2.2.1.1. Phân loại
Virus cúm được phân loại thành các týp dựa trên phản ứng huyết thanh học với các nội protein NP và M1. Các virus CGC đều thuộc virus cúm A (týp A), virus cúm B, C gây bệnh chủ yếu ở ngườivà cả hai đều không phân lập được từ gia cầm.
Các chủng virus cúm A khác nhau có thể phân loại thành các phân týp (subtype) dựa trên kháng nguyên HA và NA có trên bề mặt capsid của hạt virus (De Wit and Fouchier, 2008). Nhóm virus cúm A có ít nhất 16 subtype HA (từ H1 đến H16) và 9 subtype NA (từ N1 đến N9) (OIE, 2015). Sự tổ hợp giữa các subtype HA và NA, về mặt lý thuyết, sẽ tạo ra nhiều subtype khác nhau.
Đối với subtype A/H5, từ năm 2008, dựa trên cơ sở các trình tự gien H5 của các virus cúm có nguồn gốc từ virus cúm A/H5N1 A/goose/Guangdong/1/96, virus được phân chia thành 10 nhánh (clade) ban đầu hay nhánh lớp thứ nhất được đánh số từ 0 đến 9, các nhánh này tiếp tục được phân chia thành các nhánh lớp thứ 2, lớp thứ 3,… Việc phân nhánh dựa trên ba tiêu chí (WHO, 2008):
- Nằm trong cùng một nốt nhánh (clade);
- Tạo thành nhóm đơn ngành với giá trị bootstrap ≥ 60 tại nốt nhánh (dựa trên giá trị boostrap 1000 lần);
- Tỷ lệ phần trăm khoảng cách trung bình so sánh theo cặp nucleotide giữa các nhanh >1,5 % và trong cùng nhánh <1,5 %.
2.2.1.2. Danh pháp
Năm 1980, Tổ chức Y tế thế giới đã đưa ra hệ thống phân loại đặt tên virus cúm như sau: Chủng virus/loài vật chủ phân lập được virus/vị trí địa lý/quy ước chủng của phòng thí nghiệm/năm phân lập/loại subtype của virus.
Ví dụ virus cúm có ký hiệu A/chicken/Vietnam/NCVD-03/2008(H5N1) được hiểu là virus cúm nhóm A, được phân lập từ gà (Chicken), nơi phân lập là Việt Nam, quy ước chủng của phòng thí nghiệm là NCVD-03, thời gian phân lập năm 2008, subtype H5N1.