Bộ máy quản lý thuế hiện hành được tổ chức theo mô hình chức năng: cơ cấu tổ chức bao gồm các bộ phận (Phòng, Vụ, Đội), mỗi bộ phận thực hiện một chức năng quản lý thuế cơ bản đối với hầu hết các loại thuế và đối với tất cả các đối tượng nộp thuế theo thẩm quyền được phân công.
Hiện nay quản lý thuế áp dụng theo cơ chế: người nộp thuế tự tính, tự
khai, tự nộp và tự chịu trách nhiệm, nghĩa là cơ sở kinh doanh tự chủ về hoạt
động kinh doanh và thực hiện nghĩa vụ thuế của mình, cơ quan thuế chỉ có
trách nhiệm hướng dẫn, quản lý thu nợ và cưỡng chế nợ, xử lý kê khai, kế
toán thuế, thanh tra, kiểm tra phát hiện và xử lý sai phạm (Nguyễn Thị Bất và
Vũ Duy Hào, 2002).
Cơ chế tự tính, tự khai, tự nộp thuế là cơ chế quản lý thuế trong đó các đối
tượng nộp thuế tự giác căn cứ vào kết quả sản xuất kinh doanh trong kì kê khai của mình và căn cứ vào những quy định của pháp luật tự xác định nghĩa vụ thuế của mình, kê khai, nộp thuế vào ngân sách Nhà nước, và chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính trung thực, chính xác của việc kê khai.
công tác tuyên truyền, phổ biến và giải đáp các vướng mắc về chính sách, chế độ thủ tục về thuế mà các tổ chức, cá nhân thường gặp trong quá trình kê khai nộp thuế để người nộp thuế thực hiện tốt nghĩa vụ thuế của mình đối với Nhà nước.
Theo cơ chế này cơ quan thuế không can thiệp vào quá trình kê khai, nộp thuế của tổ chức, cá nhân kinh doanh nhưng cơ quan thuế sẽ tiến hành thanh tra,
kiểm tra và áp dụng các biện pháp xử phạt, cưỡng chế theo luật định đối với
những trường hợp có hành vi vi phạm pháp luật về thuế như không nộp thuế,
trốn thuế, gian lận về thuế...
Cơ chế tự tính, tự khai, tự nộp là cơ chế quản lý thuế hiện đại, hiệu quả, được hầu hết các nước trên thế giới áp dụng, nó cho phép các cơ quan thuế phân bổ nguồn lực theo hướng chuyên môn hóa, chuyên sâu trong quản lý cải tiến các quy trình quản lý rõ ràng làm tăng sự minh bạch trong quản lý thuế, đồng thời giảm bớt chi phí quản lý, thúc đẩy cải cách hành chính thuế.