Bƣớc cuối cùng khi có quyết định hoàn trả của Cục thuế thành phố và Lệnh hoàn trả đã đƣợc lập thì Lệnh hoàn trả đƣợc phòng Kê khai và Kế toán thuế tập hợp và chuyển sang Kho bạc Nhà nƣớc. Sau khi Kho bạc Nhà nƣớc nhận đƣợc Lệnh hoàn trả sẽ thực hiện chuyển tiền vào tài khoản của doanh nghiệp.
Công tác kiểm tra hoàn thuế GTGT đối với các doanh nghiệp nƣớc ngoài tại thành phố Hà Nội không chỉ là kiểm tra hồ sơ xin hoàn thuế của doanh nghiệp, mà còn kiểm tra việc thực hiện quy trình của các đội chức năng trong cơ quan thuế - Chi cục thuế quận. Đồng thời còn kiểm tra sau hoàn khi kho bạc nhà nƣớc địa
phƣơng thực hiện Lệnh hoàn thuế của Cục thuế thành phố theo quy định pháp luật hiện hành.
Thực hiện Quy trình Kiểm tra hoàn thuế, Phòng Kiểm tra và Chi cục thuế thực hiện kiểm tra sơ bộ đối với 100% hồ sơ khai hoàn thuế nhận đƣợc và thực hiện kiểm tra chuyên sâu đối với các doanh nghiệp thuộc diện phải kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế theo kết quả đánh giá rủi ro và kế hoạch kiểm tra đã phê duyệt từ năm trƣớc.
Khi kiểm tra hồ sơ khai hoàn thuế tại trụ sở, cán bộ kiểm tra hoàn thuế của các Phòng và các Đội thƣờng vận dụng các kiến thức về chế độ kế toán, cơ chế tài chính, pháp luật thuế và sử dụng các phƣơng pháp đối chiếu, so sánh, phân tích để nhận dạng các dấu hiệu rủi ro, xác định các sai phạm chủ yếu trên hồ sơ khai hoàn thuế; trên cơ sở đó, cục thuế thực hiện:
- Ra thông báo yêu cầu các doanh nghiệp nƣớc ngoài giải trình, bổ sung thông tin tài liệu đối với trƣờng hợp không ghi chép hoặc phản ánh đầy đủ các chỉ tiêu trên hồ sơ khai hoàn thuế hoặc căn cứ xác định số thuế đã khai có nhiều nội dung nghi vấn.
- Ra quyết định ấn định thuế hoặc quyết định kiểm tra tại trụ sở liên quan. Việc thanh tra, kiểm tra đƣợc triển khai theo chuyên đề và tập trung chủ yếu vào các doanh nghiệp có quy mô kinh doanh lớn, ngành nghề kinh doanh phức tạp; doanh nghiệp có hoạt động chuyển giá giữa các bên có giao dịch liên kết; doanh nghiệp âm thuế kéo dài, kinh doanh thua lỗ và nhiều năm chƣa thanh tra, kiểm tra hoàn thuế GTGT; doanh nghiệp có số thuế đƣợc miễn, giảm, giãn, hoàn thuế lớn và các doanh nghiệp có rủi ro cao về thuế khác…