Có thể phân chia thành 3 cơ quan quản lý cảng, cụ thể:
- Cơ quan quản lý cảng biển quốc gia (Trung ương)
Là cơ quan thay mặt Chính phủ quản lý các mặt của hệ thống cảng biển quốc gia, đặc biệt trực tiếp quản lý về đầu tư, khai thác sử dụng kết cấu hạ tầng các cảng biển trọng điểm. Hiện nay, ở Việt Nam cơ quan quản lý cảng biển quốc gia là Tổng Công ty Hàng Hải Việt Nam (Vinalines) ngoài việc quản lý kinh doanh về đội tàu biển và dịch vụ hàng hải, đang quản lý 18 cảng biển (với 5 cảng biển chính tại 5 khu vực kinh tế trọng điểm). Tuy nhiên, do kinh doanh cảng biển đang ngày càng phát triển mạnh và đa dạng, việc đầu tư khai thác cảng biển có nhiều chủ thể tham gia, đòi hỏi đồng thời phát triển cảng biển, đảm bảo lợi ích công cộng, an ninh quốc phòng nên Tổng Công ty Hàng hải có những hạn chế nhất định trong việc quản lý phát triển cảng biển quốc gia. Ngoài ra, còn có Cục Hàng Hải Việt Nam là cơ quan quản lý Nhà nước chuyên ngành về hàng hải và cũng quản lý một số cảng. Cục Hàng Hải Việt Nam quản lý Nhà nước về nhiều lĩnh vực thuộc ngành hàng hải: hành chính, pháp chế, an toàn hàng hải… nên quản lý Nhà nước về vốn đầu tư khai thác cảng biển có những hạn chế nhất định.
- Cơ quan quản lý cảng biển địa phương
Cơ quan này trực thuộc chính quyền địa phương, có tư cách pháp nhân, trực tiếp quản lý đầu tư phát triển KCHT cảng. Cơ quan quản lý cảng thuộc địa phương là mô hình phù hợp với xu thế chung của các nước trong khu vực và các nước có kinh tế cảng phát triển.
Với các cảng biển loại II (cảng có tầm ảnh hưởng khu vực) thì giao cho cơ quan quản lý cảng biển địa phương theo mô hình cảng cho thuê hoặc cảng dịch vụ.
Với cảng biển do các Bộ, ngành đang quản lý có thể chuyển đổi dần cơ chế giao cho chính quyền địa phương quản lý, số còn lại chuyển sang mô hình cảng thương mại.
Nguồn đầu tư cho cảng này sẽ do ngân sách địa phương và sự hỗ trợ của ngân sách Nhà nước.
- Công ty thương mại
Công ty thương mại là đơn vị ngoài chức năng kinh doanh thương mại còn có chức năng quản lý cảng. Công ty thương mại này thường là doanh nghiệp Nhà nước thuộc Bộ, ngành quản lý, sau chuyển đổi cơ chế cổ phần hóa.