Các tác giả đầu tư nghiên cứu cơ bản về các chất carotenoids, anthocyanins, phenolics, và chất khàng oxy hóa antioxidant của 3 dạng ngô nếp có màu hạt khác nhau (trắng, vàng và đen) trong thời gian chín, cũng như ngô vàng thường làm đối chứng. Kết quả cho thầy ngô nếp đen có chất lượng anthocyanis, phenolics và chất khàng oxy hoa antioxidant cao nhất, ngô nếp vàng liên quan đến số lượng carotenoids lớn nhất, ngô trắng có hàm lượng carotenoids, anthocyanins, phenolics và chất kháng oxy hóa thấp nhất. Để mỗi loại ngô có hàm lượng carotenoids cao hơn nên tìm ở giai đoạn M2 (không có sai khác lớn giữa giai đoạn M1 và M2 ở ngô vàng). Hàm lượng anthocyanin và phenolics giảm ở ngô trắng và ngô vàng, trái ngược với ngô nếp đen trong thời gian chín. Hàm lượng chất kháng oxy hoa antioxidant xác định bằng máy quét Scavenging 2,2-diphenyl-1-picrylhydrazyl (DPPH), máy giảm năng lượng oxy hóa sắt (the ferric reducing antioxidant power (FRAP), và máy Trolox equivalent antioxidant capacity (TEAC) đánh giá tăng lên với quá trình chín, nhưng không nhận biết sự sai khác giữa M2 và các giai đoạn chín của ngô vàng và ngô nếp đen. Ngô trắng DPPH đầu tiên tăng sau đó giảm, trong khi xác định antioxidant bằng TEAC FRAP giảm trong quá trình chín. Sự khác nhau của các thông số chỉ ra rằng các dạng ngô và thời gian thu hoạch ảnh hưởng có ý nghĩa đến đặc tính chức năng của ngô nếp (Qing – ping and Jian – guo, 2011).
Nghiên cứu đặc tính oxy hóa và chống ung thư của anthocyanin được thực hiện chủ yếu ở ngô nếp thường, tạo ra sự thu hút của thị trường thực phẩm dinh dưỡng và thực phẩm chức năng. Các hạt và lõi ngô tía được sử dụng chế biến chất kháng oxy hóa và phẩm màu tuyệt vời. Vì vậy chọn tạo giống ngô nếp có hàm lượng anthocyanin vô cùng quan trọng. Năng suất cao vẫn là mục tiêu cơ bản của hầu hết các chương trình tạo giống ngô. Kháng côn trùng, cứng cây, đồng đều, chất lượng hạt và chín sớm cũng là mục tiêu cơ bản của chương trình chọn tạo giống ngô nếp. Ngày nay hầu hết các giống ngô là giống lai, nhưng những giống ngô nếp ở châu Á vẫn là giống thụ phấn tự do (OPVs). Do vậy chọn lọc cải tiến giống thụ phấn tự do là một tiền năng lớn như là nguồn vật liệu di truyền cho phát triển giống lai. Giống OPVs có năng suất cao hoặc thích nghi tốt.(Nguyễn Thị Tuyến, 2016).
Nghiên cứu đánh giá và chọn lọc các dòng ngô nếp tím tự phối đời S3 đến S6 tốt nhất có năng suất hạt, năng suất bắp tươi thương phẩm, hàm lượng anthocyanin cao, chất lượng ăn uống tốt và đặc điểm nông sinh học phù hợp.
Những dòng nghiên cứu phát triển từ nguồn gen trong nước và nhập nội. Số liệu kiểu hình thu thập trong thí nghiệm đồng ruộng gồm các đặc điểm sinh trưởng phát triển, năng suất, yếu tố cấu thành năng suất, năng suất bắp tươi thương phẩm. Phân tích hàm lượng anthocyanin bằng phương pháp pH vi sai, độ dày vỏ hạt đo bằng vi trắc kế, hàm lượng đường bằng máy đo độ brix, đánh giá chất lượng ăn uống độ mềm, độ đậm bằng thử nếm. Chọn lọc dòng ưu tú dựa trên chỉ số chọn lọc mô hình cây lý tưởng với 12 tính trạng. Kết quả đã chọn được 18 dòng ưu tú nhất cho nghiên cứu tiếp theo. Các dòng này có hàm lượng anthocyanin cao từ 22,4 đến 260,10 µg/L, năng suất hạt từ 2,0 đến 3,5 t/ha và năng suất bắp tươi thương phẩm từ 3,8 đến 6,4 t/ha, chất lượng ăn uống tốt và đặc điểm nông sinh học phù hợp để tiếp tục tự phối phát triển dòng thuần cho tạo giống ngô nếp tím ưu thế lai. Nghiên cứu cũng cung cấp thông tin đầu tiên về hàm lượng anthocyanin trong nguồn gen ngô nếp tím ở Việt Nam (Pham Quang Tuan và cs., 2016).