PHẦN 4 KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
4.2. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU MỘT SỐ ĐẶC TÍNH SINH HỌC PHÂN TỬ
4.2.1. Kết quả giải trình tự gene của những chủng giống gốc sản xuất vacxin vô
vô hoạt phòng bệnh Care
Nghiên cứu của Von Messling et al. (2001) đã chỉ ra trong cấu trúc bộ gene của virus Care, protein mã hóa từ gene H và P có chức năng chính đó là quyết định tới tính ái lực và khả năng gây bệnh tích tế bào của virus Care. Sự thay đổi về cấu trúc protein mã hóa từ gene H sẽ dẫn tới sự thay đổi về tính
kháng nguyên của virus (Blixenkrone-Møller et al., 1992). Ngược lại, gene P là
gene bảo thủ trong cấu trúc của virus Care (Carpenter et al., 1998). Chính vì vậy, trong nghiên cứu này đã tiến hành giải trình tự gene H và P của virus Care nhằm đánh giá được cấu trúc và dữ liệu di truyền của hai chủng giống gốc nghiên cứu so với chủng virus vacxin Onderstepoort (mã hiệu AF378705). Kết quả phản ứng RT-PCR đối với gene H và P của hai chủng giống gốc được trình bày ở hình 4.10 và 4.11.
Hình 4.10. Kết quả điện di sản phẩm phản ứng RT-PCR với gene H phản ứng RT-PCR với gene H
Hình 4.11. Kết quả điện di sản phẩm phản ứng RT-PCR với gene P phản ứng RT-PCR với gene P
Ghi chú: M: Thang Marker (0,1 - 2 kpb); giếng 1, 2 tương ứng với chủng giống gốc VNUA-CDV-03 và VNUA-CDV-04 virus nghiên cứu. Giếng 3: Đối chứng âm là nước khử ion. Giếng 4: Đối chứng dương là
Kết quả điện di sản phẩm phản ứng RT-PCR ở hình 4.10 và 4.11 cho thấy hai chủng giống gốc VNUA-CDV-03 và VNUA-CDV-04 đều cho một vạch band sáng tương ứng với kích thước thiết kế của gene H và P với kích thước lần lượt là 2100 bp và 409 bp. Sản phẩm điện di cho thấy tính đặc hiệu của các cặp mồi sử dụng trong nghiên cứu với biểu hiện là band sáng gọn gàng, không xuất hiện hiện tượng smear điều này chứng tỏ các thành phần và bước thực hiện phản ứng RT-PCR đã được tối ưu hóa đối với hai đoạn gene nghiên cứu.
Kết quả giản đồ giải trình tự gene cho thấy chất lượng sản phẩm của quá trình giải trình tự gene H và P (hình 4.12) trực tiếp từ sản phẩm của phản ứng RT-PCR tốt, mỗi đỉnh của giản đồ giải trình tự tương ứng với một nucleotide. Trong đó, các nucleotide khác nhau thì sẽ tiếp nhận thuốc nhuộm huỳnh quang khác nhau khi đọc bằng tia laser sẽ hiển thị màu tương ứng như Adenin là màu đỏ, Thymine là màu xanh nước biển, Guanine là màu xanh lá cây, Cytosine là màu đen. Đồng thời, khi xem xét khoảng cách giữa các đỉnh màu tương tứng với từng nucleotide là tương đối đồng đều, không xuất hiện các đỉnh có khoảng cách rộng hoặc nhiều đỉnh màu tập trung tại một vị trí nucleotide. Kết quả này cho thấy việc giải trình tự gene trực tiếp từ sản phẩm của phản ứng RT-PCR là phù hợp để giải trình tự nhanh một đoạn gene của virus, giúp rút ngắn thời gian so với việc giải trình tự một đoạn gene bằng cách nhân dòng gene qua tế bào vi khuẩn. Chuỗi trình tự sau khi giải trình tự gene được xử lý bằng phần mềm SEQ 8000 và genetyx, được xác thực bằng cách Blast trực tiếp qua ngân hàng gene thế giới, sau đó được lưu trữ trên hệ thống máy chủ để phục vụ cho việc trích xuất và truy cứu dữ liệu.
Hình 4.12. Giản đồ giải trình tự gene tự động đoạn gene Phosphor của chủng virus VNUA-CDV-04