Khi con người ăn phải thực phẩm bị nhiễm B. cereus thì nguy cơ bị ngộ độc là rất lớn. Hầu hết các loại thực phẩm đều có khả năng lây nhiễm bào tử của B. cereus. Nếu môi trường thực phẩm đó không thích hợp cho sự nảy mầm của bào tử thì B. cereus sẽ được tiêu hoá ở dạng bào tử. Ngược lại, nếu điều kiện thực phẩm cho phép bào tử nảy mầm thành tế bào sinh dưỡng thì B. cereus sẽ được tiêu hoá ở dạng tế bào [44]. Đặc biệt nếu trong thực phẩm xuất hiện chủng B. cereus có mang gen mã hoá sản sinh độc tố cereulide thì khi con người ăn phải thực phẩm có độc tố đó sẽ bị ngộ độc với thể bệnh nôn [21, 45].
Sau khi thực phẩm có nhiễm B. cereus được tiêu hoá chúng sẽ được đưa tới dạ dày. Dạ dày là nơi có pH thấp và có sự hoạt động của các enzym tiêu hoá như pepsin, tripsin… Vì vậy, nếu trong thực phẩm chỉ chứa bào tử thì do tính kháng axít và các enzym tiêu hoá nên chúng nhanh chóng được chuyển tới ruột non. Còn nếu thực phẩm chứa cả hai loại bào tử, tế bào sinh
dưỡng thì phụ thuộc vào pH của dạ dày mà chỉ có bào tử hay cả bào tử và tế bào B. cereus được chuyển qua ruột non. Nếu pH của dạ dày quá thấp thì chỉ có bào tử được chuyển qua còn nếu pH thuận lợi hơn sẽ tạo cơ hội cho cả tế bào sinh dưỡng được đi qua. Do pH của dạ dày còn phụ thuộc vào loại thực phẩm và cơ thể của từng người. Khi vào tới ruột non, bào tử B. cereus sẽ nảy mầm, phát triển và sản sinh độc tố. Nếu lượng độc tố tích luỹ đủ thì sẽ gây ra ngộ độc thực phẩm với thể bệnh tiêu chảy [45].
Trường hợp trong thực phẩm có chứa sẵn độc tố, nếu là độc tố cereulide thì khi vào tới dạ dày chúng sẽ liên kết vào thụ thể 5-HT3 trong dạ dày và gây ra ngộ độc thể bệnh nôn [9]. Còn nếu là độc tố gây tiêu chảy enterotoxins thì khi vào tới dạ dày chúng sẽ bị các enzym tiêu hoá phá huỷ. Như vậy, ngộ độc thực phẩm thể bệnh tiêu chảy chỉ xảy ra do quá trình tạo tích luỹ độc tố ruột trong ruột non người [57].