Màu sắc hạt chủ yếu chịu sự chi phối của yếu tố di truyền, ít chịu tác động của yếu tố ngoại cảnh, những tính trạng này cũng di truyền sang cho con lai. Các chỉ tiêu này cũng ít nhiều liên quan đến chất lượng hình thái của các giống, nó ảnh hưởng đến giá trị thương phẩm của giống, những giống có màu sắc hạt phù hợp với thị hiếu của người tiêu dùng thì giá trị thương phẩm của giống sẽ tăng lên. Màu sắc hình thái của tổ hợp lai cũng đánh giá về chất lượng của các tổ hợp lai, có ý nghĩa trong chọn giống.
Màu sắc thân được thể hiện rõ nhất ở giai đoạn cây con, lúc đó màu thân là đặc trưng cho dòng, giống. Chỉ tiêu này không ảnh hưởng tới năng suất cây trồng tuy nhiên nghiên cứu chỉ tiêu này giúp ta nhận biết được các đặc điểm khác nhau của các tổ hợp lai, giống ngô từ đó phân biệt các dòng, giống với nhau.
Từ bảng 4.5 chúng tôi thấy màu sắc của các tổ hợp lai về đặc điểm màu sắc thân, lá, cờ, lõi ngô, hạt ngô đều có sự phân màu khác biệt và màu sắc cây ở cả hai vụ Xuân và vụ Đông đều tương đương.
- Màu sắc thân
Các tổ hợp lai có thân màu xanh là THL1, THL3, THL4, THL8 và giống HN88 (Đ/C), các tổ hợp lai có thân màu xanh tím là THL2, THL5, THL6, THL7, THL9. Thân có màu tím là THL10 và giống Fancy111 (Đ/C).
- Màu sắc lá
Lá là cơ quan quang hợp của cây, từ bảng nghiên cứu trên chúng tôi thấy các tổ hợp lai và các giống ngô nếp đối chứng thì màu sắc là đồng đều màu là xanh.
- Màu sắc cờ
Để so sánh về đặc điểm màu sắc cây trong đó có màu sắc cờ cũng đặc trưng thể hiện rõ nét về màu sắc mang gen quy định, từ bảng số liệu 4.5 chúng tôi thấy màu sắc cờ của các tổ hợp lai đều mang màu tím nhạt đến tím, riêng có tổ hợp lai THL4, THL6, THL7, THL8 và giống HN88 (Đ/C) là có màu cờ là màu trắng.
- Màu sắc bắp
Từ bảng kết quả 4.5 chúng tôi thấy, màu sắc bắp của tổ hợp THL3, THL4 và giống HN88 (Đ/C) đều có màu xanh, các tổ hợp lai THL2, THL9, THL10 có màu sác bắp từ tím đến tím đậm tương tự nhu màu tím đặc trưng của giống Fancy111 (Đ/C). Các tổ hợp lai còn lại màu sắc bắp có màu xanh tím.
Bảng 4.5. Đặc điểm màu sắc hình thái của tổ hợp lai và các giống ngô nếp vụ Xuân , vụ Đông năm 2016
Tổ hợp lai Vụ Xuân Vụ Đông
Thân Lá Cờ Bắp Lõi Hạt Thân Lá Cờ Bắp Lõi Hạt
THL1 Xanh Xanh Tím nhạt Xanh tím Trắng Trắng Xanh Xanh Tím nhạt Xanh tím Trắng Trắng
THL2 Xanh tím Xanh Phớt tím Tím Trắng Trắng Xanh tím Xanh Phớt tím Tím Trắng Trắng
THL3 Xanh Xanh Tím Xanh Tím Tím nhạt Xanh Xanh Tím Xanh Tím Tím nhạt
THL4 Xanh Xanh Trắng Xanh Trắng Trắng Xanh Xanh Trắng Xanh Trắng Trắng
THL5 Xanh tím Xanh Phớt tím Xanh tím Trắng Trắng Xanh tím Xanh Phớt tím Xanh tím Trắng Trắng
THL6 Xanh tím Xanh Trắng Xanh tím Trắng Trắng Xanh tím Xanh Trắn Xanh tím Trắng Trắng
THL7 Xanh tím Xanh Trắng Xanh tím Trắng Trắng Xanh tím Xanh Trắng Xanh tím Trắng Trắng
THL8 Xanh Xanh Trắng Xanh tím Trắng Trắng Xanh Xanh Trắng Xanh tím Trắng Trắng
THL9 Xanh tím Xanh Phớt tím Tím Trắng Trắng Xanh tím Xanh Phớt tím Tím Trắng Trắng
THL10 Tím Xanh Tím đậm Tím đậm Trắng Trắng Tím Xanh Tím đậm Tím đậm Trắng Trắng
HN88(Đ/C) Xanh Xanh Trắng Xanh Trắng Trắng Xanh Xanh Trắng Xanh Trắng Trắng
- Màu sắc lõi
Từ bảng kết quả 4.5 chúng tôi thấy màu sắc lõi của các tổ hợp lai và giống HN88 (Đ/C) đều có màu trắng, riêng có tổ hợp lai THL3 lõi có màu tím nhạt hơn giống Fancy111 (Đ/C).
- Màu sắc hạt
Màu sắc hạt của các tổ hợp lai đều có màu sắc đặc trưng của giống ngô nếp trắng. Riêng tổ hợp lai THL3 có màu hạt tím nhạt hơn giống Fancy111 (Đ/C).