Có một số phương pháp được đưa ra để cải thiện chất lượng protein ngô nếp. Nghiên cứu cải tạo chất lượng protein ngô nếp bằng dòng kích tạo đơn bội và sử dụng chỉ thị phân tử để kiểm tra sự có mặt của gen. Ngô chất lượng protein cao (QPM) cận nhiệt đới và á nhiệt đới được lai với ngô nếp địa phương. Các tổ hợp lai được tạo ra mà mang đặc điểm của cả bố và mẹ chứa đồng thời 2 gen wx và o2 sẽ được dung làm vật liệu để lai với dòng kích tạo đơn bội để tạo hạt đơn bội (hạt đơn bội đạt từ 9,6 – 13,3%). Sau đó xử lý colchicines ở giai đoạn mầm non để tạo dòng đơn bội kép. Mặc dù những dòng đơn bội kép này có thời gian phun râu kéo dài và tỷ lệ tái sinh thấp (<30%) so với dòng đơn bội, nhưng đây cũng là một nghiên cứu cho thấy khả năng áp dụng kỹ thuật này đối với tổ hợp lai nếp cận nhiệt đới và á nhiệt đới vào việc cải tạo dòng thuần chọn tạo giống (Nguyễn Thị Tuyến, 2016).
Stam et al. (2014) báo cáo cho rằng những dân tộc ít người ở Đông Nam Á sử dụng ngô nếp làm lương thực hàng ngày, nhưng trong ngô nếp thiếu một số amino axit cần thiết. Gần đây, nghiên cứu phối hợp các alen lặn wx và opaque2
để tăng gấp đôi chất lượng trong hạt ngô (w/o, amylopectin, protein cao), sự kết hợp này cần thực hiện lai chuyển gen vào nguồn vật liệu di truyền ngô nếp địa phương của dân tộc ít người. Các tác giả sử dụng hai dòng w/o có nền di truyền của Trung Quốc và Thái Lan lai với hai giống ngô nếp địa phương Việt Nam, hai giống địa phương của dân tộc ít người có chất lượng ăn uống tốt ký hiệu là WVN 3 và WVN 10. Thu hoạch và phân tích lại thời gian thu hoạch cho ăn tươi và giai đoạn chín sữa các con cái F2 của w/o WVN 3 đồng đều bắp đã bóc lá bi như với ngô nếp lai thương mại và 40% của 10 con cái F2 với giống WVN 10. Trong tổ hợp lai WVN 3 và F2 lại trở lại với WVN3, tất cả bắp đã bóc lá bi w/o đồng đều về chất lượng ăn uống và hàm lượng protein; nhưng năng suất bắp và hàm lượng tryptophan cao nhất ở tổ hợp lai đỉnh. Các tác giả cho rằng nguồn vật liệu di truyền chất lượng cao hiện có như là một nguồn QPM của dân tộc ít người. Tổ hợp lai nguồn dòng w/o hướng đến cân bằng chất lượng protein khi lai với giống
địa phương, nhưng các tổ hợp lai năng suất cao chỉ ra rằng đây là nguồn tiềm năng cho tạo giống ngô lai QPM thương mại ở Đông Nam Á (Nguyễn Thị Tuyến, 2016).