nhiều những hoạt động gắn kết người lao động với Công ty. Do cơ cấu nguồn nhân lực tại Công ty CNHCM Tây Bắc bao gồm cả các cán bộ phòng, ban làm việc theo giờ hành chính và các công nhân làm việc theo ca tại xưởng. Về mặt thời gian khó sắp xếp để tổ chức những chương trình văn nghệ hoặc thể dục, thể thao chung cho toàn thể CBCNV trong Công ty. Thêm nữa, hoạt động của tổ chức Công đoàn chưa thực sự đạt hiệu quả, nhiều trường hợp chậm trễ thăm hỏi CBCNV và gia đình của họ khi ốm đau, hoạn nạn.
Sáu là, hệ thống quản trị nguồn nhân lực cần được Công ty CNHCM Tây Bắc chú trọng hoàn thiện và cập nhật công nghệ mới. Trong thời kỳ cách mạng công nghiệp lần thứ tư đang diễn ra mạnh mẽ, sự hỗ trợ từ công nghệ hiện đại là rất cần thiết cho mọi hoạt động của các doanh nghiệp. Do đó, với hệ thống quản trị nguồn nhân lực của Công ty như hiện nay là lạc hậu và chưa phát huy hết hiệu quả của các chính sách mà ban giám đốc đề ra.