Nhƣ đã phân tích ở trên, công tác kiểm tra hoàn thuế GTGT đối với doanh nghiệp nƣớc ngoài của Cục thuế TP Hà Nội thời gian qua đã đạt đƣợc những kết quả đáng khích lệ nhƣng vẫn còn một số hạn chế nhất định. Những hạn chế đó có thể khái quát lại trên các nội dung sau:
Thứ nhất, vẫn có sự chênh lệch giữa số thuế GTGT doanh nghiệp đề nghị đƣợc hoàn và số thuế GTGT thực tế cơ quan thuế hoàn cho doanh nghiệp. Qua quá trình thanh tra, kiểm tra trƣớc và sau hoàn thuế, các cán bộ thuế phát hiện việc xảy ra những sai phạm cả vô tình và hữu ý trong quá trình thực hiện kê khai và nộp thuế GTGT, lƣu trữ và sử dụng hóa đơn, chứng từ minh chứng cho bộ hồ sơ đề nghị đƣợc hoàn thuế GTGT tại các doanh nghiệp. Nhiều DN sử dụng hóa đơn của các DN mua bán hóa đơn để kê khai khống các hóa đơn GTGT đầu vào để khấu trừ và hoàn thuế GTGT. Muốn giải quyết đƣợc vấn đề này đòi hỏi các doanh nghiệp phải thực hiện đầy đủ, đúng các quy định về hạch toán kế toán, tài chính doanh nghiệp, các quy định về lƣu giữ và sử dụng hóa đơn, chứng từ.
Thứ hai, mặc dù công tác kiểm tra, đối chiếu nhằm xác minh tính chính xác, hợp lý, hợp pháp của các thông tin đƣợc doanh nghiệp kê khai trong hồ sơ hoàn thuế GTGT luôn đƣợc quan tâm sát sao, tuy nhiên cá biệt vẫn còn xảy ra những sai sót trong đó cán bộ thuế không phát kịp thời những sai lệch trong kê khai của các doanh nghiệp trong quá trình giải quyết các bộ hồ sơ hoàn thuế GTGT cho các đối tƣợng thuộc diện hoàn thuế trƣớc – kiểm tra sau. Chính vì vậy, công tác kiểm tra sau hoàn thuế cần phải đƣợc quan tâm và đẩy mạnh nhằm đảm bảo số thuế GTGT thực hiện hoàn cho các doanh nghiệp là đủ, đúng, tránh gây thất thoát NSNN.
Thứ ba, quy trình hoàn thuế hiện nay tuy đã tƣơng đối chặt chẽ, tuy nhiên việc đáp ứng đúng đƣợc thời gian quy định về xử lý hoàn thuế trong thời hạn 6 ngày
(đối với trƣờng hợp hoàn thuế trƣớc, kiểm tra sau) và 40 ngày (đối với trƣờng hợp kiểm tra trƣớc, hoàn thuế sau) đối với những bộ hồ sơ hoàn thuế có tính chất phức tạp cao, chứa đựng nhiều nghiệp vụ kiểm tra là rất khó khăn. Thời gian kiểm tra bị kéo dài. Nguyên nhân chủ yếu là do trình độ chuyên môn và kinh nghiệm xử lý các tình huống còn yếu, chƣa linh động giữa các tình huống kiểm tra của các cán bộ kiểm tra, đặc biệt là các cán bộ trẻ.
Thứ tƣ, các chính sách, thông tƣ, nghị định và các văn bản hƣớng dẫn về hoàn thuế GTGT của Bộ Tài chính thƣờng xuyên thay đổi để phù hợp với sự phát triển của nền kinh tế cũng nhƣ việc kêu gọi các doanh nghiệp nƣớc ngoài vào đầu tƣ tại Việt Nam. Nhiều cán bộ không thƣờng xuyên rà soát và xây dựng cho mình hệ thống các văn bản hƣớng dẫn, dẫn đến việc nắm bắt các nội dung thay đổi không kịp thời. Do vậy, việc phát hiện các vi phạm trong kiểm tra hoàn thuế GTGT tại các doanh nghiệp sẽ không đƣợc kịp thời. Từ đó, việc thu hồi tiền hoàn thuế GTGT để nộp trở lại vào NSNN cũng bị chậm trễ, hoặc nghiêm trọng hơn, có thể gây thất thoát cho NSNN.
Thứ năm, số thuế truy hoàn bình quân trên một hồ sơ đƣợc kiểm tra trong quá trình kiểm tra sau hoàn thuế và số thuế không đƣợc hoàn bình quân trên một hồ sơ đƣợc kiểm tra trong quá trình kiểm tra trƣớc hoàn là tƣơng đối lớn. Điều này một mặt chứng minh khả năng phát hiện các hành vi vi phạm của cơ quan thuế, mặt khác cũng cho thấy mức độ gian lận của ngƣời nộp thuế còn lớn. Song trên thực tế đối với các hành vi vi phạm của DN thì ngoài việc truy hoàn, tính tiền chậm nộp, phạt hành vi kê khai sai sau kiểm tra thì chƣa có biện pháp cứng rắn cụ thể nào cả để thực sự răn đe các DN không tuân thủ theo pháp luật của Việt Nam.
Thứ sáu, để công tác kiểm tra hoàn thuế GTGT thực sự có hiệu quả thì phải có sự phối hợp giữa các cấp, các ngành với nhau. Ví dụ: Phối hợp với công an để xác minh hóa đơn của các doanh nghiệp bỏ địa chỉ kinh doanh, các doanh nghiệp mua bán hóa đơn; Phối hợp với cục thuế hải quan, các chi cục hải quan để kiểm tra giám sát điều kiện hƣởng doanh thu xuất khẩu 0%; Phối hợp với Kho bạc Nhà nƣớc để chuyển tiền hoàn cho DN đúng hạn.... Tuy nhiên trên thực tế thì sự phối hợp này chƣa thực sự đáp ứng điều kiện về thời gian, còn nhiều các thủ tục rƣờm rà. Điều này làm ảnh hƣởng đến tính kịp thời của công tác kiểm tra hoàn thuế.
CHƢƠNG 4: CÁC GIẢI PHÁP NHẰM TĂNG CƢỜNG CÔNG TÁC KIỂM TRA HOÀN THUẾ GIÁ TRỊ GIA TĂNG ĐỐI VỚI CÁC DOANH NGHIỆP
NƢỚC NGOÀI CỦA CỤC THUẾ THÀNH PHỐ HÀ NỘI