Công ty chưa quan tâm đến các cách phân loại chi phí theo cách ứng xử của chi phí. Điều này gây khó khăn cho việc phân tích chi phí phục vụ cho quá trình ra quyết định của nhà quản lý và chưa phản ánh chính xác nội dung kinh tế vốn có của chi phí như sự biến động của chi phí đó có chịu tác động của yếu tố
sản lượng sản xuất hay là những khoản mục chi phí cố định,do đó chưa đáp ứng việc tăng cường công tác kiểm soát chi phí và phân tích thông tin chi phí để đưa ra quyết định phù hợp với nhu cầu sản xuất cũng như nhu cầu cung cấp dịch vụ của thị trường vận tải Công ty biển.
Nội dung phân tích chi phí còn đơn giản, các khoản mục chi phí được phân tích chủ yếu dựa vào phương pháp so sánh số tương đối, tuyệt đối mà chưa nêu ra ảnh hưởng của các nhân tố lượng, nhân tố giá bằng các phương pháp phân tích khác, nên thông tin thu được từ phân tích chưa đáp ứng hiệu quả yêu cầu quản lý, nhà quản lý chỉ có thể đánh giá mức biến động chi phí theo số liệu tương đối mà không thể xác định rõ sự biến động chi phí là do nhân tố nào ảnh hưởng chính.
Công tác phân tích chỉ thực hiện ở việc so sánh và đo lường kết quả thực hiện của các năm, chưa đánh giá hiệu quả của công tác kiểm soát chi phí tại đơn vị. Công ty chưa có bộ phận chuyên trách thực hiện phân tích tài chính, phân tích hoạt động kinh doanh, mà chủ yếu do phòng kế toán tài chính kiêm nhiệm nên các thông tin được phân tích chưa thể hiện rõ nội dung biến động, chưa thực sự cung cấp thông tin ý nghĩa về quản trị chi phí cho đối tượng có nhu cầu sử dụng.
Với nhu cầu thông tin về kế toán quản trị chi phí ngày càng cao thì công tác phân tích chi phí tại Công ty chưa thể đáp ứng đầy đủ. Do vậy, cần phải thực hiện xác định, đánh giá các nguyên nhân ảnh hưởng đến tình hình lập dự toán chi phí để có thể đánh giá chi phí phát sinh tại các bộ phận của công ty để đánh giá, quản trị chi phí tạo điều kiện thuận lợi để lập dự toán cho các kỳ kinh doanh kế tiếp và phục vụ nhu cầu kiểm soát của cấp quản trị.
Công ty hiện chưa ứng dụng kỹ thuật và thành tựu mới của công nghệ thông tin. Vẫn sử dụng công nghệ thông tin truyền thống như email, điện thoại, fax,… Có thể nói công nghệ thông tin như trái tim của dịch vụ logistics, quản lý chuỗi logistics là quản lý cả dòng vật chất và dòng thông tin, nếu thiếu một trong hai quá trình trên thì chưa hình thành được chuỗi logistics thực thụ.
Chưa đầu tư phát triển dịch vụ logistics một cách khoa học và bài bản, nghĩa là chưa thiết kế được chuỗi logistics để đảm bảo tính đồng bộ và có khả năng kiểm soát hàng hóa suốt quá trình vận chuyển.
Trình độ đội ngũ nhân viên của công ty hiện tại đã có những tiến bộ rõ rệt. Tuy nhiên, họ vẫn chưa được đào tạo chuyên sâu và bài bản về logistics. Họ
không chỉ làm nghiệp vụ giao nhận đơn thuần mà còn đóng vai trò là một NVOCC (Người kinh doanh vận chuyển không sở hữu tàu), kinh doanh vận tải đa phương thức, gom hàng lẻ, vận chuyển bất kỳ loại hàng gì, đến bất kỳ đâu trên thế giới. Tuy vậy, đối với dịch vụ logistics thực sự, để quản lý dây chuyền cung ứng (Supply Chain Management) đòi hỏi nhân viên giao nhận có trình độ hiểu biết về kinh doanh quốc tế, kiến thức về CNTT, hiểu rõ luật quốc tế, trình độ ngoại ngữ… bởi logistics là một hoạt động toàn cầu, có liên quan nhiều tới luật pháp nhiều quốc gia. Kinh nghiệm hiện tại của nhân viên công ty chủ yếu tích lũy từ công việc hàng ngày mà nhân viên đó đảm nhiệm do đó họ chỉ giỏi về mảng chuyên môn mình phụ trách còn những mảng chuyên môn khác họ rất yếu.
Chưa có hoạt động Marketing cũng như chiến lược rõ ràng cho hoạt động logistics của mình một cách vụ thể.
Hoạt động kho bãi còn yếu kém chưa đầu tư cho hệ thống kho bãi một cách chuyên nghiệp và bài bản. Cơ sở hạ tầng nhà kho, trang thiết bị đã xuống cấp, cách bố trí các khu vực trong kho chưa hợp lý, các khu vực trong kho chưa được ngăn cách, phân lập rạch ròi cụ thể