Xây dựng kế hoạch kiểm tra hoàn thuế GTGT là một trong những bƣớc quan trọng, một trong những yếu tố quyết định tới chất lƣợng của cuộc kiểm tra hoàn thuế GTGT thông qua việc phân bổ nguồn lực cán bộ thuế, thời gian của từng cuộc kiểm tra, xây dựng quy trình hoàn thuế cũng nhƣ đánh giá mức độ sai phạm trọng yếu của từng bộ hồ sơ.
Tại Cục thuế TP Hà Nội, đối với các hồ sơ hoàn thuế GTGT kiểm tra trƣớc hoàn thuế sau đƣợc thực hiện bởi các Phòng Thanh tra kiểm tra, việc thực hiện cuộc kiểm tra này là đột xuất và không đƣợc lên kế hoạch trƣớc. Tuy nhiên, không thể không tiến hành xây dựng kế hoạch, kế hoạch ở đây đƣợc thực hiện và triển khai khi tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế GTGT. Cụ thể: là khi tiếp nhận “Thông báo đối tƣợng nộp thuế thuộc diện kiểm tra trƣớc hoàn”, Lãnh đạo phòng căn cứ vào lƣợng quyết định tồn của từng đội kiểm tra và phân tới cán bộ thuế trong phòng (khác với cán bộ quản lý của doanh nghiệp) theo chế độ “kiểm tra chéo”.Thời gian thực hiện của cuộc kiểm tra kéo dài từ 1 đến 5 ngày làm việc thực tế tại đơn vị tùy thuộc vào mức độ phức tạp của hồ sơ hoàn thuế. Trong trƣờng hợp, hồ sơ phức tạp thì đội kiểm tra sẽ trình lãnh đạo Cục ban hành quyết định bổ sung để gia hạn thời gian kiểm tra. Việc xây dựng kế hoạch đƣợc thực hiện ngay trong ngày và chế độ kiểm tra chéo đã bƣớc đầu giảm thiểu đƣợc thời gian thực hiện cuộc kiểm tra cũng nhƣ hạn chế những gian lận nếu có với việc cán bộ thực hiện quyết định kiểm tra khác cán bộ quản lý đƣa lại cái nhìn khách quan hơn với dữ liệu của doanh nghiệp.
Đối với hồ sơ hoàn thuế trƣớc kiểm tra sau, đƣợc thực hiện bởi cán bộ phòng Kê khai & Kế toán thuế.Cán bộ phòng Kê khai & Kế toán thuế kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế cũng nhƣ đối với hồ sơ kiểm tra trƣớc hoàn việc kiểm tra này đột xuất và chỉ thực hiện khi có hồ sơ hoàn thuế GTGT của doanh nghiệp gửi lên. Tuy nhiên,
khi các hồ sơ hoàn thuế trƣớc kiểm tra sau đã đƣợc thực hiện tức là đã ban hành quyết định hoàn thuế và lệnh hoàn trả các khoản thu ngân sách nhà nƣớc thì kế hoạch kiểm tra tại trụ sở ngƣời nộp thuế “ hay còn gọi là kiểm tra sau hoàn” đƣợc lên kế hoạch ngay sau đó. Thực hiện sự chỉ đạo của Lãnh đạo Cục thuế TP Hà Nội, Cục thuế TP Hà Nội đã và đang tiến hành kiểm tra sau hoàn 100% hồ sơ hoàn thuế trƣớc, kiểm tra sau và đƣợc lên kế hoạch vào mỗi quý sau khi cán bộ tổng hợp tổng hợp toàn bộ số hồ sơ hoàn thuế đã đƣợc hoàn theo chế độ hoàn thuế trƣớc kiểm tra sau nhằm hạn chế thất thoát và chiếm dụng tiền thuế nhà nƣớc của ngƣời nộp thuế.
Kế hoạch kiểm tra sau hoàn thuế đƣợc tiến hành nhƣ sau:
- Vào đầu mỗi quý Phòng Kê khai và Kế toán thuế kết hợp với Phòng Nghiệp vụ - Dự toán – Pháp chế tiến hành chuyển danh sách các doanh nghiệp phải kiểm tra sau hoàn tới các Phòng thanh tra kiểm tra và thời hạn hoàn thành là trong quý tiếp theo kể từ ngày chuyển danh sách.
- Các doanh nghiệp có số thuế hoàn lớn hơn 10 tỷ đồng và phức tạp sẽ đƣợc chuyển sang thành quyết định thanh tra sau hoàn.Thời gian thực hiện quyết định đƣợc tối đa là 30 ngày, do đó giảm thiểu đƣợc rủi ro trong khâu kiểm tra, phát hiện đƣợc những gian lận nếu có của doanh nghiệp. Thực tế qua kiểm tra sau hoàn, năm 2017 Phòng Thanh tra đã truy hoàn với tổng số tiền là 2 tỷ đồng; năm 2018 với số tiền là 22 tỷ đồng.
- Các doanh nghiệp còn lại có số thuế đề nghị hoàn dƣới 10 tỷ đồng hoặc các doanh nghiệp có số tiền hoàn thuế GTGT lớn nhƣng đã đƣợc thanh tra kiểm tra nhiều lần thì đƣợc phân thành quyết định kiểm tra sau hoàn.