Bên cạnh những kết quả đạt được thì công tác quản trị nhân lực của bệnh viện vẫn còn một số hạn chế sau:
- Chưa giao quyền chủ động tuyển dụng nhân sự cho bệnh viện mà vẫn phụ thuộc vào các cơ quan quản lý cấp trên.
- Khả năng phối hợp nội bộ giữa các khoa, phòng vẫn còn những hạn chế, do đó chưa tạo ra được sự thống nhất chung, sức mạnh chung.
- Một số cán bộ nhân viên trong bệnh viện có trình độ chuyên môn nghiệp vụ còn non kém, chất lượng làm việc chưa đáp ứng được nhu cầu hiện tại, ý thức trách nhiệm trong công việc chưa cao.
- Chưa khai thác hết các nguồn lực trong tổ chức. Các tổ chức thường tuyển dụng nhân lực từ hai nguồn là bên trong và bên ngoài. Bệnh viện chưa khai thác hết nguồn tuyển dụng ở bên trong.
- Chế độ phúc lợi tăng dần qua các năm nhưng chưa làm hài lòng người lao động do mức tăng chưa tỷ lệ thuận với sự đóng góp của người lao động với bệnh viện. Công tác khuyến khích vật chất như tiền lương, thưởng chưa phát huy được vai trò của mình vì tiền thưởng còn ít, chưa có tác dụng kích thích mạnh mẽ tinh thần của cán bộ nhân viên.
- Quy chế đào tạo của bệnh viện còn điểm chưa phù hợp cần phải được bổ sung hoàn chỉnh. Các chương trình đào tạo thường có quy mô nhỏ và nội dung đơn giản. Phương pháp đào tạo truyền thống, chưa thường xuyên mở các cuộc hội nghị, hội thảo….
- Chưa xây dựng được cơ chế phối hợp công việc giữa các đơn vị trong bệnh viện nên bộ máy hoạt động của bệnh viện chưa thực sự hoạt động thông suốt, ảnh hưởng đến chất lượng và tiến độ công việc.